在“文明的存续”中，记忆中前文明遗址。
特蕾西娅与薇古丝交心，她认为薇古丝做的理应很多了，她想起薇古丝还有一个巴别塔形象大使的身份，这个身份是她为了制衡卡兹戴尔王庭势力，为薇古丝提供的保护伞，她还因为这个闲职得到的工资全部用去引她的新书了。
而薇古丝推脱她根本不喜欢卡兹戴尔，更没有做什么贡献，而特蕾西娅毫不留情地指出她，用食指堵住她的嘴，深情地告诉她。
她离开卡兹戴尔去往伊比利亚、阿戈尔后依然能以身份作为保护，卡兹戴尔和特蕾西娅都会站在她这边。
之后，两人散步在前文明遗址中寻找，她们以前意外在一座高楼的霓虹闪烁的广告牌上发现了一个黑发白衣女人，从前的时候薇古丝的记忆中从来没有见到过人类的面目。
特蕾西娅认为这是薇古丝从前认识的人，她或许意义非凡，两人展开了很长时间的调查，但是无功而返。
因为时间还长，允许两人慢慢来，特蕾西娅兴致大发，想要使用前人类文明的娱乐方式，可惜“文明的存续”并不能复刻前文明将意识投入星河中畅游的操作。两人只好退而求次，选择简单的游乐园。
谁知道，在游乐园，两人再一次遇到了黑发白衣女人的影子，她是游乐园的投资人，名字是普瑞赛斯。
两人细究，普瑞赛斯是一位“语言学家”，和薇古丝以前不知为何关系很好。因为薇古丝和人类的差距很大，她无法安装灰质销钉，也无法像人类一样将自己的意识投射出去，她是来自符文之地的人，与这里的人类相差了不知多少个世纪，她无法融入其中，甚至无法理解。
为了安慰她，普瑞赛斯想到了历史上人类们的游乐方式，为薇古丝搭建了这座游乐园，让薇古丝从零到一，开始理解人类。
因为“文明的存续”显示的是薇古丝的记忆，这个游乐园并非普通的游乐园，两人从中得知的很多前文明的信息，得知了普瑞赛斯和源石的关联。
后续薇古丝离开卡兹戴尔，她随行挖掘“罗德岛”的巴别塔干员经过雷姆必拓，来到伊比利亚。与众人分离，此时陪在薇古丝身旁的只有一位可以变化为黑影的特蕾西娅。
特蕾西娅长时间待在卡兹戴尔，沉甸甸的责任压得她喘不过气，除了薇古丝，没有人知道这道黑影是特蕾西娅。
不用背负魔王的职责，特蕾西娅在薇古丝身旁意外地放飞自我。她学会了一心二用的方法，途中她一直和薇古丝聊天。
她们来到伊比利亚的一处被天灾摧毁的城镇，遇见了唯一的幸存者艾丽妮，薇古丝傲娇犯了，想让善良的特蕾西娅指使自己去救助被压在废墟之中的艾丽妮，谁知道特蕾西娅直接断开了连接，薇古丝只好硬着头皮自己去。
但是像维什戴尔那时候一样，她好像又被别人赖上了，然后又碰见了达里奥（原著角色，艾丽妮师傅）。
他一眼看出薇古丝很不寻常，警惕着薇古丝，而身后年幼的艾丽妮扯住薇古丝衣角，她偷偷告诉审判官的事情，他们会抓走无辜的人。
于是薇古丝用黑影制服他，但是没有杀他以表明自己的善意，因此达里奥让薇古丝作为客人去审判庭一叙。
艾丽妮让薇古丝慎重考虑，而薇古丝有恃无恐，她的黑影不仅仅是普通的黑影，现在更是可以和特蕾西娅发出组合技，实在不了可以使用修改版的传送魔法逃走。她决定去，而可怜的艾丽妮像一只落水的小鸟一样泪眼汪汪地揪着薇古丝衣角跟了上来。
她们见到了卡门，卡门以为薇古丝是一个巨兽，而薇古丝则是没有用卡兹戴尔形象大使的身份做客，因为卡兹戴尔的信用被透支的烂透了。
两人聊到阿戈尔，薇古丝想知道如何去到那个地方，而卡门也束手无措。接着又谈到海嗣，薇古丝她记得伊莎玛拉，记得“养育者计划”，她想要见一面深蓝之树，却不是因为那些巨兽们，可是到底哪个人，薇古丝自己也记不清了。
于是他们达成协约，薇古丝帮忙处理海嗣，伊比利亚帮助她联系阿戈尔，顺便包吃包住。艾丽妮也就此加入审判庭，成为了达里奥的徒弟。
（太长了，后边简略点）
艾丽妮想要跟着薇古丝一起行动处理海嗣，但是薇古丝以她太小了，以及实力太弱拒绝了。
此后她更加用功锻炼，薇古丝发现了，告诉她这种锻炼是效率低的，然后告诉了她摆烂波比的摆烂心得。此外顺带用前文明的知识，费了好久的时间调整了一下艾丽妮的手炮，让她的手炮闭膛连发。
联系到了阿戈尔，他们为薇古丝开启了短暂的狭窄通道。薇古丝和艾丽妮、以及她的师傅达里奥，带领一个小队去往阿戈尔。
潜到海底，薇古丝发现海嗣对她都非常亲近，更奇怪的是薇古丝的魔法它们甚至无法适应。
之后，薇古丝和艾丽妮、达里奥跟着深海猎人行动（此时绞杀伊莎玛拉的任务还未开始），她发现拥有海嗣之血的深海猎人也对她容易产生好感，她很快和有些迷惘却对陆地富有好奇心的斯卡蒂熟识了。
因为薇古丝和伊莎玛拉是旧友，知道了杀死伊莎玛拉的计划之后，薇古丝内心相当矛盾，一方面她和深海猎人们处好了关系，一方面她不知道现在的伊莎玛拉到底是什么情况。
她也因为和海嗣的特殊关系遭到质疑，被深海教团和阿戈尔两方着重监视，而薇古丝毫不留情地全杀了追上门来的深海教徒，一脸瞧不上地离开了阿戈尔的地盘，她要自己找到真相。
她发现伊莎玛拉的状态很不正常，最开始的养育者计划早就变了味，失去了陆的记忆，薇古丝却仍然有纠正计划的想法。
因为深海教团，薇古丝没法让阿戈尔支援她，于是策反了一些深海猎人帮忙。
长途跋涉来到深蓝之树实验室，深海教团的阻挠失败，她来到从前的实验室，发现是一位叫陆的主管在“养育者计划”中埋下了漏洞，她设置所有的海嗣都无法对薇古丝的攻击产生适应，就算深蓝之树失效了，薇古丝也能尽快地清除她们。
薇古丝拥有最高的权限，可以越过伊莎玛拉等“初生”控制海嗣，她也可以凭借一个叫做预言家的人在“文明的存续”中留下的后手和海嗣一样通过她们的神经网络沟通，但是她需要时间将“文明的存续”和深蓝之树实验室产生连接。
而玛利图斯（深海教会的幕后主使）竭力制止她离开这个实验室，艾丽妮和虎鲸、鲨鱼、剑鱼、三队（三队是什么鱼来着）、帮忙抵挡涌来的海嗣潮，克莱门莎（阿戈尔区域弥利亚留姆城社会行政监察署技术执政官、兼小魔鬼鱼）看出了薇古丝是想用某种方法彻底解决海嗣，说服了阿戈尔上层帮助薇古丝。
成功连接“文明的存续”与深蓝之树，薇古丝发现还需要时间把“养育者计划”的系统弄明白，才能继续操作。她想到了更危险的传送魔法，她暴露在那个亚空间中穿行，碰上了一只黑色的迷幻生物，但是祂只是看了一眼，便推了一把，送薇古丝离开。
而薇古丝走后，玛利图斯无心抵抗被人们杀死，海嗣潮接连败退。
从阿戈尔离开，薇古丝在那个黑色生物的手中取得了一个紫色的钥匙，回到卡兹戴尔，见到了凯尔希，凯尔希很遗憾地说预言家还在去往伊比利亚的路上，想要一边游历泰拉，一边找薇古丝，但是却擦肩而过。
而薇古丝并不在意，她问凯尔希这是紫色钥匙什么，而凯尔希也不知晓，于是推荐她去问弗里斯顿。
什么都知道的凯尔希显然除了钥匙是什么之外其他都料到了，薇古丝身份敏感，所以她事先安排了一个伪装成薇古丝的人在哥伦比亚，薇古丝只需要代替她就好了。
而那人在一家哥伦比亚梅兰德儿童权益基金会资助的孤儿院作为老师，薇古丝感叹自己在卡兹戴尔当了那么久老师，最后还是要回去干老本行。
来到孤儿院，薇古丝白天当老师，晚上研究“养育者计划”的系统，想要逆转海嗣的基因，将它们变得友善。
而有一个古灵精怪却又内心敏感的女孩发现“薇古丝”换了一个人，她奇怪地想，薇古丝一定是间谍吧，间谍一定掌握大量情报吧，如果这样能不能找到有关她的家人的信息呢？
经过一段时间的相处，古灵精怪的女孩发现薇古丝虽然对孤儿院的事情漫不经心，但是人还不错，于是她找上薇古丝，说“老师你也不想让大家知道你是间谍的事实吧”，然后晕倒了。
薇古丝发现她对源石制品过敏，而薇古丝使用黑影需要通过源石的媒介，自从去阿戈尔的路上她就会随身携带源石项链，反正她不怕矿石病。
背着女孩去往医院，薇古丝知道了女孩的名字——缪尔赛思，而且通过黑影特蕾西娅知道了精灵这么一个种族。
因为她们都是在泰拉上十分独特的种族，孤独的缪尔赛思对薇古丝尤为信任。
天下没有密不透风的墙，因为哥伦比亚大总统高度警觉凯尔希的行动，它知道了薇古丝，但是因为这个伪装，大总统没有将薇古丝联系起卡兹戴尔的薇古丝（也有卡兹戴尔的舆论别人根本不关心的原因在）。
只是认为是一个特殊却并没有那么重要的凯尔希的棋子，作为梅兰德基金会特工的霍尔海雅很容易就潜入了自己的孤儿院里当老师。
而薇古丝当孤儿院老师当然不是来玩的，这是一个特殊的慈善运动，简单来说就是换方式走了后门，她可以以此获得城里的户口。
有上一个“薇古丝”的努力，薇古丝很快就完成了任务，而缪尔赛思没有接受任何人的领养，执意要薇古丝领养自己。但是薇古丝拒绝了，她养过的小孩够多了，于是缪尔赛思转化要求，让薇古丝带着自己进城，比领养稍微好一点，薇古丝同意了。
（还是太长了，后面再简短一点，其实是后面大纲也很简略）
薇古丝成为第一批的莱茵生命成员，顺带着把天赋异禀的缪尔赛思介绍了进去，之后薇古丝推动了孤星计划，凭着前文明的学识，和克丽斯滕打好了关系，提前了剧情发生的时间。
博士、凯尔希、维什戴尔、可露希尔、阿斯卡纶等人都来到哥伦比亚，一阵博弈之后，薇古丝、克丽斯滕和博士升上了太空，薇古丝发现紫色的钥匙可以连接符文之地，她回忆起了最开始的故事。
在符文之地，她莫名其妙地参加了一个叫光明哨兵的组织，和加入了组织的人（我也没定好有谁，只写了一个佐伊，这段本来就是一笔带过的）。那时候虚空动乱，锤石要趁乱在没有人有功夫搭理暗影岛这寸偏僻的角落的空隙，召唤出来莫德凯撒。
而众人没能彻底阻止锤石，莫德凯撒将要重返人间大开杀戒。
最后薇古丝亲自跳入冥界，从冥界堵住入口。见到了真正的莫德凯撒，一阵逃窜，黑影涌出魔法使用传送，但是传送魔法的锚点被打乱，冥界作为空间概念极其混沌的区域，薇古丝因此来到了方舟的世界。
但是位置不太好——身为约德尔人无法死去，我们的小约德尔人被迫要在一片黑暗的太空中遨游。
很久的时间过去，某学校的天文社的成员“预言家”在望远镜从发现了一个奇特的彗星，缩小视距，她发现那是一个生物，而非石头。
她告诉了同为社员的学妹陆、弗里斯顿，他们用重力装置捕捉了薇古丝。
“预言家”和陆发现薇古丝因为长时间待在黑暗的太空中，患上了严重的精神疾病，而薇古丝无法直接使用灰质销钉治疗精神，其他方法也没有作用，他们只能用最朴素、最原始的方法治疗，那就是陪伴。
每当夜晚，因为一望无际的太空而害怕黑暗的薇古丝只能开着灯睡觉，她扯着“预言家”的袖子入眠像一只小动物，击中了她喜欢小动物的一面。
之后薇古丝渐渐好转，她想要找到回符文之地的方法，但是前文明的先进科学也无法让她回去，一次偶遇她见到了普瑞赛斯。
之后普瑞赛斯加入了薇古丝和“预言家”的团队，她们制造了源石。为了讨薇古丝开心，“预言家”用源石制造了类似黑影的东西，她附着在薇古丝的影子中，这也是薇古丝通过源石才能驱动黑影的缘故。
长时间的研究，普瑞赛斯大胆地推理说如果薇古丝是在一个极其特殊的空间来到了这，那么她就能通过另一个极其特殊的空间回去。
于是她们又盯上了邪魔存在的亚空间，可惜在完成之前，末日到来了，“预言家”和普瑞赛斯将注意力都投入了源石之上，放弃了亚空间。薇古丝觉得源石计划中源石包裹的文明不是真正的文明，所以没有参与源石计划，反而觉得陆想要通过深蓝之树改造生态，制造一个不会被伐木工攻击的生态的想法是正确的。
可是时间不够，陆只好改变计划，将已经无法复刻的前文明改造的自我意识投入深蓝之树。
之后薇古丝心灰意冷，全力投入研究亚空间，而被亚空间侵蚀的她最后无法承受这种污染，让没有灰质销钉的凯尔希清除了有关自己的记忆，自己也选择了尽可能清除记忆自杀。
而身为随机生成的魔法团的薇古丝当然没有死去，她又回到了最初的形态，开始了新的故事。
……
薇古丝现在才发现，黑影没有彻底死去，送给她紫色钥匙的黑色生物就是它，它在亚空间中变成了另外一种形态。
这个紫色钥匙是佐伊送给她的信物（稻草人身上偷的），虚空肆意横行，符文之地恐惧滋生，稻草人尤为强大，祂可以为了找回自己的东西而降身于泰拉。
作为恶魔的费德提克依靠人们的认知存在，祂在符文之地是恐惧的化身，而此刻与符文之地太遥远，还在太空之中。
博士简单就想到了处理祂的方法，那就是改变人们的认知。首先欺骗克丽斯滕认为费德提克是喜欢吓人的小女孩，而薇古丝不算人不用欺骗，她只需要操控博士的灰质销钉让博士认为费德提克是，然后泰拉中的人们对费德提克的认知全部被改变了，祂变成了她。
薇古丝和博士和克丽斯滕道了一声再见，便打开传送门离开了。
后续，在符文之地上，佐伊找到了德玛西亚的一个洞窟，里面是瑞兹储存的大量符文。佐伊想要瑞兹交出所有符文，但是瑞兹不愿交出，开传送门将佐伊传送走了，谁知道人家在洞窟中留下了密密麻麻的虫洞，传送走了还可以回来。
最后在佐伊威胁不交出来就全部炸掉的威胁下，瑞兹不得不选择交出符文。
通过费德提克这个媒介，符文被全数送到泰拉。
也许，在博士通过前文明智慧的研究下，符文这个东西会比在原始人手中发挥更大的作用？
那是后话了。
（话说普瑞赛斯戏份不多，因为害怕背刺所以这样，不过等不到背刺了）