在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌“古朗基”。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。考古成员里的大修卡（nerv）成员 专门带枪 本来是想把在场的考古知情者 杀掉 但看到零号确实复活后便欣然任其屠杀

　　在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。终于复活的未确认生命体第一号在长野出现，并开始袭击前来的警察，甚至一路冲进警局。在场的雄介感应到从遗迹出土，由警方保管的腰带状遗物所传来的战士空我形象，在腰带的感召将之装着于腰部。雄介的身体也随之覆上一层强化肌肉，变身为假面骑士空我初生形态。变身后的雄介与袭击警局的未确认生命体第一号战斗，初生形态的空我显然无力与其正面对抗，两人激战至楼顶，甚至在一条乘的直升机上打斗，五代利用机会终于将其击坠到不明工厂中，在与一条竖大拇指告别后离开了现场，一条也因此知道了空我的身份是五代。新的传说，新的英雄就此登场。

　　随着未确认生命体不断出现于大城市东京，五代雄介下定决心为了让周遭的人们免于恐惧，守护他们的笑容而战