皇历2010年8月10日，神圣布列塔尼亚帝国向日本宣战，远东地区保持着中立的岛国，与世界上唯一的超级大国布列塔尼亚，双方围绕着日本的地下资源，展开了一场完全一边倒的战争。
在本土决战中，布列塔尼亚军首次将人型自在战斗装甲骑Knightmare Frame投入了实战，其威力远远超出预想。
不到一个月，日本的本土保卫战，就因knightmare的参战而全面溃败。
战败的日本成为了帝国的从属领地，自由与传统，权利与尊严，最后，甚至连名字也被剥夺了。
皇历2017年，在被布列塔尼亚统治了七年后，更名为【11区】的日本境内，出现了一个名为ZERO的恐怖分子，他刺杀了当时的总督，作为帝国第三皇子的克洛维斯，并创立了作为他自己军队的黑色骑士团，试图与布列塔尼亚对抗。
然而，很少有人知道的是，ZERO的真实身份，其实是被布列塔尼亚抛弃了的皇子鲁鲁修·Vi·布列塔尼亚。
为了创造妹妹娜娜莉能幸福生活的世界，也为了帮他母亲报仇，鲁鲁修站到了布列塔尼亚和他亲生父亲，皇帝查尔斯的对立面。
经历了与挚友的反目成仇，对亲人的痛下杀手，以及被部下的背叛后，坐上了布列塔尼亚皇帝宝座的鲁鲁修，策划了零之镇魂曲，将世界彻底破坏并重塑。
零之镇魂曲，从结果上看，毫无疑问是成功的，但它的成功却没能持续多久。
鲁鲁修低估了人性中的黑暗和自私。
仅仅不到一年，战火便重新在世界上燃起，而这一次，甚至将鲁鲁修最看重的两个人全部卷入其中……
这件事让鲁鲁修彻底明白，唯有将世界彻底统一，才有可能从源头消除一切纷争。
于是，鲁鲁修接受了神（C）的交易，带着新的力量和从过去积累的全部记忆，回到了最初的时候。
鲁鲁修按照过去的记忆，再次见到了第一个被他杀死的对象——他同父异母的哥哥克洛维斯，但这一次，鲁鲁修并没有选择扣动扳机，而是和克洛维斯达成了合作。
在他放下枪的那一刻，世界彻底发生了改变，一条全新的世界线，取代了鲁路修记忆中的那个世界。
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“人们啊，敬畏我们、追求我们吧！我们的名字是——黑色骑士团！
我们黑色骑士团，是所有手无寸铁之人的同伴，无论是ELEVEN，还是布列塔尼亚人，只要是受到强者欺凌的弱者，都能得到我们的庇护。
拥有力量之人啊，畏惧我们吧！无力之人啊，追求我们吧！世界由我们黑色骑士团来仲裁！”
黑色骑士团的再次建立，代表着鲁鲁修有了和布列塔尼亚对抗的资本，但这一次，他创立黑色骑士团的目的却并不是为了毁灭布列塔尼亚，而是为了他的另一个妹妹，同时也是作为他初恋的尤菲米娅。
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“我，尤菲米娅·Li·布列塔尼亚，宣言在富士山周边建立【行政特区——日本】！
在这个特别行政区日本，ELEVEN能拿回日本人这个名字。对于ELEVEN的限制和布列塔尼亚人的特权，在这个特区日本不会存在。
布列塔尼亚人也好，ELEVEN也好，那是个完全平等的世界。”
尤菲米娅的宣言，如鲁鲁修预料的那般，在世界内掀起了一阵涟漪。但鲁鲁修却低估了皇帝的霸道和无情。
皇帝不仅当着全世界的面，否定了特区的存在，甚至剥夺了尤菲米娅的皇族身份。眼看着事态脱离控制，鲁鲁修启动备用方案，带着尤菲米娅脱离了帝国。
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“我现在在此宣布，【11区】从布列塔尼亚中宣布独立，但这并不意味着过去的日本复国，我不会做让历史倒退的愚蠢行动。
我们将会从现在开始建设一个全新的国家，一个能接受所有人种、历史和主义的，有着宽广胸襟，强者不欺凌弱者，怀有矜持、人人平等的新国度！
其名为——超合集国！”
为了对抗皇帝的霸权，鲁鲁修再次向世界宣布，成立超合集国。原本负责镇压的柯内莉亚，也在尤菲米娅的劝说下倒戈，加入了起义的队伍。
但就在所有人都自信满满，以为能借此机会恢复日本的独立时，皇帝的镇压却如闪电般降临。
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“真是愚蠢，不过，如果你们真的有这个能力的话，就来挑战朕吧！”
“皇帝陛下，镇压部队已经准备完毕。”
“把鲁鲁修带来见我。”
“Yes Your Majesty！”
黑色叛乱，被神秘的第七圆桌骑士快速镇压，被日本人视为精神支柱的ZERO，也在战斗中阵亡。
冉冉升起的希望之火，顷刻间被彻底扑灭，日本迎来了最黑暗的时代…………
但希望的火种却得到了保留，在起义即将被彻底镇压的最后阶段，从ZERO手中接过指挥权的柯内莉亚，带着起义军残部撤出了日本，逃亡柬埔寨，接受被鲁鲁修“说服”的修奈泽尔的庇护。
只是，几乎没有人知道的是，在黑色叛乱失败的那一天，枢木朱雀从神根岛，救出被掳走的娜娜莉的那一天，被液态Sakuradite炸弹的爆炸吞噬的遗迹内，叛逆的皇子鲁鲁修依然活着。
只是，他的力量被神秘的第七骑士剥夺，重新变回了那个失去一切的无力少年。
掌握了一切的皇帝通过遗迹，出现在了高举叛旗的逆子面前。
“前第17皇位继承人，鲁鲁修·Vi·布列塔尼亚，久违了，吾儿啊。”
“你这混账……”
被按在地面的鲁鲁修挣扎着抬起头，想要直视查尔斯的双眼，但很快他就注意到异常。
“为什么……Geass……竟然不起作用？”
“对不起，鲁鲁修，为了陛下的安全，你的Code和Geass就先由我保管了。”
“你……”
鲁鲁修转过头向后看去，惊恐地发现，将他按在地上的少女的双瞳，正在从金色变成红色，并同时浮现出Geass的印记。
“夏洛特，你……”
查尔斯没有理会鲁鲁修的惊讶，对着按住鲁鲁修少女命令道：
“做的很好，Knight of Seven，你想要什么奖励？”
“陛下，请把他赐给我。”
少女的回答，让查尔斯露出了满意的笑容。
“好吧，你的表现甚合朕意，就将他赐予你吧。”
“谢陛下。”
“那么，朕命令圆桌骑士，张开ZERO的双眼。”
“Yes Your Majesty！”
有过一次经验的鲁鲁修立刻意识到，查尔斯想要做什么。他努力地想要闭上双眼，但还是被少女用她那纤细的手指强行拉开眼帘。
“身为皇子却揭竿而起的不孝儿，但你还有利用的价值。”
查尔斯一步步走到鲁鲁修的面前，傲慢地俯视着狼狈不堪的鲁鲁修，双眼同时浮现出Geass的印记。
“住手！你又想将一切我的身边全部夺走吗？！”
鲁鲁修拼尽全力挣扎，但他却始终无法挣脱少女对他的束缚。
“查尔斯·Di·布列塔尼亚给予封印，新的虚伪记忆……”
“住手！啊！！！”
但一切已经为时已晚，随着Geass生效，鲁鲁修脑海中的记忆被一件件封印，虚伪的全新记忆，填补了这些时间的空缺。
封印生效，鲁鲁修也因此陷入了昏迷，少女谨慎地检查了鲁鲁修的生命体征，确认无事后，少女解开了束缚，安静地退到了一旁。
不一会儿，倒在地上的鲁鲁修睁开了双眼，困惑地看向了四周：
“这里是……”
“好久不见了，吾儿，鲁鲁修·Vi·布列塔尼亚。”
“父皇？！！！”