三人组决定接受NINE和TWELVE的委托，将当年“雅典娜计划”的真相公之于众，因为严重的丑闻，本届政府倒台，但三人组也因此被秘密机关视作了背叛。
DA和铃兰的追击者被三人组和真岛击退，但最终NINE和TWELVE还是因为幼时过度使用药物而生命提前耗尽，在弥留之际，NINE将自己对于他们生存的迷茫，以及对未来的期望诉说与伊吹雪，并将原本用于毁灭东京的“钥匙”赠予其保管。
真岛炸毁新电波塔的计划被三人组制止，并将NINE和TWELVE留下的讯息“VON”真正的意味是希望（冰岛语）告知真岛。后者放弃了继续进行袭击的打算，但也拒绝了千束一起行动的邀请，独自离开。
随后，在潜入DA调查超级计算机“Radiata”与二十面相时，寄存在其中并未消亡的浪越意识复苏，控制周围的设备对三人组发动袭击。首次面对并非以实体存在的异能者，三人组陷入绝境。
千钧一发之际，超级计算机被短暂瘫痪，让三人组得以逃出生天。
在回到店内后，因为很多天都没有见到胡桃的身影，三人这才发现了胡桃的异样，之后察觉到胡桃身体出现逆向生长，才得知其异能者的真实身份。
（能力为“数据化”，黑客神技，但因为是早期人造能力者，有严重缺陷，重新恢复人体时身体年龄会缩小，这也是胡桃变成合法萝莉和年龄成谜的原因）
因此，隐藏在雅典娜计划背后，更加黑暗的“人造能力者”计划与秘密机关中最神秘的“花葵”浮出水面。
在此后，三人组经历了暴风雨前的平静，伊吹和泷奈的关系更进一步，伊吹将泷奈带到姐姐的墓前，而泷奈也将伊吹的事告诉了身在京都的亲人。
而千束在找着各种借口留出空间给两人独处，或者说让自己逃避什么。
没过多久，隐藏在东京真正的危险存在——亚人佐藤一伙开始行动。
佐藤劫持电视台，将政府支持秘密组织进行地下研究，非人道地迫害亚人以及其他特异人类的事实公布，企图将自身渲染成受害者来干扰政府的行动。
局势危急下，政府组建反亚人部队，和秘密机关开始围剿佐藤一伙。
期间，已经在名义上被秘密特工机关除名的三人组无法坐视不理，主动介入了行动。
初次面对亚人，由于情报缺失，三人组陷入苦战（肉眼无法观察到的黑色幽灵克制千束的超级视力，亚人复活即可恢复全部伤势），之前消失的真岛突然出现，对三人组伸出援手，亚人一方才被击退。
【真岛：别搞错了，我只是帮助弱者那一方而已，况且，那些家伙……嘴上说着自己是被压迫者，实际情况却完全相反，太让人不爽了！】
之后，局势进入了诡异的平静期，在三人组的行动中，逐渐发现了花葵机关隐藏的黑暗，以及佐藤的真正目的很可能是夺取“人造能力者”的资料。
期间，伊吹雪和千束解救了一名被花葵机关研究所拘禁的少女，并将其暂时收留，命名为“妮悠”（Nyu）。
另一边，佐藤进行对秘密机关的地下研究所发动袭击，解放了一批被关押的亚人和异能者，伙同不满于秘密机关统治秩序的地下势力，开始四处发动袭击。
再次与佐藤交锋，在能力加持下以及搭档们的协助下，伊吹雪利用液氮和冷冻，将其彻底杀死。
但他没有想到的是，不久之后，佐藤就重新出现，并将他早就把自己的器官大量贩卖到黑市，即使被彻底杀死，他也能通过已经散布出去的移植器官再次复生的残酷真相。
原本因为亚人的不死特性才狠下心来开枪的千束，认为自己间接害死了无辜之人，情绪因此陷入低落。
……
为了加速“游戏”的进程，佐藤在电视和广播中公然声称，将会报复妨碍他行动的秘密特工头目们。
在佐藤宣称的时限即将到达前，尽管身处在严密防护的总部，但虎杖和楠木都感到了不安。
前者通过副官南云隐晦地将伊吹雪的一部分身世（并非最开始就是作为Lylibell培养，可能和花葵机关有联系）告知，并希望能得到他的支持，来稳定东京的局势。（其实虎杖对伊吹没那么糟，至少在他没成长起来的时候帮他躲过了花葵的搜查，而且换一般人，伊吹做的事早被枪毙十次了）
后者和千束通话，在一番表面剑拔弩张的交谈后，开始嘘寒问暖，楠木司令内心早就把千束当做自己的孩子看待，她知道秘密机关和东京的秩序已经无可挽回地开始分崩，因此劝说千束尽快离开东京。
两边的通话最终都戛然而止，因为佐藤的报复已然到来。
通过袭击空中自卫队的基地，佐藤劫持了多架飞机，满载着燃料和弹药的飞机撞向了DA和铃兰位于东京郊外的总部。
……
在指挥系统陷入瘫痪之后，佐藤一伙的行动更加肆无忌惮。
同时，因为局势彻底失控，自卫队和驻日美军开始介入。
在四处奔走时，伊吹雪开始注意到千束身体的异常，但都被千束搪塞过去，因为形势的危急，伊吹雪也只能让千束注意身体，先休息几天。
看不下去的瑞希，终于将真相告知了伊吹雪。
而此时，不愿意在危机中待在后方的千束因为与叛乱的电击能力者战斗，状况雪上加霜，机械心脏一度失灵，万幸的是被伊吹雪及时救下。