真嗣和绫波丽结束训练，两人在书店闲逛了好一阵，两人本就不善言语，要本就内向的真嗣去主动和女生搭话，基本上就是各种踩雷加尬聊。
丽路上与真嗣的手越抓越紧，不是因为对他更有爱慕，而是真嗣的话时不时让她生气。
特别是真嗣为了安慰丽，不小心说出什么要她忘记零之类的话，让丽直接暴走，拿出根妹妹给她的银针，正想给真嗣个教训时，新第三东京市全市停电了。
“哎？这是......怎么回事......”真嗣牵着绫波丽的手，诧异的环顾四周，而丽则有种十分不好的预感，就像是——使徒来了！
大地开始震颤，一个巨大的蜘蛛型生物正一点点往海岸线上移动，最后成功登录第三新东京市，但因为这次全市大停电，甚至连本应该有紧急发电机或备用电源的重要部门都没能恢复电力，让整个新第三东京市处于半瘫痪状态，以至于这个庞然大物就这样大摇大摆的进城，市政府都没有发出避难警告。
但也好在因为天气炎热，全市人外出的不多，在看到那个巨大生物出现后，大多数居民也很自觉地躲入避难所内。
“使徒......”碇真嗣神色凝重，与绫波丽对视一眼后，两人冲向了NERV总部，因为停电，导致正常方式无法进入NERV总部，所以少男和少女费了九牛二虎之力，才找到条通风管道通入总部。
“真嗣！丽！”早就得知使徒来袭的律子博士欣喜地看着从天花板坠落的真嗣和绫波丽，指挥室最高处的冬月副司令也松了口气，至于碇司令，立马下达出击指令。
真嗣和丽换好驾驶服，进入对应的插入栓，分别开始驾驶初号机与零号机，只不过，真嗣默默看了眼自己左边机库内未启动的二号机，不能驾驶二号机的明日香，一定很痛苦吧......
想想自己与明日香还一起对抗胎天使（各位读者就当已经打过胎天使了吧），碇真嗣心中莫名感到些许悲伤，同时嘴里又重复念叨起不能逃避，明日香已经不能驾驶EVA了，那他和初号机，也要承担更多的责任吧。
初号机和零号机同时装备上超大的便携式电源，拿上阳电子步枪，透过超大型通风管道，开始与使徒打起“地道战”。
终于来到指定通风管后，初号机踹开井盖，与持枪的零号机开始向上爬升，不料，无数的强酸液体往下落，滴落在初号机的装甲上，丽与真嗣立马就意识到，他们现在在使徒下方。
“丽！攻击！”真嗣不知哪来的勇气，驾驶初号机展开AT立场，挡在零号机上边，为其创造完美的输出环境。
丽也毫不迟疑，举枪正欲朝使徒射击，但可惜，哪怕有初号机保护，雨天使的酸液还是滴落在枪管之上，将阳电子步枪迅速溶解，迫使零号机将枪丢弃。
“只有......一个办法了呢，”初号机的AT立场很快被雨天使溶液攻破，并开始腐蚀初号机的装甲，进而腐蚀初号机的身躯，真嗣背上的疼痛感越来越重，他知道现在想逃也逃不了了，一字一顿地对丽说出自己的战术，“用......用我的身体......做盾牌，上......等离子切割刀......”
“哎！”丽瞪大双眼，不敢相信，那个在雷天使歼灭战中还需要自己保护的少年，长大了，只不过，这成长的代价，未免太痛苦了。
“真嗣君......快闪开！”丽这些天与真嗣的点点滴滴在她脑中越来越清晰，这是她头一次抗命令，零号机对初号机没有拿出等离子切割刀，反而对初号机伸出手，道：“走吧......我和真嗣君，一起......”
“不.......不行......因为，”真嗣忍受着强酸的痛苦，小声怒吼道，“因为......我是EVA初号机驾驶员——碇真嗣！”
眼泪，不由从丽的眼角流出，她既明白真嗣君的坚持，又不明白真嗣君的支持，而自己妹妹绫波零的身影突然浮现在自己脑海里，那是自己生病那晚，妹妹她守护了自己一夜。
现在的真嗣，和那时的零，好像好像......眼泪不停地从少女眼角流出，她轻咬嘴唇，零号机也掏出等离子切割刀，下定决心，顶着初号机和真嗣的身体，朝使徒发动了攻击。
“轰！”突入其来的震动打断了丽的进攻步伐，而真嗣也体力不知，和初号机和零号机同时坠落通风管底。
初号机电量不足停止了行动，真嗣也因体力透支而晕死在插入栓内，丽见呼唤真嗣无果，便操控着零号机挡在了其面前，她不想再让少年为她受伤了。
但，酸液并未再滴落，而使徒也貌似感受到了更大的威胁，离开了通风管口......
巨大的震动本就来源本就在于NERV本部，所以处于指挥室的NERV众人更能感觉到其震动，伊吹摩耶抱着头在那祈祷道：“使徒别过来......使徒别过来......”
其他人心里一沉，初号机和零号机作战失败，使徒已经攻入总部了！律子博士看着总指挥位置上的冬月副司令和碇司令，貌似都没有任何慌乱的样子，突然意识到，地面上负责监控敌情的日向小哥还没通知使徒攻入总部啊。
“喂！上面到底怎么回事，是使徒攻入总部了吗！”律子博士把双手张开放在嘴边，朝头顶大喊道。
“没......没有啊！使徒貌似还有撤退的迹象，”手持扩音器的日向小哥回答道，还问，“刚刚总部内传来聚烈震动！是发生什么事了吗？”
律子博士眉头一皱，看向机库内的二号机。
二号机还好好的摆在整备架上，纹丝不动，而能造成如此大震动的，除了如同EVA这般高大的庞然大物外，不会有其他可能了。
“律子......律子博士，”伊吹摩耶略显害怕地问道，“我们总部内，除了EVA外，就没有再能对抗使徒的兵器了吧？”
“那是当然！能对付使徒的除了EVA外，就没有......”律子博士的回答暂停，因为她意识到，现在NERV总部内除了EVA外，仍有一个对付使徒更高效的兵器——魔神！古莲泰莎！
“司令！”意识到问题严重性的律子博士猛地转向指挥台上坐着的碇司令，她有要事汇报。
感受到律子博士意思的碇源堂却像是早有预料地朝她摆摆手，示意自己已经明白，带有叹息之声地自言自语道：“到底，还是把它放出来了......”
“是啊，”一旁的冬月副司令也感慨道，“魔神！再次降临了......”
这时，处于地面的上负责汇报战况和监视敌情的日向小哥看到了永世难忘的一幕，地面被冲破的烟雾中，一双凶神恶煞，闪着黄色光芒，代表神魔降临世间的眼睛从烟雾中探出，光靠气势就把人类自认为难以打败的使徒逼得连连后退。
待烟雾散去，一台黑色的钢铁巨人再次屹立于大地之上！而其驾驶舱内，笑容癫狂且嗜血的明日香看着眼前那孱弱的雨天使，宛如神经病地自问自答起来：“曾经不可一世的天使吗？现在碰见神魔的表现，可真是有够好笑呢！你说对吧？魔神·古莲泰莎！”