因为再度发生了事件，柯南让已经吓傻了的长岛马上联系了目暮。
很快坐镇村民办的目暮、小五郎带着一帮子警察敢来，同时还通知了岛上唯一的医生成实同行。
到了现场后，成实先为被人打得头破血流的村泽检查了伤势，认定他是被人用钝器所伤，好在人没事，现在因为脑震荡而昏迷。
然后就是西本了。
在监识课警察们取证完毕后，成实同两名警员将吊着的西本放下，勘验起尸体，这已经是成实这两天第三次验尸了。
西本的验尸没有太大难度，很快便得出结论——
“死亡时间应当三十分钟到一小时以前，是机械性窒息。”
目暮和小五郎都已经勘察过现场了，从有着空白部分的录音带、以及现场的状态来看，有自杀的可能。
“多半是他在杀了那两个人之后，知道了麻生先生还曾留有一份乐谱，为了不让别人知道当年他们灭口麻生一家的原因这才跑来找乐谱，结果没有却没有找到，他走投无路于是自杀了。”
小五郎一如既往地展开他的“名推理”。
但同样一如既往地、有个小鬼开始拆台。
“还不能就这么下判断吧。”柯南用“萌萌”的大眼睛看着小五郎，“我不是说了吗？当时有个可疑的人从琴房破窗而逃，而村泽先生现在昏迷不醒，说不定犯人就是他们两个中的……一呆！”
话还没说完，就一如既往地挨了小五郎的一个暴栗。
“就你话多。”
目暮也认为不能这么轻易地结案，便让部下通知嫌疑人再次到村民办集合。
而柯南趁着众人离开的这会儿功夫，偷偷潜入琴房在钢琴底下摸索着。
然后，他便发现在钢琴下面有个隐藏空间，他伸手摸了摸却空无一物，只是手上沾上了些白色粉末，他又看了看地板上也残留着同样的东西。
他放到鼻子前闻了闻（注1），惊讶地发现竟是“女主角”！（注2）
柯南一瞬间想通了很多事，但却没有声张，生怕打草惊蛇。
“这月影岛上的牛鬼蛇神还真多啊……”
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一群人再度聚集到村民办。
柯南又借目暮分析案情的时候，看起了监识课所拍的黑岩被杀现场的照片，发现了当时演播桌上曾有一个按钮因被打开而发出红光，可在下一张照片里那个按钮便被关掉了。
接着他便又发现平田的左手因受伤而缠上了绷带，他偷偷跟上去买果汁的平田，趁着他拿钱包的时候诈了他一下。
“呐，叔叔，你袖子上沾着白色的粉末哦。”
平田被他吓得差点魂飞天外，手里的钱包也一个激灵掉在地上。
“叮叮铛铛——”
从平田的钱包里掉出来许多大小不一的硬币。
柯南一眼就认出来这基本都是外国钱币，装乖赞叹着：“好厉害！好多外国钱币哦！”
平田讪笑着将东西一一捡起：“叔叔我就是喜欢收集这些东西啦。”
然后他连贩卖机里的果汁都顾不得拿，逃似的回到村民办。
看了他的反应，柯南哪能不明白？当下断定当时潜入琴房、袭击了村泽又破窗而逃的就是平田。
这个时候气喘吁吁的长岛也到了贩卖机前，这两天来来回回地跑着实是为难他这个老人家了。
“怎么了啊？长岛警官。”柯南关切地问道。
长岛从手里的文件袋取出一叠A4纸。
“我终于找到了……麻生先生留下的乐谱！”
“给我看一下。”柯南一把从他手里抢过乐谱。
果不其然，这是一封暗号信，而暗号的解法也同杀人现场留下的乐谱解法相同。
“‘WA·GA·MU·SU·KO·SEI·JI’（给我的儿子成实）。”
“成，成实？麻生先生的儿子是叫成实吗？！”
柯南有些不敢相信，他转头望着长岛，而长岛也给了他肯定的答复。
“对，对，麻生先生的儿子是叫麻生成实。”
所有的谜团在这一刻解开了。
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之后便是惯例的“双簧”时间了。
柯南将小五郎诱骗至广播室，说在演播桌上发现了新的线索，而他也借着小五郎研究那些个乱七八糟的按钮时，用手表型麻醉枪，在他脖子上来了一针。
“噗呲。”
伴随着一个可疑的声音和脖子上的一阵刺痛，小五郎顿时感觉天旋地转，想喝醉酒一般踉跄着坐在了凳子上。
然后便打开了广播，用蝴蝶结话筒开始了“沉睡小五郎”的侦探秀。
他先揭穿了平田那懦弱、神经外表下的真面目——听从于川岛命令，常年前往海外搞药源的“药商”，平田之所以一直说那架钢琴有个什么鬼诅咒，是为了不让人发觉钢琴里藏药的暗门。
接着他看向手里的乐谱，又说起了十二年前事件的故事——
十多年前，龟山、川岛、黑岩和西本借麻生圭二常年海外公演的机会，由西本出面在国外进货，大家一起发财。
可是后来麻生圭二不愿意再帮助他们，他们为了封口便将麻生一家关在房内，一把火烧了麻生家。
麻生家一家三口被活活烧死，只留有一个在东京住院的孩子“成实”（seiji）。
“成，成实？难道是？”
众人看向面带笑容的浅井成实（narumi）。
“可是第二个事件的时候，他，嗯，她，成实医生没有时间犯案啊？”目暮想了半天也没想到合适的第三人称，只得用“名字加职称”来称呼成实。
两人隔着一层楼却毫无障碍地聊着天。（注3）
“这个事件除开他的性别，最大的诡计就在这里了。”“小五郎”倒是毫无障碍地用“彼”来称呼成实。
“他使用的手法相当凶险，他在第二场案件的录音带上利用了演播桌里‘自动翻面装置’，从完全空白的另一面开始播放，这样加上本身留有的五分半空白时间就有了三十分钟以上的余裕。”
“他第一场案件之所以溺死川岛，就是为了第二场案件埋下伏线——”
“首先因为死者是溺死，所以必然需要司法解剖，这样就算有随行法医，也会因为岛上没有专业道具而降尸体带回东京，让他能在接下来的案件中接手验尸工作。”
“就像他预想的一般，他借着第二次验尸、接近尸体的时候关掉了‘自动翻面装置’的开关，也就是证物照片上的红光，又成功地伪造了死亡时间，完全洗清自己的嫌疑。”
“这样一来就说得通了……”目暮低下头喃喃道。
“警部！凶手不见了！”
这时一个警员慌张地大叫着。
众人转过头，发现大门大开，门口只有一脸懵逼的出流。
“纳尼？！快去找！快去找！”
目暮只当他是畏罪潜逃，命部下四处去找。
柯南最先反应过来，拿着乐谱独自一人就往麻生圭二寄赠钢琴的公民馆冲。
之后，四散开来的警察也被公民馆冲天的火光聚集在一起。
“警部，建筑物周围被浇满了汽油，火势大得无法接近！”
“难道……他原本就打算自杀吗？”
众人看着已经无法阻止的火势，只能远远地站开。
琴房内，已经大仇得报的成实趴在自己父亲捐赠的钢琴上，他已经累了。
“一切都结束了，爸、妈、姐姐……”
他缓缓敲响代表休止符的琴键。
“噔——”
“还没有结束呢！——”
小小的侦探先生再度推开了那扇门，这次不是为了探求真相，是为了传达某人的遗愿、为了拯救成实的生命，他毅然决然地冲进了这九死一生的火场。
柯南拿起麻生圭二的乐谱递给成实。
“你父亲的乐谱上不是写着吗？‘成实，你一个人也要好好地活下去啊’！”
成实震惊地看着奋不顾身、闯进琴房的柯南。
随后，成实对柯南展露了笑颜，讲起了事件的全貌——
他在东京被人收养后，为了查明一家灭门的真相，从医大毕业后就回到了这座岛；而为了不被发觉自己麻生的儿子，原本就像女孩子的他干脆就女扮男装，成了女医生“浅井成实”。
川岛被杀当晚，他担心警方侦讯时会暴露伪装，所以故意同柯南他们一起熬夜，好将调查顺序排后。
“咳，咳，咳。”
成实被浓烟呛得不住咳嗽着，柯南见状拉着他，想要逃离此地。
“现在还来得及！”
成实看着眼前的男孩，觉得自己不能拖一个无辜孩子下水。
“已经来不及了——”
成实缓缓开口，他是在说这场大火，也是在说自己。
他起身将柯南高高举起，苦笑着道。
“我的双手，已经和那四个人一样沾满鲜血了。”
说完，他用力将柯南甩了出去。
“啊——”
柯南撞开了窗户，一路滚到了小兰面前。
“柯南？”小兰惊讶地看着从大火中飞出来的柯南。
“可恶！”
柯南刚起身就想往火场里钻，却被小兰一把拉住。
“不可以！”
“放开我！成实医生还在里面……”
柯南竭力想要挣脱小兰的手，可是小兰将他紧紧拽住，说什么也不放。
就在这时，在那熊熊烈火中传来了琴声。
“这声音是？”
“……是暗号……”柯南被这琴声安抚下来，没有再拼命往里冲，“是那个人在大火中弹的……”
大火不断地燃烧着，一如十二年前一般，直到所有东西都毁灭殆尽，它才平息下来……