在现实世界中，随着人们思想的进步与社会的发展，诸如妖怪之类古人们所害怕、敬畏的事物，逐渐被世人视为迷信，从而慢慢被遗忘。
然而，这些被视为迷信的事物，却真实的存在于这个世界上。随着他们被慢慢遗忘，妖怪们逐渐失去了人们的恐惧之心。妖怪们是以人类的恐惧为食的，而如果没有了这些……
妖怪，将从世界上真正的、永远的消失。
所幸的是，二百多年前，在遥远的东之国，几位妖怪贤者预见了这些事情。为了让妖怪继续存在于世，贤者们与一位巫女共同开辟结界，创造了一片与世隔绝的土地，为被遗忘的妖怪们提供栖居之地。
在这片土地上，人类与妖怪共存。妖怪吃人类，人类退治妖怪，生活与古时别无二致。
这个结界，名为“博丽大结界”。这片被时间所遗忘的宁静的土地，其名为幻想乡。
幻想乡也不是完全与世隔绝，它仍与外界保持着千丝万缕的联系。
比如说，第二次世界大战结束后，因为死亡人数庞大，成千上万的怨灵进入幻想乡后，没有及时被引渡过三途川。无处可归的怨灵们附在了花朵上，造成了万花齐放的壮观而又离奇的现象。在幻想史上，其被称为“花映塚异变”。
再比如，一些老式电视、电脑、游戏机，甚至旧信号塔一类的被时间所遗忘的事物也会进入幻想乡。
甚至，被遗忘的人类也会如此。
这种处在现世的人类突然消失，来到幻想乡的现象，被称之为“神隐”。
而这次的故事，就是一个神隐之人的故事……