原来，在当年2B死去后，9S疯狂的对机械生命体展开了报复.......塔崩坏，亚当夏娃等人离开地球，邀请9S一同但却被拒绝了，9S独自走出来，并开始想方设法修复2B。但是已经完全坏掉的2B根本无从下手，即便9S尝试了多种方法都行不通，直到有一天，他见到了在崩坏的塔中掩埋却侥幸生还的A2。

　　两人见面便大打出手，A2不想与9S战斗，但9S却纠缠不清，扭打之际却不小心触发了掩埋在泥土中的一个神秘装置，两个人一同坠入了被偶然开启的次元门中，9S发现自己竟然来到了一个新世界，当下喜极而泣，他立刻放下对A2的敌意希望她能帮助自己复活2B。A2虽然嫌麻烦，但是9S对2B的情感却触动到她心中的某个部位，令她回想起了过去自己与那些战友们的时光，便也答应了她。9S先是回去将2B的身体搬到这个世界，然后和A2一起开始学着在这里生活，寻找救2B的方法。

　　这是一个科技非常发达的世界，但却时刻面临着外星生物的威胁。9S先是尝试用2B为原型制造了一个身体，并采用了这个世界的新技术去融合黑匣子，使得新身体更接近于人类。但一切完成以后却发现2B的记忆数据无法导入其中，因为2B的储存库早就被病毒摧毁，她的记忆已经不能再提取出来了。

　　9S非常失望，甚至将这个有了一些自我意识的新身体搁置了足足有两个月，后来经过朋友提示后才发觉自己的做法不妥当，他又找到这个新身体，并为她取名“琳”，把她当作自己和2B的女儿来养，而琳也因为9S的用心制作，头脑和体能的生长速度异常的惊人。

　　9S在这个世界利用自己的知识很快就跻身到了高等科学院中，并且有了一个宅男朋友，他自称“233”，从来不告诉别人本名。但是233却死于一场外星生物入侵事件里，9S及时赶到，虽然已经无法挽救他的性命，但9S却用自己的技术提取出233还未完全死亡的大脑脑内记忆，将他的记忆输送到一个造型特殊的机器人里，为他取名“POD·233”。

　　233非常欣赏9S的才华，也很敬佩他为了喜欢的人如此奋斗的精神。但是随着时间的推移，这个世界变得越来越危险，外星生物已经在很多地方建立起根据地，人类节节败退。终于有一天这个世界支撑不住了，9S为了掩护众人撤离受了重伤，为了不拖累大家。他选择让A2带着POD042还有233，以及昏迷的2B还有女儿琳离开。自己留在了世界，并被外星生物首脑发射的白光分解为亚原子。