原来,在当年2B死去后,9S疯狂的对机械生命体展开了报复.......塔崩坏,亚当夏娃等人离开地球,邀请9S一同但却被拒绝了,9S独自走出来,并开始想方设法修复2B。但是已经完全坏掉的2B根本无从下手,即便9S尝试了多种方法都行不通,直到有一天,他见到了在崩坏的塔中掩埋却侥幸生还的A2。
两人见面便大打出手,A2不想与9S战斗,但9S却纠缠不清,扭打之际却不小心触发了掩埋在泥土中的一个神秘装置,两个人一同坠入了被偶然开启的次元门中,9S发现自己竟然来到了一个新世界,当下喜极而泣,他立刻放下对A2的敌意希望她能帮助自己复活2B。A2虽然嫌麻烦,但是9S对2B的情感却触动到她心中的某个部位,令她回想起了过去自己与那些战友们的时光,便也答应了她。9S先是回去将2B的身体搬到这个世界,然后和A2一起开始学着在这里生活,寻找救2B的方法。
这是一个科技非常发达的世界,但却时刻面临着外星生物的威胁。9S先是尝试用2B为原型制造了一个身体,并采用了这个世界的新技术去融合黑匣子,使得新身体更接近于人类。但一切完成以后却发现2B的记忆数据无法导入其中,因为2B的储存库早就被病毒摧毁,她的记忆已经不能再提取出来了。
9S非常失望,甚至将这个有了一些自我意识的新身体搁置了足足有两个月,后来经过朋友提示后才发觉自己的做法不妥当,他又找到这个新身体,并为她取名“琳”,把她当作自己和2B的女儿来养,而琳也因为9S的用心制作,头脑和体能的生长速度异常的惊人。
9S在这个世界利用自己的知识很快就跻身到了高等科学院中,并且有了一个宅男朋友,他自称“233”,从来不告诉别人本名。但是233却死于一场外星生物入侵事件里,9S及时赶到,虽然已经无法挽救他的性命,但9S却用自己的技术提取出233还未完全死亡的大脑脑内记忆,将他的记忆输送到一个造型特殊的机器人里,为他取名“POD·233”。
233非常欣赏9S的才华,也很敬佩他为了喜欢的人如此奋斗的精神。但是随着时间的推移,这个世界变得越来越危险,外星生物已经在很多地方建立起根据地,人类节节败退。终于有一天这个世界支撑不住了,9S为了掩护众人撤离受了重伤,为了不拖累大家。他选择让A2带着POD042还有233,以及昏迷的2B还有女儿琳离开。自己留在了世界,并被外星生物首脑发射的白光分解为亚原子。