故事发生在1994年，位于极西之岛——日本的冬木市，一座普普通通的都市之中却将要开始一场不同寻常的战争，即为圣杯战争。传说中，圣杯是能够实现拥有者愿望的宝物。为了追求圣杯的力量，7位魔术师各自召唤英灵，展开争夺圣杯的战斗，这就是每隔60年才会发生一次的圣杯战争！
为了这一天的到来，魔术名门们从小就开始培养具有魔术潜力的孩子，花费巨大的人力物力搜寻用于召唤仪式的圣遗物，期盼能够借助强大英灵的力量来夺得圣杯。没错，在这些魔术师的眼中，传说或者历史上大名鼎鼎的英雄只不过是相当于一把刀剑的武器而已，和最低级最简单的使魔从本质上讲并无不同！
在众多的魔术名门中，远坂家世代作为冬木市这片土地的管理者更是早早地做足了准备，远坂家的当代家主名叫远坂时臣，他与妻子育有两个女儿，分别叫做凛和樱。这本该是一件幸福的事情，然而，对于魔术师却并不是这样，因为能够继承家业的人只有一个。最终，远坂时臣选择了年长一些的姐姐凛，妹妹樱便被时臣过继给了由于水土不服而血脉断绝的间桐家。
在战争开始的时候，为了以防万一，远坂时臣便将自己的妻子葵与女儿凛送离了冬木市。然而，他没有想到过一件事情，“我想要帮助父亲大人。”如今还只是一名小学生的远坂凛选择了偷偷地回到冬木。
圣杯战争还未开始，不过冬木市就已经弥漫着一种紧张的气氛，一到晚上路上的行人似乎都感觉到什么了早早地就消失在了街上，街头巷尾一片空寂，刚好方便凛偷偷地跑回来，否则一旦有人看到了要么拐走要么报警。
虽然是远坂家的下一任家主，学校里的优等生，魔术上的天才，但远坂凛如今终归不过是个孤零零的小女孩，她有点害怕，太阳都快要落山，马上就是夜晚了。最近冬木市发生了几起性质很恶劣的刑事案件，有一个杀人狂正在不停地在冬木流窜犯案，这也正是街上没有行人的原因之一吧。
远坂凛手里捏着父亲送给自己的魔力计，不停地鼓励着自己，这个魔力计会分辨周围的魔力痕迹，所以她是可以躲开真正的危险，不管是小混混还是杀人犯，本质上还只是普通人，自己学到的一些魔术足够应付了。
也正是因为这个原因，远坂凛还是在一步一步地往前走，事实上她今天晚上是不可能会遇到杀人狂的，因为那个疯子刚刚入侵了一栋房子，打算享受一下杀戮和恐惧。
但凛并不安全，因为她其实并不足以应付那些小混混，可能是因为杀人狂的威胁，小混混们也都聚集了起来，不再是三四个一群，而是真真正正的十人以上。
如果是在平时，这帮小混混根本不会对远坂凛一个小女孩多看两眼，但今天晚上他们都没能搭讪到几个妹子，毕竟发生了好几起凶杀案，所以在一个人嘴里嘟囔了两句“其实小女孩也没什么不好”之后这帮人就都觉醒了名为“萝莉控”的属性。毕竟是日本，萝莉控其实占了绝大多数，只是一般情况没人第一个站出来承认而已，而现在就有人站出来了。
而在另一边，圣杯战争还差最后一个魔术师召唤出他的英灵的，按照规则，这将会是Caster（法师）职介，也就是英灵中的职业划分，每次圣杯战争都是7种职业的英灵各一个，分别是被称为三骑士职介的Saber（剑士）、Lancer（枪兵）、Archer（弓兵），还有可以召唤坐骑的Rider（骑兵）、可以隐匿踪迹的Assassin（刺杀者）、没有理智的Berserker（狂战士）。
按照时间来说，今天晚上，一定会出现最后一个魔术师和英灵。
那位流窜作案的杀人狂雨生龙之介也凭借着人的鲜血与恐惧准备着一个召唤法阵，那是他从一本家传的古书上看到的，他杀了这家人的父母，留下恐惧的小孩子，他认为这样可以召唤恶魔，反正是别人的生命，他大可以当做一场游戏来玩一玩。
远坂凛也陷入了危机，在打倒了两个混混后反而激起了他们的怒火，这些混混本来也只打算玩一玩，不敢触犯法律，但现在事态就在朝着那边发展。虽然只是小学生，但远坂凛隐隐约约地已经猜到了，她万分恐惧，幼小的手脚想要挣扎。
“喂，小孩子你也打啊！”
“去他的小孩子，”一般人并不知道圣杯战争，但魔力汇聚还是会潜意识地产生极大的压迫感，一个小混混已经红了眼睛，手上拿着一把小刀，捡起被刚刚被摔到地上的远坂凛，可爱白皙的小脸上沾上了泥土，刀刃被按在脖子上，“你是不是想死！”
已经溢出了一些血珠，会死的，远坂凛在疼痛中恐惧地看着小混混，但这样的表情反而更让他得意，“怕了吗！”刀刃却一丝丝地按得更用力。
在这召唤英灵的最后一刻钟，龙之介和远坂凛，双方都有着孩童最纯粹的感情，有着人类对于死亡最原始的恐惧，有着鲜血的媒介，同为魔术名门的后代，到底谁能成功召唤出最后一个英灵呢？
龙之介成功了，一个高大的穿着仿若恶魔的英灵降临了，毫无疑问，那就是Caster。
远坂凛也没有失败，虽然没有魔法阵，但临死前的恐惧让她发挥出了深藏于血脉之中的潜力，只用一击，所有的小混混就被突然出现的人击倒了。
由于突破自己的极限，远坂凛在昏迷之前只来得看到了那个人的大概：英气的板甲，仿佛是一件优美工艺品的长剑，从美丽金发中露出长长的尖耳朵，声音也很好听。