秀知院学生会的会计监察伊井野弥子因为某个契机意外穿越回了初中三年级第三学期。她接触到了因扭曲欲望所形成的认知世界——『宫殿』。在那里面，她看到了那个总是违反风纪、曾经身陷冤罪的少年——石上优背后的残酷真相。因为这件事，觉醒为『Persona』使用者的伊井野，在异世界向导米拉伊的指引下，她决定踏上这条不为人知的道路：她要进入让石上陷入冤罪中的恶人的宫殿，盗走扭曲的欲望，改写那个少年悲惨的过去……