公元2000年，“第二次冲击”发生。官方称巨大陨石坠落南极，实则未知力量引发全球性灾难。十五年后，被称为“使徒”的神秘巨大生物不断来袭，人类常规武器毫无作用。国际政治中心授权特殊组织NERV，研发“泛用人形决战兵器EVA”——一种需要特殊驾驶员通过神经直接控制的终极武器。

故事主线

15岁的初三女生邱莹莹，一个“像一滩水”般没有存在感的普通少女，在使徒首次降临那天，独自坐在废弃大楼的预制板上剥石榴。当冲击波席卷一切时，她却奇迹般毫发无伤。

被NERV带走后，莹莹发现自己拥有惊人的神经同步率——未经训练就达到57.8%，远超三个月训练的预备驾驶员。更诡异的是，在第一次驾驶EVA四号机时，她的同步率突破300%，并“看见”EVA深处有一个和自己一模一样的女孩。

NERV总司令碇源堂告诉她残酷真相：她有一个双胞胎姐姐，死在她出生之前，而姐姐的灵魂，就在EVA里。