《复刻之笼》讲述平凡青年萧然意外绑定“困兽”系统，觉醒“异空间锚点”能力，能生成独立异空间，却被神秘组织“收割者”追杀。逃亡中，他遇见能操控光线的苏清颜，得知她祖父苏承安曾参与“囚笼计划”，而该计划与异空间能量、异禀者能力密切相关，其目的是通过“锚点核心”控制所有异禀者。

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两人结伴追查真相，从废弃实验室到收割者据点，逐步发现“囚笼计划”背后隐藏着世界空间壁垒的秘密。过程中，萧然的能力不断进化，可扩容空间、强制拉人进入；苏清颜的身份也逐渐揭开——她是来自平行世界的穿越者，身负系统任务，需“攻略”萧然以阻止世界崩塌。

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随着第三个锚点核心的线索浮现，两人不仅要对抗收割者的追捕，还要面对两个世界存亡的抉择，在谎言与信任、使命与情感中，探寻打破“囚笼”、守护彼此世界的最终答案。