当平成的福尔摩斯工藤新一在一场被完美设计的密室爆炸中“身亡”，并被现场无可辩驳的DNA证据 指控为杀人凶手时，世界的秩序轰然崩塌。这场精心策划的死亡，是投向全球的一颗震撼弹，瞬间引爆了所有势力的怒火。  

FBI与国际刑警组织 因失去最重要的符号而震怒；宿敌黑衣组织因猎物被不明第三方夺走而备感羞辱；而挚友与家人们，则被悲伤与污名彻底吞噬。在混乱的迷雾背后，一个代号“建筑师”的幽灵浮出水面 ，他视人为棋子，视混乱为艺术，工藤新一的陨落，仅仅是他颠覆世界棋局的第一步。  

在破碎的世界上，毛利兰、服部平次、怪盗基德、灰原哀，这些被悲伤与愤怒所驱使的幸存者们，被迫结成一个脆弱的复仇者契约，在交织的阴谋与谎言中追寻那被烈焰焚毁的唯一真相。

他们不知道的是，在黑暗的最深处，一个被抹去面容、代号为“4869”的幽灵特工 ，正戴上全新的面具，被迫潜入一个远比黑衣组织更加深不见底的黑暗漩涡。