自2010年厄俄斯兽瓦解之后，历年来被击败而亡逝的邪恶数码宝贝，带着一种强大的力量和执念，在「某人」别有用心的策划下再度重生。数码世界的危机随着新世纪网络发展的同时卷土重来。

石钰和、苏晟楠、白泉、顾明美、路熙诚，这些曾共同解决过数码世界危机、如今已是丰京一中的初中二年级学生的被选召的孩子们，在确定灵魂人物太叔一哲为队长之后，和他们的搭档数码宝贝为了应对新生的危机再一次集结。在他们行动的过程中，来自初中一年级，始终相信奇迹的南宫辅煜、温柔的卫贤奕加入了他们，而背负着未知命运的小学四年级学生田伊弘则被持有确切的「希望」、「光明」力量的同校五年级学生高武琛和海珈兰拉了进来。

然而，尘封多年的因果，也在隐藏着「生命」本身中象征「美」与「真实」的少女、初一年级学生海东清的身上逐步显现着……

现在，冒险再一次进化。