20世纪30年代，名为达尼克·普雷斯通·千界树的卑鄙之人强行夺走了设置在冬木的大圣杯。为了掩盖踪迹，达尼克将圣杯战争的资讯向魔术世界公布。自此大量的魔术师为了接触根源而于世界各处开了各级强度各种方式的劣化圣杯战争仪式。

亚欧大陆东国的阴山市内，苦恼于千年大计的术士家族们同样收到这则资讯。在经过双水山顶峰的讨论后，一场经过调整的圣杯战争将被嫁接在他们的计划末端。

自此，以完美的不死药为最后的奖品，从者的实力被大幅限制的亚种圣杯战争将在20世纪的末端打响。