2020年，世界发生一场巨变。一只莫名的舰队从大洋洲产生，以碾压人类的科技实力占领海洋。人类为了对付这种名为海雾的舰队，自觉进行了全球联盟，名叫碧蓝航线。但人类并不知道，在海雾的背后，还有另外一支侵略势力。于是一场三方势力交战就开始了。