这是一个处在工业革命时期的魔法世界。

生来患有异视症的少年麦兜，在无后富豪家中过着优渥的养子生活，凭借洞察元素的双眼和背后的资源，谋算着有一天成为世界最为突出的元素学家。

一天，在传言纷纷的森林里，麦兜偶遇了失去记忆的幽灵少女穆儿。穆儿无法被常人接触，但拥有特殊视觉的麦兜恰巧可以。穆儿自身梦幻般的灵魂元素正是麦兜所想研究的，于是，麦兜成了穆儿唯一的依靠，而他自己的命运也因此改变。