第五次圣杯战争结束后，大圣杯濒临解体。然而，远在东京的魔术协会极东分部不甘心大圣杯就这样崩溃，毕竟在他们看来，圣杯的”碎片“仍有利用的价值。

为了给复兴大圣杯做好铺垫，同时为了避开复兴圣杯反对派以及本土御三家的视线，在得到时钟塔内部秘密授权后，极东分部收集了大圣杯的部分碎片，将其带往极东分部的地下室（东京的灵脉中心），利用东京长期蓄积的魔力以及大圣杯的碎片重新组织了一个不亚于冬木大圣杯的亚种圣杯，准备开展一次亚种圣杯战争。

但这个亚种圣杯的“本质”，有些人也是十分清楚的........

不过，殊不知，这场战斗除了有魔术协会的人参加以外，一名身负家仇的少年出于某种目的也参与到了其中。正因如此，他与一名来自欧洲，放弃了魔道与家主候选人之位并离家出走流浪至远东之地的天才少女产生了不解之缘.........