与组织突如其来的正面交锋，灰原被抓，降谷暴露，玛丽现身，红方众人纷纷登场，在那场研究所的大战中他终于拿到了APTX的所有资料。

江户川柯南从此消失，工藤新一终于回到了大众的视野，解药已经吃下，他会继续对抗组织吗？浅香，朗姆，十几年前羽田浩司的被杀背后的原因，赤井务武，黑田兵卫，宫野夫妇失踪与被害的真相。朗姆的身份究竟是谁？背后那位boss何时露出水面，组织的目标究竟是什么？

当组织最终覆灭，黎明终于到来，新一又该何去何从？新志两人又该怎么面对彼此的感情呢？

新志结局，本文是主线剧情向，是作者本人对于名侦探柯南漫画的续写。