在《游戏王末日之战》的故事一年半后，发生在同一座城市另一所学校的，关于一个使用【宝石骑士】的女生——吕灵的非日常高中故事。从黑暗决斗中保护世界的决斗组织【祈愿星】，企图毁灭人类文明的组织【迪斯觉瑞】，性质不明朗的亡命之徒组织【霞光】，在他们彼此的战斗中，世界正命悬一线。