士郎再次恢复到巅峰状态，甚至踏出了自己的道路，将未来自己的力量彻底摒弃，而约定的第五次圣杯战争也即将展开。
时劫者再一次预谋一次异类骑士事件，然而这一次他们惨了，诸如主神空间等域外多元宇宙大势力也蠢蠢欲动，士郎的一尊走到科学侧顶点至高的平行同位体———卫宫博士分出一缕灵光，安排进了一支轮回者小队之中，听着他们吐槽主神空间的高阶轮回者去战锤40k世界，意图抓捕原体结果被觉醒亚空间本质的鸦王暴打，也颠覆空间里对战锤世界亚空间力量体系的认知，卫宫博士则面无表情制服察觉他们降临在此地的言峰绮礼，顺带漏了一手细微科学技巧拿下团队领导权。
时劫者这边捕获了主神空间轮回者小队、一个意外误入的迦勒底以克莱因瓶式的时间囚笼构成一个不断循回往复的轮回世界，又绑架了特异魔女作为轮回核心，自时间不知名处而来的电王以此为点开始吞噬一条条有第五次圣杯战争的时间线，而野上良太郎与桃塔罗斯他们不断对异类电王展开追捕。
时王的现实时间线这边，远坂凛在时钟塔学习大成后回到家乡，因为种种姻缘她经典的掉链子一不小心用士郎赠予她的东西召唤来摩根。士郎如约在一个夜晚召唤了saber阿尔托莉雅，二人再次于命运之夜相遇。
士凛夜晚在学校叙旧，结果士郎习惯性的嘴毒气的凛下令从者开战，摩根、阿尔托莉雅现身全场气氛微妙。异类电王手持大圣杯promax版突袭，士郎被卫宫博士的一缕身影愣住，异类电王将除士郎以外的所有存在抓到祂的异类时间线中，然后果断跑路。
轮回者小队这边，主神发布争夺圣杯的任务，卫宫博士发挥才能，以言峰绮礼为主题弄了一个魔法阵，随后割开他的脉搏放出已经蕴含他本性本质的血液，涂抹在教堂雕像之上结合言峰绮礼偏向罪孽灵魂本质、教堂中被信徒多年信仰之力洗礼下被赋予了些许概念的雕像，制作出了邪魔外像，袭击了返回来查看情况的Lancer库丘林，随后其它轮回者去探查情况，卫宫博士则兴致勃勃的开始对库丘林做实验。
随手抓了一团所在世界的一部分物质与能量，以从者的本质——来源于时间之上的英灵殿的本体降下的信息，将言峰绮礼整个灵魂作为消耗品，反向污染Lancer的灵基，逆转了Lancer的灵基规模将其异化成Berserker的样子，但实际上这是一个同时存在于过去未来现在的魔神状态的库丘林，将其派遣出去救回与迦勒底交战的轮回者。
又利用型月世界关于魔力与生命力、魔术回路与神经系统的奇特关系，制作出了一个简易版的超频药剂，即以生命力魔力反向通过魔术回路异化大脑达成智慧升华到效果（虽然大概率会因为这个而人格异化成某种偏执、疯魔的精神病……但还能用不是吗？）
将药剂交给轮回者，让他们去控制冬木市的达官显贵来给他的实验研究提供各种资源与便利，又将言峰绮礼的魔术回路拆出来研究，结合构成从者的灵基，以大圣杯为能量源搞出大批量的人造魔术回路，将冬木市黑帮统统移植改造扔给轮回者训练。
轮回者做牛做马，抓来间桐脏砚、樱，又上交了自身大量高科技产品，在冬木市科研条件最好的实验室中，以樱的起源、原魔术属性、现魔术属性等等为素材，将她体内的圣杯碎片复刻为完整的圣杯，又以将该圣杯替换了他的心脏开始改造，成功将其改造为一个类似刀锋女皇但又比之更加强大的虚空女皇！
而间桐脏砚的魔改就简单太多了！直接利用他扭曲的灵魂，将其彻底魔化又用卫宫家关于时间类的魔术以孤独的放逐更彻底的魔化他的灵魂、人格、心灵、意识，将其改造成类似泰伦虫族的存在。
异类电王一方的异魔神围剿与迦勒底联手的远坂凛一行人，摩根变身Wizard轻易灭杀异魔神，但随着虚空女皇、虫族的登场，凛被樱弄得性情崩溃难以下，阿尔托莉雅被困在虫族的浪潮之中，摩根被异类电王缠住一行人一度被逼入绝境，士郎横跨无尽时空化解危机，给予凛信念与力量，士郎又在阿尔托莉雅身旁化身与她作战，但士郎的力量终究难以完全横跨无尽时空，咕哒子和玛修还是被抓走了。
在卫宫博士的虚空女皇、虫族、魔化库丘林的成果面前，有两名轮回者主动要求改造，卫宫博士干脆拿出从伊莉雅体内提取出的小圣杯，以轮回者们提供的变形金刚宇宙的科技，将其逆转魔改为一个变形金刚的火种，移植进一名轮回者体内将其改造为半变形金刚，又以菌子为原点将另一个轮回者改造成了人形植物半神魔兵器。
摩根、凛突袭实验室，但被卫宫博士弄出的擎天柱、威震天阻拦，阿尔托莉雅带着士郎所有能投射到此界的力量将潜藏在时间隐秘处的异类电王重伤。
卫宫博士激怒咕哒子，用奇特魔力激发了玛修体内被篆刻的符文，在其上一一打入空间奇点，又引咕哒子发觉自身起源真相，展示了基因图谱———她是卫宫博士以自身的基因结合阿尔托莉雅的基因诞生的产物，继承了卫宫博士在成道之前的力量遗泽——X战警宇宙的蕴含所有变种人X基因的基因武装。
士郎揭露这个世界的真相，远坂凛她们所处的世界早就已经开始轮回了，她们自达被抓进来开始就与异类电王、迦勒底、主神空间轮回者轮回不知道多少次，而这一次是士郎第一次来到这个世界也是卫宫博士第一次来到参与这个世界的实验，异类电王是卫宫博士引导时劫者在卫宫博士主导的多元宇宙中缔造，打从一开始就受卫宫博士控制，而祂的目的自然是士郎。
卫宫博士在登机前往冬木市大圣杯原存放处，将决战地点定在哪里，临走之前解开了咕哒子、玛修身上的轮回枷锁，让他们直面了被轮回四亿八千万次的经历，但他们并没有崩溃，反而越发坚强不屈，力量也愈发的强大，直到士郎在感受远坂凛、阿尔托莉雅、摩根她们开始焕发的信念，在确认友方所有人都有足够的信念承受轮回真相后，士郎于这个世界之外一剑斩破异类时间线的轮回桎梏。
咕哒子自身各种异能开发堪称恐怖的极致，玛修在千千万万的空间泡暴涨的混沌态中近乎量子升维成神，远坂凛统合一亿二千九百六十万次轮回的技艺，阿尔托莉雅融合一次次轮回的力量，摩根不需要这样的增强………众人携手开启最终之战！
擎天柱、威震天得到冬木市几百公里外战争天网的科技支援，展开卫宫博士真正为他们准备的升华，量子真空熔炉为核心、质子电子结合信息物质化的擎天柱，中子简并态融以太暗物质能量、反物质引擎的威震天，被魔改的时劫者战斗小队。
士郎与良太郎联手杀进这个世界，大战真正展开！
士郎被卫宫博士拉入中子星战场，被卫宫博士仅仅使用三颗中子星的力量碾压，又抬手将银河系化作一尊先天魔神攻杀士郎，但士郎在绝境之下过去未来现在统一，以短暂的二阶之力破局，带着胜利的众人离开这个多元宇宙