这是给予对《魔法少女奈叶》系列不是很了解的读者熟悉一下这个故事原作的背景。
无印篇
故事始于新历65年4月。
第97管理外世界（又名“地球”）海鸣市平凡的小学三年级生——高町奈叶。某天夜里，她梦见一只雪貂并与之对话，醒来后发现梦中的生物竟真实躺在被窝里。这只名为尤诺·斯克莱亚的雪貂实为来自米德芝尔达的魔导师，他正在追寻因事故散落至地球的太古遗产“圣石之种”。这些种子蕴含强大力量，一旦被普通人触碰会引发不可控灾害。
面对尤诺的求助，奈叶并未因“守护世界”的宏大使命而战。她接受魔法之力、成为魔导器“旭日之心”的主人，初衷极其单纯：她亲眼目睹身边的人们因圣石之种受伤，她不愿珍视之人再受伤害。这份立足于具体个体的温柔与责任感，贯穿了整部作品。
奈叶平静的回收工作，被一位同龄的金发少女彻底打破。菲特·泰斯特罗莎——身着黑衣、手持镰状魔导器“雷光战斧”，以惊人的魔力同样收集圣石之种。与奈叶的坦诚明朗相反，菲特眼神哀伤、寡言疏离，战斗时果断凌厉，内心却空空荡荡。
两人初次交手，奈叶惨败。菲特在炮击前低声说了句“对不起”，这一细节让奈叶坚信这个女孩并非恶人。她开始执着于“想和她谈谈”“想和她做朋友”。
然而菲特坚信“言语无法改变任何事”，唯有完成任务才能获得母亲的笑容。两人数次交手，魔导器双双受损，奈叶虽屡战屡败，却始终未改对菲特的关切。
奈叶逐渐意识到，若不全力以赴战胜对方，两人永远无法平等对话。她主动向菲特提出决战，赌上所有圣石之种：“我们之间的一切还没有开始。所以，为了寻找全新的自己——开始吧。”
这场海上决战是全剧转折点。奈叶不再只是被动接招，而是以集束炮“星光爆裂”正面迎击。炮火散去，菲特失去意识、无力坠落，奈叶拼尽全力抱住她。那一刻，语言终于传递：不是征服，是“我终于触碰到你了”。从此菲特紧闭的心扉被撬开缝隙。
随着时空管理局的次元战舰“阿斯拉”舰长琳蒂·哈拉温、执行官克洛诺·哈拉温以及辅佐官艾蜜·莉米艾特介入调查，菲特的悲剧身世逐步揭开。她并非母亲普蕾茜亚的亲生女儿，而是用早逝长女艾丽茜亚的遗骸为蓝本制造的“人工生命体”。
普蕾茜亚无法走出丧女之痛，企图收集圣石之种开启次元之门、前往名为阿鲁哈扎的世界寻找堪称神代魔法的起死回生之术。她将菲特命名为“F.A.T.E.”（即计划编号“F”），只把她当作工具利用，从未给予真正的母爱。
尽管如此，菲特仍执着地渴望母亲的认可。她忍受责骂与无视，坚信只要完成任务就能换回温柔。唯一给予她温暖的，是已故使魔莉妮丝——那个教会她魔法、像母亲一样拥抱她的女性。莉妮丝在完成任务后消失，留给菲特的只有魔导器和满身孤独。
决战中，普蕾茜亚启动大型魔法无差别轰击奈叶与菲特，甚至将完成任务的菲特抛弃在崩溃空间内。
菲特在使魔艾尔芙的哭喊中终于看清真相：母亲从未爱过自己。她被阿斯拉舰收容，不再是为谁而活的“工具”，而是第一次被当作“菲特”本人来对待。
即便如此，菲特在审判前夕仍想见母亲最后一面，说出那句令人动容的话：
“如果你希望的话，我可以保护你不受到世界上任何的伤害。并不是因为我是你的女儿，是因为你是我的母亲。”
她始终在以纯粹的忠诚回应一份从未等到的亲情。普蕾茜亚最终与艾丽茜亚的遗骸一同坠入次元缝隙，这场扭曲的悲剧就此落幕。
事件结束后，菲特因涉及太古遗产违规操作面临管理局审判。启程前，她获准与奈叶短暂见面。清晨的海鸣公园，两人没有过多言语。奈叶取下自己的白色发带，亲手系在菲特的金发上，菲特则将黑色缎带赠予奈叶。
菲特曾被至亲抛弃，却在此刻确信自己“被需要”。奈叶从未试图改变她，只是静静陪伴、全力战斗，把“想做朋友”这份心情贯彻到底。两人尚未互诉更多，便匆匆分离，但黑白发带已成彼此归属的象征。
A’s篇（新历65年6月~12月）
圣石之种事件结束数月后，奈叶恢复小学三年级生的日常，在旭日之心的陪伴下继续魔力训练，期盼着与菲特重逢。
菲特则正经历身份转变——她不再是普蕾茜亚的工具，而是被琳蒂·哈拉温提督收养，成为琳蒂的养女。
与此同时，海鸣市另一隅，少女八神疾风在生日夜被双腿剧痛惊醒。她挪向书房，发现家中古书正自动翻页，四道光芒从中涌现：红发锤使维塔、粉发剑士希格纳姆、金发治愈师莎玛尔、苍蓝守护兽扎斐拉——这是暗之书（又名“夜天之书”）的守护骑士，是暗之书赋予疾风的守护者，亦是诅咒的具现。
某个夜晚，奈叶被异常结界吸引，遭遇维塔突袭。这个看似幼小的红发骑士以巨锤“审判之槌”正面击碎奈叶的防御魔法——这是首次有人纯粹以暴力破开她的屏障。千钧一发之际，金色雷光划破夜空，菲特持雷光战斧架开致命一击。两人重逢于战场，却无暇寒暄。
此战奈叶的魔力被莎玛尔夺走，这是暗之书完成所需的关键燃料。
守护骑士们的目标清晰：收集魔力，填满这本自太古传承的诅咒之书，以换取主人的健康。她们不知疾风的腿疾正是被暗之书侵蚀所致——她们越是战斗，越是将主人推向深渊。
一面是奈叶与菲特在管理局支援下，与骑士团激烈交锋；
另一面是疾风家中的日常生活：希格纳姆替疾风整理图书馆借来的书，维塔抱怨半价肉又被抢光，莎玛尔炖咖喱，扎斐拉安静趴在一旁。这四个自称“道具”的骑士，笨拙地学习成为家人。
疾风自幼失怙，独居大宅，本应孤寂的岁月因骑士们的到来而温暖。她从不过问她们战斗的目的，只在被疼痛惊醒时咬紧被角，不让隔壁的维塔听见。
骑士们则隐瞒真相：主人的双腿并非因病，而是她们每启动一次暗之书，诅咒便加深一层。
随着冲突升级，管理局确认疾风即为暗之书主人。奈叶与菲特前往医院探望，在走廊与骑士团迎面相遇。没有战斗——双方都认出对方是自己“想要守护的朋友”，也同时意识到：若不阻止暗之书，疾风会死；若阻止，骑士团失去存在意义，疾风的病痛亦无解。
骑士团不是恶人，管理局不是压迫者，连暗之书本身也只是被前人改写成诅咒程序的受害者。真正敌人是六百年来重复的悲剧轮回。维塔流着泪喊出“我们只是想治好疾风”，希格纳姆沉默举剑，每一击都带着决绝——她们并非为破坏而战，而是为“不被当成道具的主人”赌上全部。
暗中操纵局面的，是管理局提督吉尔·格雷姆及其助手莉泽姐妹。他们曾亲历暗之书暴走之灾，也目睹了管理局提督兼次元航行部队“艾斯提亚”号舰长克莱德·哈拉温（琳蒂丈夫、克洛诺父亲）于新历54年的暗之书事件中牺牲。决心借此次完成程序启动“封印计划”——将暗之书连同主人一并永封。莉泽姐妹伪装面具人，在奈叶与骑士团激战时夺取菲特的魔力，加速暗之书完成。
圣诞前夜，暗之书觉醒。莉泽姐妹以奈叶与菲特的外貌，在疾风面前上演“主人已被背叛”的幻象，诱发诅咒完全解放。疾风坠入书内空间，骑士团被强制吸收，暗之书的真正姿态——白发赤瞳的管制程序“天使之翼”——降临于世。
疾风在黑暗深处见到了她。这本应吞噬主人的书，却在哭泣。它说自己是道具，没有心，流泪是因为主人的泪。疾风伸出手：“你愿意成为我的力量吗？不是为了破坏，是为了守护。”
她为它赐名——“琳芙斯（Reinforce）”，意为“支撑心灵的使者，带来幸福的微风”。
六百年来，暗之书从未被当作“谁”，只是武器、诅咒、灾害。疾风是第一个对它说“你是我的家人”的主人。
战斗中，菲特被暗之书吸入，坠入由记忆编织的幻境。那里有已故的莉妮丝，温柔的艾丽茜亚，甚至会对她微笑的母亲普蕾茜亚。艾丽茜亚轻声说：“即使这是梦境，留下来也可以的。”
菲特沉默良久，终于摇头：“我必须回去。有人在等我。”她拥抱了从未真正谋面的姐姐，接过雷光战斧，挣脱幻梦。
暗之书的自动防御程序失控暴走，化作破坏巨兽。
管理局提出两个方案：连同主人一并消灭，或永久封印。
奈叶说：“我们选第三个。”——以炮火击溃防御系统，但不伤及琳芙斯与疾风的灵魂链接。
最终，奈叶的星光爆裂、菲特的雷牙裂霸、疾风首次觉醒的“终世夕曲”，以及复活归来的骑士团全力支援。并非杀戮，是解放。暴走核被送往阿斯拉舰前，由众人合力粉碎。
危机解除，疾风与骑士团重获新生。然而琳芙斯告知：她的存在基础已被改写，若不自我消灭，终有一日会再次失控伤害疾风。
疾风第一次失态地哭喊：“我不要！你是我的家人！”
琳芙斯微笑：“能被赐予名字，能被当作‘谁’来爱，这已足够幸福。”
她平静地分解，化为光点。留下的是完成使命的空书壳，以及疾风腕间化作银链的魔导器——那是琳芙斯最后的礼物。
疾风在圣诞钟声中流泪微笑：“我会继续当魔导师，总有一天，用同样的名字，把你找回来。”
暗之书事件后，疾风与骑士团接受管理局保护观察，入职古代遗产管理部。
奈叶与菲特回归日常，黑白发带仍系在彼此发间。
圣诞宴会上，铃鹿与爱丽莎终于知晓一切——那些战斗、离别、眼泪，以及三位少女以不同方式学会的守护。