以下内容来自主线—第0章—黑暗时代（上）
剧情梗概：
罗德岛一行在唤醒失忆博士时，被卷入整合运动对切尔诺伯格的军事行动。在突围过程中先后遭遇整合运动的头目弑君者和梅菲斯特。其中梅菲斯特的狙击手浮士德令众人印象深刻。
主要矛盾：
1.乌萨斯政府与整合运动：守城与攻城
经过长期准备，忍耐多年的感染者向乌萨斯政府发起反攻。在占领切尔诺伯格的过程中，整合运动成员主动向乌萨斯平民寻仇，局势十分混乱。
当地电视台声称暴徒基本被镇压，妄图通过舆论控制形势。但整合运动拥有先进的武器和装备，占数量优势的士兵，高涨的士气，乌萨斯军警陷入苦战，乌萨斯军方迟迟未能增援。杜宾判断整合运动早已秘密消灭大部分守城力量。
在攻城中，弑君者负责核心能源区及其外围，梅菲斯特负责清剿东南要塞，塔露拉负责压制核心指挥塔。临光说制压军事据点的整合运动像机器一样高效，不知是谁在指挥。
2.罗德岛与整合运动：撤离与追剿
阿米娅为尽早撤离，命令小队对整合运动主动出击。被指挥官弑君者发现后遭到追击。弑君者利用烟雾，对罗德岛发动奇袭，但被乌萨斯军警拦下。
糟糕的路况和敌人的封锁要求人员集中，切分小队隐秘离开不再现实。阿米娅与杜宾率领E1E2小队向汇合点进发。
E3领队Ace提前与大家汇合。在通讯被干扰后，他提前命令小队成员埋伏在汇合点附近，自己孤身前来清除威胁。残暴的整合运动没有吓到Ace，反倒使他的战斗决心更加坚定。
在接近与E4小队的汇合点时，大家遭到了弑君者的袭击。整合运动分割包围罗德岛众人，意图全歼。中途梅菲斯特接替了弑君者，率领数倍整合运动包围了罗德岛。
梅菲斯特坦言罗德岛并非整合运动目标，但这个普通医药企业的战斗水准引起了他的兴趣。
杜宾无意恋战，发信号吸引注意后准备突围，却发现后路早被截断。梅菲斯特盛情邀请罗德岛享用厮杀。同时，博士的身份引起了他的注意。他说，我要博士作见面礼。
梅菲斯特用国际象棋走法指挥感染者，罗德岛众人在他的包围圈中陷入苦战。所幸E4领队耀骑士临光看到杜宾的信号弹，率小队成员打开突破口，众人得以解围。
临光从梅菲斯特手下的疯狂大兵判断，他只是个小角色，并非夺城的方案制定者，也并非攻城的主力，只是奉命制造混乱而已。恼羞成怒的梅菲斯特下令狙击手浮士德打穿临光。弩炮火力极强，临光她只能拦下一击。第二发被Ace抗下，他下令集火压制弩手所在的南侧高台。突然冒出的狙击强者兼具机动性与强大攻击力，三位队长一致认定形势危急，于是阿米娅下令全力突围。
成功突围后，三位队长开始复盘战局。临光与Ace发现，那个狙击手能发射交叉火力，他多半能同时存在于许多地方，这样的机动性简直匪夷所思。杜宾发现梅菲斯特的指挥有猫腻，他几乎能完全操纵自己的部队，手段不明。
围剿罗德岛失败后，整合运动指挥官和他的主C没有浪费时间追究责任。梅菲斯特要求浮士德继续追踪，由他去向塔露拉汇报情况。
3.健康人与感染者：视若无睹与忍无可忍
乌萨斯对矿石病感染者十分严苛，从上一代人就开始逮捕感染者，将他们全家流放服苦役。整合运动的报复带有复仇的成分，从攻陷切尔诺伯格起，他们的抗争手段正式从示威游行上升到武装暴动。
长期受宣传影响的乌萨斯平民本能恐惧感染者，即使阿米娅救下自己和孩子，仍认为她要害人。遭遇弑君者后，阿米娅试图劝乌萨斯军警一同撤离，但并不被信任。
杜宾看到无组织无纪律的整合运动成员，认为他们的领袖只是利用情绪吸引和操控士兵，并没有对他们进行训练和管理。但感染者受到的压迫过于深重，以至于这样的暴君都能得到源源不断的追随者。
4.天灾破坏与城内人类：毁灭与求存
杜宾判断天灾会在三小时后降临切尔诺伯格，罗德岛一行需要在时限内撤退。
罗德岛众人认为敢在天灾降临时挑起事端，整合运动已经陷入疯狂。因为他们夺城后并没有迅速接管城内秩序，被暴动瘫痪的切尔诺伯格无力抵挡天灾。
被梅菲斯特围堵时，阿米娅指出天灾在即，再不撤退所有人都得死，可他更兴奋了。
5.乌萨斯当局与罗德岛：城主与潜伏客
大敌当前，军警奉命守城，无暇他顾。面对弑君者的进犯，军警队长选择放过偷摸进城的罗德岛一行。
6.博士与罗德岛众人：状况外与状况内
凯尔希和阿米娅认为，博士是最顶尖的矿石病研究者。她们所属的罗德岛致力于治疗感染者并平息相关争端，通过实际解决问题为他们争取一线生机。而博士同时有神经学博士和战术指挥官的身份，正是罗德岛需要的人才。
三位队长对博士失忆的态度各不相同：杜宾怀疑失忆的博士能否再派上用场；Ace信任博士的指挥，这源于他们共同经历的过去；临光态度平常，说她也有一个失忆的朋友。
参考索引：
0-1坍塌
上：整合运动攻陷切尔诺伯格，全城陷入混乱。
下：罗德岛的阿米娅，作为感染者被人恐惧。 她向博士简单解释了状况。
0-2守卫
上：切城天灾人祸齐集，罗德岛众人险中求生。
下：整合运动弑君者大敌当前，乌萨斯军警放过罗德岛众人。
0-3追击
0-4混战
罗德岛众人与分队长Ace汇合。
0-5腐化
0-6强击
整合运动行事残忍，撤离愈发急迫。
0-7感染
上：罗德岛众人讨论整合运动古怪之处，尤其是他们的领袖。
下：罗德岛众人与其他分队失去联络时，被弑君者带人包围。
0-8狩猎
整合运动梅菲斯特替换了弑君者。
0-9临光
罗德岛众人陷入苦战，所幸分队长临光率队支援。
0-10困境
整合运动浮士德的狙击，给罗德岛众人带来极大压力。
0-11突围
梅菲斯特和浮士德给罗德岛众人留下深刻印象。
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