小贤在创始村中重新找回了虫虫兽，并且开始了自己的赎罪之路，最终让虫虫兽成功进化到无敌的番长钉刺兽。
被黑暗种子操控的及川悠纪夫还在继续自己的阴谋，并且操控阿剌克涅兽和木乃伊兽继续搞事情，将黑暗之塔变为黑暗数码兽，甚至因此创造出了黑暗战斗暴龙兽。
但黑暗战斗暴龙兽根本不受控制，甚至连自己活下来的意义都没有，直到光子郎在它的面前变身为同款的黑暗战斗暴龙兽。
黑暗战斗暴龙兽：你是，我的同类吗？
光子郎：我是所有数码兽的同类！
但及川悠纪夫没有停歇，甚至整出了黑暗奥米加兽，一举撕裂了现实世界和数码世界的帷幕，让大量的数码兽跑到现实世界中，进而引发了七魔王全体入侵人类世界。
不仅如此，七魔王一个个都完成了X进化，在现实世界与被选召孩子们的数码兽进行最后的对决。
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