“快跑，暴君凯撒来了！”一群数码宝贝在跑着，而在这群数码宝贝站着一位类似与暴龙改造者装扮的少年，这位被称作暴君凯撒的少年拿出一颗黑色的水晶球，水晶球发出光芒照在数码宝贝们的身上，数码宝贝们身上出现一个记号的同时被控制了。
镜头转向现实世界，此时正直周末，一位男孩来到了伊达家的门口按响门铃。而开门的是一位男孩，他看见客人的时候就说：“是你啊，叶，来找我有什么事情吗！？”开门的这位男孩正是伊达真司
“拜托，真司，你动点脑子好不好，今天不是有场足球比赛的吗！？”男孩回应道。这位男孩名叫神奈叶，是真司在学校足球队的队友。
“我忘记了，等我一下！”真司回应着就进入房间换衣服。
此时在数码宝贝世界里，小狮兽倒在地上喊道：“真司，真司！”
在换衣服的真司也注意到了数码暴龙机的信号：“是数码宝贝世界的小狮兽，该不会数码宝贝世界有出现新的危机了！”于是真司还没换衣服就跑了出去，叶在身后喊道：“真司，你要去哪里！？”
“抱歉，叶，我临时有事情，就不去参加足球比赛了！”真司回应着就跑远了，留下的是一头雾水的叶。
此时在数码宝贝世界里，冰雪兽、飞鱼兽、精灵兽遭到了螳螂兽的追击，而冰雪兽和飞鱼兽被螳螂兽的绝招影子镰刀击中，精灵兽躲到了树枝上看着被击中的同伴：“冰雪兽，飞鱼兽！”
“小狮兽！”真司来到了小狮兽的身边。
“真司！”
“快进化啊，小狮兽！”可是暴龙机没有反应。
“不行，我不能进化！”
“为什么你不能进化！”
“没用的，因为这里是我的地盘了，你们是没办法进化的！”在基地看着一切的暴君凯撒说道。
“这边！”迪路兽突然指着说。
众人跑到了山洞里，真司立即用数码终端机发E－mail：“拜托，无论是谁快点来救我！”
此时在现实世界的足球场上，看到叶来了，真司没有来，身为队长的南原聪就问道：“叶，怎么只有你一个，真司呢！？”
“真司说他临时有急事，不来了！”叶回应道。
“临时有事，该不会是！”小聪想着就拿出自己的数码终端机打开一看，果然有封E－mail：“果然，真司的急事就是数码宝贝世界有出现新的危机了，我必须赶快过去！”
“什么！？数码宝贝世界！？难道数码宝贝真的存在！”叶偷听到了小聪说的话，于是看着小聪离去的背影悄悄的跟了上去。
在学校的电脑室里，樱木 静、佐藤拓海在里面等候了。小聪说：“小静、拓海，怎么只有你们两个人，其他人呢！？”
“其他人都没来！？”拓海说。
“会不会大家都没注意到有E－mail！”小静说。
“不管了，我们先去数码宝贝救真司吧！”小聪说。
“数码宝贝世界和数码宝贝真的存在！”叶突然出现说。
“叶！”小聪惊讶的说。
“有了，是小聪，拓海和小静也在身边！”真司看着E－mail说。
“真司，你过来一下！”小狮兽呼喊到。
随后真司来到山洞里面，看到一颗岩石上镶这一颗红色的珠子：“这个是！”
“这东西已经在这里很久了！”精灵兽说。
“看样子，是的！”真司说着就上去用手碰了一下，结果珠子发出光芒，而后飞出红、橙、粉、绿、黄、灰、蓝、白、银九个颜色的光球。
在电脑教室里，叶拜托道：“拜托，让我去好不好，真司他遇到危险了！”
“那是不可能的，数码宝贝世界不是想去就可以去的！”小聪说。
“就算不可能，我也要去！”叶正说着，突然从打开的大门里飞出九个光球，而红色的光球飞到叶的手中变成了暴龙机。
“这个是……”叶展示着暴龙机。
“是暴龙机！”拓海看着说。
“可是和我们的都不一样啊！”小静看着说。此时，小聪看了看，而后说：“看样子，叶，你是第三批新选召的孩子了，快点，和我们一起去就真司吧。”
“好！”叶回应道。随后四人将暴龙机对着电脑屏幕，随着光芒，四人去到了数码宝贝世界。
“这里就是数码宝贝世界啊，和我之前看到不一样啊！”叶看着说。
“因为之前魔姬兽和黑魔星兽的关系，不同的数码宝贝世界已经重合在一起了。”小聪说。
“估计这次敌人也是一样的！”拓海说。
“很近了！”另一边的真司看着数码暴龙机，而精灵兽突然喊道：“小静！”
“精灵兽，好久不见！”小静说。
“各位，谢谢你们来救我！”真司跑了过来。
“真司，你没事吧！？”叶问道。
“叶！？”真司疑惑的看着。
“究竟发生什么事情了！？”小静问道。
随后大家来到山洞里，迪路兽向大家说明了情况：“虽然我们逃过的追击，可是那个自称暴君凯撒的人类将数码宝贝们都抓走了。”
“人类，这个地方除了我们以外还有人类！？”小静说。
“是的，他手上有个不一样的暴龙机！”小狮兽说。
“难道是……”小聪看着叶。
“是这个吗！”叶拿出暴龙机。
“没错，就是和这个才不多一样的！”迪路兽说。
“看来，这个暴君凯撒和暴龙改造者时期的一乘寺贤是一样的。”小聪说。
“所以才要新选召拥有同等对抗力量孩子们出来！”小聪说。
同一时间，在暴君凯撒的基地里：“找到你们了，去吧，角龙兽。”
“对了，叶！”真司说。
“什么事！？”叶问道。
“你去取出岩石上的那颗珠子！”真司指了指说。
“好的！”叶回应着就走上轻松的拿起红色的宝珠，随后出现一道红色的光芒，而后一只火焰型的数码宝贝出现在面前。
“是蜡烛兽！”小静说。
“我是蜡烛兽，请问你叫什么名字！？”
“我叫神奈叶！”
此时突然发生了地震，而后角龙兽撞开岩壁进来了，叶看着说：“那是角龙兽。”
“火球弹！”“精灵炮！”“篝火！”但是数码宝贝们的攻击打在角龙兽身上不起作用。
“这里交给我们，你们快逃！”小聪说。
“拜托了！”真司说。
“神圣武装进化！”“圣使兽！”“玄神兽！”
“闪光飞钻！”“玄神标枪！”虽然命中角龙兽，但是角龙兽身上的记号却发出黑色的光芒。暴君凯撒看着说：“看着吧，这就是我和暴龙改造者不一样之处。”然后拿出黑色的珠子喊道：“暗灵珠，将力量赐予角龙兽吧！”随后角龙兽变成了一只魔龙型的数码宝贝。暴君凯撒看着说：“角龙兽Mega进化——魔龙兽！”（魔龙兽，角龙兽借助暗灵珠力量Mega进化而成的混合体魔龙型的数码宝贝，绝招是化成龙冲上去的魔龙冲击。）
“什么！？”圣使兽惊讶了。
“这是一个完全没有见过的进化！”玄神兽说。
此时的魔龙兽化成龙冲上去，这是它的绝招之一的魔龙冲击，将圣使兽和玄神兽撞飞出去。圣使兽和玄神兽退化回来了。
“小聪，拓海，你们没事吧！”真司说。
“没事！”拓海说。
“不知道角龙兽得到什么力量，突然使用了我们没见过的进化！”小聪说。
“叶，让我进化！”蜡烛兽说。
“可是你要怎么进化！？”叶疑问道。
“叶，只要你说火灵珠Mega进化，我就可以进化了！”蜡烛兽说。
“我知道了！”叶说着就高举珠子大喊：“火灵珠，Mega进化！”
“蜡烛兽Mega进化——焱魔兽！”
“它进化了是吗！？”真司惊讶的说。
“上吧，焱魔兽！”叶大喊道。（焱魔兽，蜡烛兽借助火灵珠力量Mega进化而成的混合体魔人型的数码宝贝，绝招是用焱魔剑斩杀敌人的焱魔斩）
魔龙兽全身发出黑色光芒，这是它的绝招之一的魔龙光波。而焱魔兽立即拔出背上的焱魔剑：“烈炎杀！”以焱魔剑挥出大片剑芒抵消了黑色光芒。
此时的魔龙兽化成龙冲上去，这是它的绝招之一的魔龙冲击。而焱魔兽拿着焱魔剑迎了上去：“焱魔斩！”斩过飞来的龙。随后魔龙兽退化回了角龙兽，同时角龙兽身上的暴君凯撒的记号消失了，角龙兽恢复原状了。
焱魔兽退化回蜡烛兽了，而火灵珠进入暴龙机里并且出现数码终端机。
“好了，我们回家吧！”真司说。
而后大家回到了现实世界。可是突然出现的暴君凯撒究极是什么人呢！？新的冒险正在展开。