因为一些不可抗原因，本书要大纲遁了。
然后就是大纲遁了。
在救出英梨梨后，主角她们就回到了东京，然后收到了爱德华生前的寄件，是几盘带密码的录像，桐子破解后，众人便从录像中得知了过去的所有事情。
事情要追溯到二十世纪时，奥斯维尔斯宾塞是个达尔文主义者，他追求人类的完善和进化，甚至长生不死，但身为公爵继承人的他并没有魔术师的天赋，因此他把目光放在了生物学说上。
而与此同时，奥斯维尔在过去也去往了全球多个地方，寻找各个古文明故事中的能让人长生不死的东西，比如《吉尔伽美什史诗》中吉尔伽美什寻找的那个能让人永葆青春长生不老的仙草。
而奥斯维尔在前往了古巴比伦、古埃及、古希腊，甚至玛雅和印第安文明等发源地试图寻找曾经的神秘事物，但全都一无所获，这些地方的神秘事物要么被曾经的基督教圣堂教会所销毁了，要么就被魔术协会以及各个大大小小的超凡组织所把持。
最后，奥斯维尔意外发现了“西非”这个地方，非洲西部曾有个叫“加纳王国”的古黑人王国（历史上真实存在的），存在于公元三百年，但传说加纳王国在此之前已经存在了二十个王朝，而后奥斯维尔通过考古发现，在加纳王国之前，西非还存在着一个叫“迪拜亚帝国”的数千年前的文明古国。
奥斯维尔发现，这个古国号称每个国王都拥有数百年的寿命，力量强大刀枪不入，号称最接近太阳神的存在。
之后，通过发掘，奥斯维尔找到了一个叫做“太阳阶梯”的花朵，一种存在于过去神秘还未消逝，诸神还存在于地球上的时代的植物。
而古迪拜亚帝国的每一任国王，都是在吃了这个花朵后，如果没有死去，便能获得数百年的寿命和强大的力量。
而奥斯维尔在考古中也发现，在两千年前，因为神秘的消逝，帝国出现了巨大的混乱，在无数吃了花朵的巨人以及各种长了触手的类人生物之间爆发的战争下，古迪拜亚帝国便灭亡了。
后来，奥斯维尔便从找到的“太阳阶梯”之中，提取了一种细胞，即“始祖病毒”，也就是T病毒G病毒等一切生化病毒的源头。（以上来自《生化危机》系列的设定）
而这种玩意也确实本身就拥有魔法和神秘相关的力量。
之后，奥斯维尔在不列颠皇室的支持下，为了人类的进化以及寻找永生的力量，便成立了安布雷拉公司。
爱德华也知道不少相关的事情，所以他在二十年前便离开了不列颠，前往岛国担任外交官员，终生不回国，同时也遇到了泽村小百合这个爱人，然后生下了英梨梨。
而后，因为有了家人和软肋，再加上为了避免圣堂教会和魔术协会的缘故，安布雷拉公司将研究所放在了岛国，而爱德华为了妻女的安全，也被迫接受了奥斯维尔的命令。
他与同样追求永生的岛国皇室达成了协议，并通过支持伊藤家赘婿泽越止上位，而成为了文部省高官的泽越止，平常也能通过自己的权利，将岛国的那些没有亲人的孤儿，暗地里送到高山市的研究所，进行生化病毒人体实验。
直到现在，年老的奥斯维尔为了尽快获得永生的力量，便把实验目标放在了他的亲儿子爱德华斯宾塞，以及亲孙女泽村斯宾塞英梨梨的身上。
之后里昂提出要把昏迷不醒的英梨梨带到米国去进行保护，主角拒绝了，随后想着无法解决问题就就解决提出问题的人，跟阿尔托莉雅坐飞机前往了伦敦。
在不列颠岛，英灵从者这种存在因为本土知名度实力会得到极大的加强，然后主角和阿尔托莉雅前往了伦敦西北方的牛津（牛津没有机场，只能从伦敦坐车过去），半夜来到了斯宾塞家族以及历代马尔博罗公爵的府邸，温斯顿丘吉尔等名人的出生地，世界文化遗产之一的布莱尼姆宫。
两人发现布莱尼姆宫下还有着巨大的地下室，主角前往地下准备去杀死奥斯维尔，而阿尔托莉雅则留在地上对付其他陆续赶过来的敌人。
而这也当然引起了时钟塔的注意，除了不列颠帝国的人员和魔术师外，阿尔托莉雅在布莱尼姆宫也对付了许多时钟塔的人员，但由于从者本土实力极大增强的缘故，这些人里没一个是阿尔托莉雅的对手。
随后，时钟塔院长兼传承科君主，所罗门的弟子，活了几千年的神代魔术师布里西桑出现了，他明显认识身为亚瑟王的阿尔托莉雅，但他也没有动手，因为他认为自己无法击败位于不列颠岛上的亚瑟王。
而在布莱尼姆宫地下，杀死了诸多敌人和怪物的主角最终见到了坐在轮椅上的奥斯维尔斯宾塞，这个老人虽然会超能力，一种能产生“分解”立场的超能力，但主角最后还是杀死了他，而安布雷拉在这之后也陷入了混乱。
之后，主角和阿尔托莉雅离开了布莱尼姆宫，而布里西桑在来到布莱尼姆宫地下时，察觉到了“龙裔”的力量。
回到东京后，英梨梨和泽村小百合两人已经醒来，但后者却因为巨大的刺激而失忆了，至于英梨梨也拥有了非人般的强大力量，夸张的肉体恢复能力，强大的力量和速度，体内产生了魔术回路，甚至还获得了类似于念力的超能力。
英梨梨和泽村小百合最后也住了下来，而英梨梨也表示虽然她的仇人也就是她的亲爷爷已经死了，但她的仇人，无论是安布雷拉公司和不列颠皇室也都还存在。
之后的日子里主角慢慢开导英梨梨，而经历了剧变的英梨梨性格也变了很多，她抛弃了自己的过去，但在和主角最后一次去她家时，见到了霞之丘诗羽。
因为霞之丘诗羽其实很喜欢英梨梨这个同性朋友（友情上），只是过去一直没有表露，两人的性格又都十分别扭，而最后，这两人也都和好了，而霞之丘诗羽也成为了英梨梨过去唯一存在的一点角落。
之后则是度过了一段日常的生活，期间英梨梨为了强大自己，跟着桂言叶学习刀法，跟小泉红子学习魔术，甚至还通过桐子和灰原哀这里学习黑客技术和各种科研能力，同时还请求黑羽快斗教了她易容术等技能。
后续，由于明面上岛国官方宣称不列颠驻日大使一家已经辞职回到不列颠的缘故，担心斯宾塞家族这条大腿抱不上的雪之下母亲，让雪之下去找主角问问情况，当然川崎和五更琉璃也去了。
去主角家时，正好桂言叶的友人西园寺世界也过来拜访，在随后主角知道，西园寺公爵背后一直在暗地里支持假发的活动，同时主角也从西园寺世界这里得知了关于岛国高层的奇怪举动和邪教信仰，以及东京最近发生的多起因经济下行而爆发的游行示威活动。
（PS：第一任西园寺公爵，即西园寺公望，早年曾留学法国，目睹了巴黎公社事件，并受法国政治文化影响，成为了一个偏左的民权主义者，但更多只是改良派，不过在他担任岛国首相时，藩阀早已衰落，财阀崛起，他的许多试图改善底层的主张根本得不到实施，最后早早退位
他的孙子西园寺公一致力于中日关系，并加入日共，他的曾孙西园寺一晃在天朝居住过十二年之久，担任过岛国驻天朝大使，和周总理关系不错
而按照时间来看，西园寺一晃大概就是西园寺世界的爷爷吧）
而雪之下等人也因为西园寺家的大小姐和桂家的大小姐在这里，而感到十分拘谨，而西园寺世界则拉着雪之下等人，试图将这些高中女生变成和她一样拥有激进思想的人。
由于贝尔摩德同意成为FBI卧底的缘故，柯南几乎下线，而赤井秀一也因为怀疑酒厂BOSS可能是吸血鬼，去了东京的一座教堂，准备去找里面的神父问问。
然后遇见了希耶尔和诺耶尔，双方在互相透露各自的身份和组织后，早就怀疑圣堂教会岛国分部有问题的希耶尔二人也开始暗中调查酒厂一事。
后来希耶尔二人以及被叫来帮忙的黑羽快斗遭遇袭击，接到求救电话的主角和阿尔托莉雅前去救援，在杀死了黑衣刺客以及几个魔术师时，同时也得知了酒厂与动物园，和圣堂教会岛国分部都可能有勾结的关系。
为了帮助希耶尔二人隐瞒她们的踪迹，主角带着她们去了歌舞伎町的假发那里，让两人在人妖俱乐部那里暂时躲了起来。
一段时间后，主角又一次发现五更琉璃出事了，而且包括川崎沙希等人也都被绑架，依靠桐子她们的帮助，主角在千叶县的某个仓库那里找到了五更琉璃她们，同时也见到了这件事的制造者琴酒。
靠着最开始的五更琉璃两个妹妹被酒厂基层人员绑架的线索，琴酒最终顺藤摸瓜，通过绑架五更琉璃等人，把主角逼了出来。
见到琴酒后，琴酒表示自己并没有恶意，只是说明在过去，酒厂对于宫野志保这个关键研究人员的消失并不是太在意，因为酒厂这边还有着其他手段可以继续进行药物的研究，一直以来也只有安室透等少数人在试图调查寻回宫野志保。
但近期不知为何，酒厂突然迫切的想要找回宫野志保，因此派了许多人员在整个岛国暗中寻找，琴酒找不到宫野志保，因此只好把主角给钓出来，给予她警告。
期间主角也得知了琴酒确实是内鬼的身份，同时得知圣堂教会岛国分部确实和酒厂暗中有着关系，随后在一段剧情后，主角带着琴酒去了歌舞伎町，和躲藏在人妖俱乐部的希耶尔二人会了面。
之后琴酒告诉了希耶尔二人，暗中支持酒厂的是圣堂教会的枢机主教劳伦提斯（月姬的角色），地位仅次于教皇的教会人物，让希耶尔二人大吃一惊。
之后主角家里遭到了各种袭击，为了保证灰原哀的安全，随后主角一行人也暂时躲进了歌舞伎町的人妖俱乐部。
而希耶尔已经将岛国这边的事情暗中上报给了梵蒂冈，不久后梵蒂冈派遣了亚历山大安德雷神父以及专门铲除教会叛徒的背叛者十三科（皇家国教骑士团OVA的角色），来到岛国，和主角进行合作，准备消灭酒厂和圣堂教会岛国分部的叛徒。
而随后，又有许多人加入了这个同盟，除了FBI以外，还有假发以及被假发叫过来的坂田银时和高杉晋助以及他的手下，以及被主角叫过来帮忙的冬木市一行人。
之后，主角和希耶尔拜托黑羽快斗化妆成宫野志保的样子来进行钓鱼，三人随后故意被酒厂以及圣堂教会岛国分部的代行者抓了起来，然后被带到了北海道的一个偏僻地方。
在一个巨大建筑的最上面，主角们见到了确实已经是死徒的酒厂BOSS乌丸莲耶，以及一位金发美少年马里奥·贾洛·贝斯提诺（也是月姬的角色）。
希耶尔说马里奥是劳伦提斯主教的养孙子，而马里奥也在此时说出了一切的真相。
事情追溯到数百年前，圣堂教会有一位叫米海尔·罗亚·法丹杨（月姬角色，死徒二十七祖之一）的强大代行者兼司祭和魔术师，他曾是圣堂教会埋葬机关的创始人，为了追求永生，而将自己变成了吸血鬼。
但身为魔术师的罗亚还想要追求根源，他认为只要通过不老不死之法逆向生长，就能触碰到根源，为此他研究了一百多年，直到二百年前，他在伦敦被圣堂教会的代行者们给彻底杀死。
而在八十年前，还只是不列颠的一位小主教的劳伦提斯得到了罗亚的那未完成的不老不死逆向生长之法，而在六十年前，劳伦提斯认识了马尔博罗公爵奥斯维尔斯宾塞，之后发现奥斯维尔在西非发现的古代植物“太阳阶梯”，可以完成罗亚的不老不死逆向生长之法。
也正是因为圣堂教会枢机主教劳伦提斯与奥斯维尔斯宾塞的关系，所以在多伦多的生化危机爆发并死去了十几万人后，安布雷拉却没有遭到圣堂教会的太大制裁。
而为了研究这个禁忌的逆向生长之法，在五十多年前，劳伦提斯特地前往了岛国，在与岛国天皇等人员暗地里达成了协议后，便依靠乌丸财阀的力量，暗中建立了酒厂，来研究那个能让人不老不死且逆向长生的药物。
而这时候，马里奥也说出了自己的真实身份，他其实就是枢机主教劳伦提斯，希耶尔大感意外，因为劳伦提斯已经一百二十多岁了，但马里奥却只是一个十三四岁的少年。
至于原因，则是因为马里奥也跟贝尔摩德一样，服用过十八年前宫野志保的父母，研发的拥有巨大毒性和副作用的药物，只是身为圣堂教会枢机主教的马里奥拥有许多种方法避过这个毒性。
而马里奥之所以这么做的原因，在于如果现任圣堂教会教皇一死，那么下一任教皇就是他了，但教皇却一直不死，而他也已经一百多岁了，不甘心的他才做出了这些事情，更何况他也确实希望获得永生，并且不是变成死徒吸血鬼这种怪物的永生。
而在过去，尽管身为关键研究人员的宫野志保消失不见，但酒厂暗地里却一直得到了安布雷拉科研人员的帮助，得以继续研究这不老不死逆向生长的药物，但随着奥斯维尔斯宾塞的突然身死，安布雷拉陷入了混乱，于是为了继续研究，酒厂才被迫必须要找到宫野志保。
而身为圣堂教会第二号人物，活了一百多年的枢机主教，马里奥的实力也非常强，主角在让希耶尔和假扮成宫野志保的黑羽快斗先跑开后，便独自对付马里奥和乌丸莲耶。
然后主角发现，身为死徒的乌丸莲耶实力也非常夸张，接着主角也知道乌丸莲耶之所以能变成吸血鬼，就是依靠着曾经的一颗号称能让人获得永生的“命运之石潘多拉”，黑羽快斗一直在寻找的玩意。
而那颗宝石，其实是一千八百年前，宝石翁与死徒之祖朱月战斗时，杀死对方后，利用宝石魔术所聚集的拥有朱月血液的宝石，并且数量不止一颗，而后面这些宝石有几粒不幸流漏了出去。
如同吸血鬼体系中，血统越纯的实力越强，因此通过朱月的血液转化成死徒的，实力一开始就等于死徒二十七祖的水平。
在主角对付马里奥和乌丸莲耶时，其余人也到达了这里，对酒厂的大本营发起了进攻，面对着众多包括持枪士兵、背叛的圣堂教会成员和代行者，以及大量的吸血鬼食尸鬼和丧尸等敌人。
而这时，假发等人也见到了他们的那十几年前被带走的老师吉田松阳，后者这些年来也也一直被关在这里，进行着有关死徒和长生的研究。
因为吉田松阳跟虞姬一样，属于地球内海诞生的拥有永生寿命的精灵和吸血种，类似于死徒真祖的存在（实际上在银魂里面，吉田松阳本身也是地球的龙脉所诞生的永生生命，某种程度上还真算是地球真祖呢），同样实力也非常强。
在经历一系列的战斗后，阿尔托莉雅和红A等从者消灭了吉田松阳，而主角这边在开大进入龙魂觉醒模式后，也勉强杀死了马里奥和乌丸莲耶。
最后，众人也彻底消灭了酒厂，以及圣堂教会岛国分部的背叛人员。
而尽管酒厂被消灭，但由于酒厂和乌丸财阀本身就有岛国皇室甚至不列颠皇室等势力为了追求永生而参与进的涉入，在这之后，主角一行人也只能继续躲在了歌舞伎町，并打算以后找个时间到国外去。
然而，随着时间的流逝，加上岛国社会越发动荡不安，不仅是频繁发生的杀人案和抢劫案，甚至许多暴乱等行为也开始在岛国出现，而岛国政府却没有采取多少行动加以抑制。
一段时间后，岛国社会几乎陷入了无政府状态，海外粮食输送减少，人口密度大的岛国也彻底陷入了动荡，而在这时，时间的流逝逐渐恢复了正常，而主角也突然遭到了时钟塔院长布里西桑的袭击，在阿尔托莉雅的帮助下也于是无补。
在快要被对方抓住之时，突然出现的宝石翁救了主角，并败退了布里西桑，随后，主角也从宝石翁这里得知了不少事情。
在她穿越到这个世界时，不仅仅是她，受伤严重的奥杜因也来到了这个世界，然后被身为传承科君主和时钟塔院子的布里西桑发现，并且也知道了奥杜因是一位神明般的存在。
之后，布里西桑以及不少活了几千年的神代魔术师，试图依靠奥杜因那依靠人类吸引生成的神明力量和庞大魔力，来将地球重新变成数千年前的那个魔力浓厚的时代，当然这也意味着以科技为支撑的现代人类文明将彻底消失。
他们知道宝石翁肯定会反对这件事，于是便接着奥杜因的力量，加上各自的强大魔法，让整个世界时间陷入混乱停滞，而那时还在其他平行宇宙的宝石翁，便难以找到这个世界穿越过来。
而奥杜因的一部分力量来自于死人的灵魂，加上为了不引起更偏向于守序以及当前人类文明的圣堂教会的注意，因此布里西桑等人便将目标地点放在了人口多且超凡力量少的岛国这里，以岛国死去的人类灵魂来壮大奥杜因的力量，并为以后让整个世界重新变回魔力浓厚的时代做准备。
同时，他们还和岛国皇室以及上层人员做了交易，后者通过信奉奥杜因的邪教，在事情变成后将成为拥有永生寿命的半人半龙存在。
在过去，岛国皇室和上层人员本有三条道路，安布雷拉那边所研究的依靠病毒来达到永生，酒厂这里的以研发出不老不死逆转生长之法的永生，以及这次纯粹依靠魔法力量，通过信奉奥杜因成为半人半龙的永生。
在过去，岛国政府为了第三条道路，一直暗地里引发岛国社会的动荡，好多死人，但由于主角阴差阳错的堵住了前面两条路，只有最后一条寻找永生道路的岛国皇室和上层人士，最后也只能将宝压在了这里，开始彻底挑起了岛国本土的暴乱。
随后，宝石翁将主角一行人保护了起来，而与此同时，宝石翁也将这件事情告诉给了包括圣堂教会等诸多势力在内的许多人，来一起解决这件事。
同时，也稍微得知此事的假发等人，也开始在东京周边发动了起义和革命，准备推翻当前岛国政府，在最后，虽然在普通人眼中只是一个远东国家的叛乱，但实际上在东京，这已经是一件决定人类未来走向的事情了。
圣堂教会的诸多骑士团以及各种武装力量来到了东京，而魔术协会的绝大多数倾向布里西桑的魔术师，也同样聚集了起来，而除此以外，诸如天朝米国和不列颠等大国势力的人员，也都暗中汇聚到了东京这里。
在最后准备攻打最终目标，也就是东京的皇居时，主角拜托宝石翁，让她和世界的抑制力之一阿赖耶识进行了对话，主角问对方为何不阻止这件会造成许多人类无辜死亡的事情。
而对于阿赖耶识而言，只要人类文明能够存在，那么无论它是科学的还是魔法的都无所谓，只要死的人没超过所有人类的一般，阿赖耶识也不可能会让冠位英灵出来诅咒这件事。
否则，过去人类所爆发的无数战争，死了那么多人，阿赖耶识不也没有阻止？这就像制关注地球本身并不关注人类死活的盖亚一样，阿赖耶识只关心人类整个整体，而哪怕是整个岛国完全覆灭，对祂而言也算不上什么事。
最后，东京便爆发了巨大的战争，宝石翁等人对上了布里西桑和一些神代的魔术师，而假发这边的起义军，以及圣堂教会的骑士团等武装势力和外国诸如FBI等境外势力，也与岛国的武装部队，还有魔术协会的魔术师，战斗了起来。
主角一行人冲进了东京的皇居，在其他人的帮助下，主角最终来到了皇居内部，奥杜因所塑造的类似于神域的领域。
之后双方发生了战斗，而主角自然没有赢过奥杜因，在她快要被杀死之时，阿尔托莉雅出现在了这里。
阿尔托莉雅在主角进入奥杜因的领域后，想到主角打不过对方，便拜托美狄亚，将冬木市的大圣杯注入她体内，看是否能变成冠位英灵。
在注入大圣杯后，阿尔托莉雅并没有完全变成冠位英灵，而这时阿赖耶识突然出现，阿尔托莉雅和其进行的一番交涉后，以放弃了追求圣杯，并且愿意成为阿赖耶识的打工仔为条件，让她暂时拥有了冠位英灵的力量。
而此时，阿尔托莉雅手里的誓约胜利之剑也并非原本那把，而是那把号称“为了打倒企图毁灭星球的外敌，所铸造的拯救星球的专门对付巨型存在的光辉圣剑”，也就是“星之圣剑”。
在解开了圣剑十三道封印中的七道封印后，主角和阿尔托莉雅彻底杀死了奥杜因，在这之后，阿尔托莉雅也便消失了。
之后，拿到了能穿越时空的“上古卷轴：龙”的主角，试图回到过去找到阿尔托莉雅，但上古卷轴却无法确定穿越的时间，更何况这是地球而并非奈恩星。
最后阿赖耶识又出现了，这位万恶的资本家让主角给祂做打工仔为代价，依靠上古卷轴穿越到阿尔托莉雅临死前的那一刻，而主角也答应了。
于是主角穿越到了阿尔托莉雅靠在树上将要死去的那一刻，在利用治疗魔法治愈了对方后，两人就开始在一起了，然后就差不多结局了。
其实本来还有很多剧情，比如其他女角色的剧情，但因为后来砍了大纲改了不少地方，比如原本那位吸血鬼大小姐瑟拉娜也该过来的，但砍大纲后也就没了。