第一研究所所长梅比乌斯私下找到了崩落的科斯魔，并且提出交易获取崩落的相关情报。在达成交易后将崩落的科斯魔带往小岛P21，寻求【至深之处】阿波尼亚的协助向科斯魔下达【戒律】保持理智。邀请武器研发部部长维尔薇在不知情的情况下对崩落的科斯魔进行测试。以提升对科斯魔融合崩坏兽毗湿奴级别判定为借口，2人共同向梅博士提出交易让科斯魔回归【逐火之蛾】。梅博士同意后由科斯魔原本的长官凯文再次向科斯魔授勋入队。梅比乌斯开始暗中研究【人为崩落】
【神之键计划】第二次启动：【逐火之蛾】内部对律者灾害预警程度上升，以【神之键】万物休眠的恐怖威力被叫停的【神之键计划】又再度因为【神之键】天火圣裁的恐怖威力再度启动。【神之键】黑渊白花作为第三把【神之键】完成，交给【逐火之蛾】第二战士爱丽希雅使用。
融合战士量产计划第一期：【逐火之蛾】对于律者核心更侧重于科研用途，从性价比上选择对融合战士量产来提升战力。第一研究所所长梅比乌斯与【反对派】高层达成和解并且后者“自愿”参与人体试验最终不幸身亡。【反对派】的阻力消失，融合战士改造的超变手术开始在【逐火之蛾】内部彻底公开成为可以主动申请的手术。【逐火之蛾】官方以对成功融合战士提供高福利为宣传鼓励大量志愿者参与超变手术，在此时期也出现了大量成功融合但是未能保持理智的失败品。【逐火之蛾】对失败品对外宣传手术失败死亡，实际上统一送往小岛P21的监狱【至深之处】交由CM-005阿波尼亚进行“庇护”以及作为实验观察的样本。
帕朵菲利斯混入【逐火之蛾】内部，参与超变手术成功融合正式转正进入【逐火之蛾】。同期还有两位【逐火之蛾】内部员工薇儿、乔娜也成功成为融合战士，3人后来被分配到同一个基地。
帕朵菲利斯首次参与小队行动，在行动前的一天就成功将目标物品取走。任务当天小队队长做好行动计划以后任务直接结束，帕朵菲利斯与小队队友米拉成为好友。
第九次崩坏后，人类人口基数瞬间减少到六分之一，社会结构随之被破坏。明星伊甸决定投身对崩坏的战斗，主动找到好友第一研究所所长梅比乌斯加入【融合战士计划】，选择了【帝王级】崩坏兽-伏罗那（伐楼拿（梵语：वरुण，Varuṇa），又译婆罗那，古印度神明，于吠陀时期就是天空，雨水及天海之神，他亦是掌管法规与阴间的神，是《梨俱吠陀》中记载最突出的阿修罗神，阿底提耶众神之首。）成功融合。伊甸成为融合战士不久后，第四把【神之键】星海协率完成，伊甸凭借直觉发现了这把武器隐藏的威力并且找到了自己的战斗方式和武器【神之键】星海协率。伊甸也因为这把【神之键】对武器研发部【螺旋工坊】产生兴趣，成为维尔薇的大股东。
由于穆大陆沉没，设立在穆大陆的月球传送门【星门】和【量子之海】传送门【海渊之眼】一同消失。，第五把【神之键】千界一乘作为第一件偏离【逐火之蛾的设想】的【神之键】完成。【神之键】千界一乘代替【星门】与【海渊之眼】作为传送门使用。【神之键】千界一乘由第五科学部部长苏开发出了【平行世界观测】的能力，苏在观测过程中被平行世界的魔女苏发觉并且反被纠缠。爱丽希雅使用【神之键】黑渊白花在苏的手臂上留下伤口帮助苏保持意识。不久后，爱丽希雅将【神之键】黑渊白花以”这把武器不够可爱”为理由交还【逐火之蛾】，但【逐火之蛾】难以找到爱丽希雅外全力发挥【神之键】黑渊白花实力的人。
第十次崩坏：第九次崩坏6个月后，第十律者L10-001出现，L10-001为一名餐厅的厨师，能力接近第四律者，为通过空气折射光线来实现隐身。L10-001在梅博士用餐时意图袭击暗杀梅博士，被陪同护卫（被梅禁止吃泡面拉去餐厅）的凯文发现立即制服，梅博士从L10-001的身上发现了弱于正常律者核心能量数值的小型律者核心。
3天后，L10-002~L10-016出现，15位新的第十律者出现在各个城市。《千劫面具一百问：从入门到精通》出版，在【逐火之蛾】内部成为流行刊物。
10天后，L10-017~L10-108出现，第十律者分布于世界各地，没有任何统一的标准，他们通过律者核心进行无视空间距离的【量子纠缠】交流情报。第十律者在被捕获的时机会自我了断避免泄露情报。
L10-108~L10-260开始持续袭击【神之键】的相关研究所以及【律者核心】，梅博士调查后发现第十律者们的目标为打断【神之键计划】第二次启动。梅博士为了一举消灭第十律者们，提议将其他研究设施中的律者核心统一转移到小岛P21集中保存。期间第一研究所所长助手人类克莱因成为第十律者突然袭击暗杀所长梅比乌斯，协助转移的第五科学部部长苏赶到时，第十律者克莱因已经被无意识进入崩落复活的梅比乌斯击杀吞噬。梅比乌斯本人对此并不知情并且致力于找出击杀第十律者克莱因的人。千劫副官伊莫尔成为第十律者L10-461，L10-461凭借获得的部分死之律者能力不断被捕被杀后复活继续进行袭击，被囚禁于于第五科学部。第五科学部部长苏在向士兵华交接时发现L10-461逃狱，华试图追捕L10-461失败
4个月后，转移行动结束，梅博士向高层汇报自己研发的首件无律者核心【神之键】空白之键即将完成，成功诱导L10-997【逐火之蛾】高层注意。将所有剩下的律者核心集中到了小岛P21，梅博士意图瓮中捉鳖集中消灭第十律者，梅比乌斯则是意图使用岛上监狱【至深之处】的失败品融合战士以人海战术反杀。行动开始后，L10-997【逐火之蛾】高层命令凯文前往海上迎击L10-261~L10-461伊莫尔。
海上战斗开始3小时后，剩余的L10-462~L10-1000在L10-997【逐火之蛾】高层带领下潜入岛内试图破坏空白之键夺取还未投入【神之键】研发的第四律者核心以及第三律者核心。早有预料的梅博士穿上空白之键迎战剩余的第十律者，
梅博士首先连接第三律者核心持续连接201秒消灭了320位第十律者。因为身体无法承受负荷中断了连接。
10分钟后，梅博士连接第4律者核心消灭了100位第十律者，身体受损害进一步扩大。凯文及时赶回但是在海上战斗消耗了大量体力，梅博士再次勉强自己连接【神之键】天火圣裁维持5秒瞬间消灭了剩余的全部第十律者。至此不再出现新的第十律者，第十次崩坏结束。
第十次崩坏后，梅博士身体受到重创陷入长期疗养。无律者核心【神之键】空白之键所表现出来的对使用者巨大损伤被【逐火之蛾】嫌弃整个计划封停。【逐火之蛾】全力投入【神之键计划】将剩余的第三律者核心、第四律者核心以及新收缴的1000枚第十律者核心全部投入【神之键计划】。维尔薇探访梅博士试图获取空白之键的数据继续研发。
维尔薇完成【神之键】第四神之键，因为过于自由发挥制造成非战斗用的卫星，被梅博士再度削减材料预算警告。
第一研究所所长梅比乌斯向武器研发部【螺旋工坊】维尔薇下达16笔订单购买机械人体零件，以订单报酬为维尔薇提供梅博士削减的预算。梅比乌斯试图进行【灵魂】相关试验复活助手人类克莱因。最终全部以失败告终造就了大量机械仿生人灰蛇
第一研究所事故：第一研究所所长梅比乌斯在实验中开始尝试【人为崩落】，变身为巨大崩坏兽后被第五科学部部长苏发现。2人陷入对峙，在对峙过程中士兵华闯入被波及陷入昏迷。苏被迫也进行【崩落】最终找到梅比乌斯的心理创伤人类克莱因之死进行攻击。融合战士CM-004樱赶到时战斗以及结束苏与梅比乌斯都陷入昏迷。第一研究所所长梅比乌斯被【逐火之蛾】官方囚禁。
第一研究所事故事后，【逐火之蛾】高层试图向梅比乌斯问出【人为崩落】的技术，被梅比乌斯要求与休养的梅博士交谈。在凯文护送下梅博士前往禁闭室与梅比乌斯展开私人交谈，2人就【人为崩落】技术展开交谈，最终梅博士将【逐火之蛾】禁止的武装人偶技术作为交换交给梅比乌斯
交谈结束后，凯文私下找到梅比乌斯寻求【人为崩落】的改造对自己进行强化
第一研究所所长梅比乌斯使用交易获得【逐火之蛾】禁止的武装人偶技术制造了人偶克莱因。在助手丹朱纠缠下将武装人偶技术也教给了苍玄、丹朱。后来两人在新纪元使用梅比乌斯传授的技术制造了人偶苍玄之书
维尔薇完成【神之键】涤罪七雷，首次制造了【抽大奖】系统。这把随性变换姿态的【神之键】在融合战士CM-004樱的手中展现了非凡的威力，也只有樱能够自如使用各种不同的模式。
维尔薇吸取【神之键】涤罪七雷的经验，对【抽大奖】系统改良应用在【神之键】轩辕剑上改良为了使用者能力达标时，自动适应使用者变换姿态。因为融合战士对【神之键】的良好发挥，【逐火之蛾】开始计划将1000把【神之键】轩辕剑都交给融合战士使用，梅博士对原本的超变因子进行改良降低威力提高量产成功率，【META-MORPH】完成。
爱丽希雅进入第一研究所，调查发现第一研究所所长梅比乌斯私下准备的【圣痕计划1.0】，爱丽希雅与梅比乌斯对峙后【圣痕计划1.0】被上报给梅博士。梅博士选择亲自参与梅比乌斯的试验来下达结论，亲手参与圣痕实验者，并且目睹实验者发狂。随后发狂实验者被守卫在外的凯文击毙，梅比乌斯质问梅博士是否有手染鲜血的觉悟
融合战士量产计划第二期：梅博士完成新型超变因子【META-MORPH】。相比于融合战士量产计划第一期需要超变手术进行改造，【META-MORPH】可以直接进行注射伤害更小，即使不成功也不会致死，外表也不会发生非人的变化，但是因此2期融合战士的能力上要远远弱于1期融合战士，并且需要参与感受到死亡危机的心理刺激程度战斗。由于量产【神之键】轩辕剑的出现，在一定程度上弥补了2期能力的弱化。基于量产【神之键】轩辕剑的特性来进行2期融合战士的量产。梅博士身体康复后亲自主持计划，做好不惜手染鲜血的觉悟。大部分受试者在不知情的情况下参与计划身亡，
【逐火之蛾】MSA-209:士兵华在此次计划中成功融合【帝王级】崩坏兽-迦楼罗（迦楼罗（梵語：गरुड，羅馬化：Garuḍa；巴利語：Garuḷa），又音譯作揭路荼，汉译大鹏金翅鸟或金翅鸟，印度神话中的一种巨鸟，是主神毗湿奴的坐骑。佛教吸收此鸟为天龙八部之一。）获得了高回复能力。
千劫申请参与融合战士量产计划第二期，实际目的为摧毁使用成为第十律者的副官伊莫尔制造的量产【神之键】轩辕剑。在摧毁大量【神之键】轩辕剑后被彻底剔除出名单。但是私下与第一研究所所长梅比乌斯进行交易，暗中进行融合战士改造。
梅比乌斯制造的机械仿生人灰蛇们离开第一研究所进行了解人类的试验。人偶克莱因在灰蛇离开后也开始希望寻求自己的价值，主动请缨成为梅比乌斯的助手。在人偶克莱因协助下梅比乌斯开始私下对千劫进行融合战士改造。改造的超变因子是来源于融合战士CM-004樱在极东之地斩杀的【帝王级】崩坏兽-非天（阿修罗（梵语：असुर，Asura；巴利语：असुर，Asura），亦译为阿苏罗、阿素洛、阿须罗、阿须伦、阿须轮，简称修罗，有汉字词组“修罗场”等。汉语直译有非天、无酒、无端正等形式，属于六道之一，是欲界的大力神，或是半神的大力鬼，意思是福报似天，而德行与天神不同，心性暴躁。阿修罗易怒好斗，骁勇善战，曾多次与忉利天神恶战）
千劫私下完成融合战士改造，袭击了MSA-209华并且破坏了她手中的【神之键】轩辕剑后被捕。梅博士观看录像后传唤梅比乌斯并且禁止千劫再接触【神之键】轩辕剑，对千劫谎称【神之键】轩辕剑已经基本被他全部击毁。
神音计划：由于千劫的战斗暴露出2期融合战士力量上的缺陷，梅博士开始结合阿波尼亚的【戒律】研发催眠强化科技-【神音】。参与【神音】试验的受试者中最终只有融合战士MSA-209华依然保持精神正常，其他受试者均以疯掉告终。华本人表示再试验后长时间内听到奇怪的声音，但是本人依然保持精神稳定。根据MSA-209华的表现以及CM-005阿波尼亚的推荐，将MSA-209华作为【神之键】羽渡尘的武器测试配合者。