在新的假面骑士诞生的同时，另一边的游作也终于和亡灵分出胜负。
“防火龙！直接攻击！”随着战斗指令下达，一头机械巨龙口吐龙息将亡灵的生命值清零，而亡灵也被实体虚拟影像的冲击震开，最后，也只能神色不甘的让开一条路：“你赢了，Playmaker，左轮大人在等着你。”
听到对方的话，游作放下决斗盘，随后和草薙翔一走向海边的别墅，但在游作走过的时候，亡灵说到：“你赢不了左轮大人，而且我们汉诺骑士最后的计划已经开始了。”
“最后的计划？”游作愣了一下，但很明显亡灵不打算再多说一个字了。
走进了别墅，游作和草薙翔一便看到了一个正在病床前坐着的白发身影，随着熟悉的声线响起，了见看向了面前的两人：“终于来了吗？Playmaker……不，藤木游作，以及草薙翔一。”
听到对方说出自己的真名，游作没有多意外，而是深吸了口气说：“这应该算是我们第二次正式见面吧，Revolver。”
了见也站起身，简单的介绍：“我的名字是鸿上了见，和之前说的，我会告诉你们有关十年前的真相。”
了见开始讲述有关【Lost】事件以及【伊格尼斯】诞生的始末的关联……
一切都是从十几年前开始的，当时，科学家【鸿上圣】在研究人工智能算法时，计算出了一个可怕的结果：【人类将会在未来面临灭亡的危机，】，他重复进行了数万次的模拟演算，可无论如何，计算出来的永远只有【人类灭亡】这一结果，而为了能够避免人类的未来走向这种结局，他借助自己好友【飞电方舟】所研发的修码吉亚程序以及自己研究出的特殊算法着手开发名为【伊格尼斯】、拥有与人类一样的【意识】的人工智能，将其称为延续人类历史的【后继种】。
可是，在研究过程中，内心太过急于完成【伊格尼斯】的鸿上圣与飞电方舟产生了强烈的分歧。
鸿上圣想要利用小孩子进行封闭式决斗来加快初具雏形的伊格尼斯的学习来构建【意识】网络，而方舟认为这种办法风险太大，而且还可能导致无辜的孩子意外死去，可由于他没办法阻止鸿上圣，也改变不了对方【为了人类的未来】的执着想法，不愿参与其中的方舟最终与鸿上圣分道扬镳，回到了自己的【修码吉亚】项目，只留下了辅助开发的子程序。
随后，鸿上圣便启动了【Lost事件】，诱拐了六个有着决斗者天赋的孩子，没日没夜的与虚拟敌人进行决斗，通过极为高压的环境刺激他们的生存本能，加速了【伊格尼斯】的完成速度……
而在这过程中，在【lost事件】发生的半年不到的时间中，当时年仅8岁半的【鸿上了见】因道德带给其自身的内心的强烈谴责而再也无法忍受其父亲的做法，终于匿名向Dencity市内的媒体举报了自己父亲所做的事情，那些孩子终于获救，而【伊格尼斯】也在那时候接近完成……
而鸿上圣，在那之后失踪了三年，了见再次见到他时，他说自己被植入了电脑病毒，意识被困在Link VRAINS当中无法脱离，而他现实中的躯体也处于假死状态，极速衰竭，如今……已然是油尽灯枯的前兆，根据方舟所说，他顶多只有不到一个月的寿命了。
“原来……当初救下我们的，是你。”游作听着对方的讲述，身体微微颤抖，草薙翔一此时握紧拳头，他的亲生弟弟因为Lost事件患上了极为严重的心理疾病，如今生活都很困难，可如今，虽然罪魁祸首就在眼前，他却只能感受到一阵无力。
“等等、等等？你说你的父亲被植入了电脑病毒是怎么回事？Lost事件结束之后又发生了什么？？”Ai此时说到，了见此时微微咬了咬牙，平复了情绪后说：“父亲……被想要隐瞒事件全部真相的【Sol】给监禁了，电脑病毒也是【Sol】的手笔。”
“【Sol】……【伊格尼斯】的开发还得到了【Sol】公司的支持吗？也就是说，在那三年内，鸿上博士就将【伊格尼斯】彻底完成了。”游作思索到。
“没错，被监禁后的父亲从你们六个人的样本中完成了6个代表着不同属性的Ai，也就是对应着地、火、风、水、光、暗六个属性的伊格尼斯。”了见点了点头继续说：“在那之后，那些【伊格尼斯】便在网络中创造出了名为【电子界】的独立空间，藤木游作，你所使用的【电子界】族怪兽也是在那个世界诞生的。”
听到这话的游作看了眼自己的卡组，Ai此时也露出了一个自豪的表情，了见此时也继续说到：“除此之外，伊格尼斯们还在电子界中制造了名为【数据物质】的超物质，其构造已经超出了人类理解的范围，实现了通常大上数千倍的数据处理能力，而这些物质的聚合体，便是现在用于【高速决斗】的数据风暴，而Sol将这些物质全部引入了自己的公司，获得巨大的利益……而被监禁的父亲，也用那些数据完成了可以预测未来的超级电脑系统，用于计算、预测【伊格尼斯】的成长，得到了十分惊人的结果。。”
“十分惊人……也就是说，Ai它们的成长有超出鸿上博士预测的可能性以上吗？”游作看向决斗盘上的Ai。
而听到这里的Ai也无比着急：“那结果是什么呀？！这和你们攻击电子界又有什么关联？”
但回答它的，并不是了见。
“结果是人类的灭亡。”方舟此时从正门的位置走了进来：“鸿上圣预测到，【伊格尼斯】在已超出人类几十倍的速度极速成长，接着帮助人类延续整个种族的寿命，在那个过程中，认为人类存在劣等性的伊格尼斯开始排除人类，鸿上圣他重复了几十亿次的重复演算，得到的结果都是一样的，当然，这个结果【Sol】公司也知道这个结果，但是他们可不管这些，反而是继续隐瞒真相，并且给鸿上圣植入了电脑病毒。”
令人震惊的话语让游作和翔一还有Ai都陷入了短暂的宕机。
“两位好，正式介绍一下，我是现今汉诺骑士的合作者以及【假面骑士】系统的开发人，你们可以称呼我为飞电方舟。”方舟走到了见的身边，看向了鸿上圣：“这家伙花费了那么多的时间、精力完成了毕生的杰作，到最后，却又必须亲手将其摧毁，这一切都让人唏嘘……藤木游作，这就是你们想要了解的真相，现在你手上的伊格尼斯，将是未来会毁灭人类的元凶。”
“胡说！我们怎么可能……”Ai还没说完，就被方舟打断了：“也许灭亡人类的伊格尼斯并不是你们这一代，但只要你们存在一天，【人类灭亡的未来】就一定会成为现实，藤木游作，我相信你们应该看过那个Ai的记忆数据吧？”
游作和翔一点了点头，他们曾经查看过Ai的记忆数据，知道了名为【电子界】的世界存在，以及电子界被汉诺骑士袭击的情况。
“但，Ai终究与人类不同，那家伙有办法闭锁一部分记忆，而它没告诉你们的是，在汉诺骑士袭击电子界时，帮助伊格尼斯们逃出生天、并且封闭电子界存在的……是【灭亡迅雷】安插在汉诺骑士中的间谍。”方舟此时说到。
“什么？！”游作震惊的说到，Ai此时露出了为难的表情。
“这件事是我们后来确定的。”了见此时确定方舟的话没有作假，而方舟紧跟着说：“你明白了吗？藤木游作，这个Ai凭自己的意愿对你们说了谎，这样的Ai即使是在科幻小说中，也注定会成为人类的敌人，而且，【灭亡迅雷】还有可能已经和某些伊格尼斯达成了合作，人类灭亡的未来，正在逐渐成为现实。”
“才不是这样！！”Ai大声地反驳到，随后看向了游作：“Playmaker，的确……我之前因为不信任你们所以对你们隐瞒了，当初电子界被袭击时，一个自称【灭亡迅雷】成员的家伙不知道用什么方法进入了电子界，提前告知了我们【汉诺骑士】会袭击的消息，所以我们才能提前撤退并封闭【电子界】的存在……但我但是并不知道【灭亡迅雷】居然会是一个危险的恐怖组织……我又怕你们误会所以才……”
Ai有些委屈，游作则是叹了口气：“这些之后再说，飞电……博士，你之前有说过你和汉诺骑士是合作关系，就是因为【灭亡迅雷】吗？”
“当然，不过……那种事情你们可以以后有机会再向我询问，现在……了见，你应该有更重要的事情去做吧？你的父亲应该在汉诺塔上等着你，去吧。”方舟此时亮出了自己的决斗盘。
“博士？”了见本想着与游作分出胜负，但没想到方舟居然会挡在面前，而方舟此时说到：“你们父子应该还有很多话要说才对吧？他的时间已经不多了，最后陪他一下吧。”
“……”了见听到方舟的话，随后看了眼面前的游作，后者只是默默的点了点头，草薙翔一也没有多说什么。
方舟别过头去：“去吧。”
“……谢谢。”了见进入了VR空间，而游作此时也拿起决斗盘，与方舟同时喊出登陆虚拟空间的口令：
“Into The VRAINS！！”
此时，虚拟世界内，一座高耸入云的高塔正在不断的引发虚拟世界的崩坏！