旗舰，包括了无畏舰、航空母舰、战力辅助舰、超级航母、泰坦和旗舰级工业舰。

　　统合部规定除了帝国势力之外，克隆人飞行员的旗舰只能在安全等级系数不高于0.4的边境地区以及0.0安等法外之地使用。

　　它们除了可以使用星门之外，还可以使用自身携带的旗舰级跳跃引擎进行跨越光年的超长距离移动，简称旗舰跳。

　　旗舰的性能强大，在新伊甸的宇宙里不论哪方势力旗舰都是极其重要的战略资产。

　　在旗舰中，体积最大破坏力最强的一批被称为超级旗舰，简称超旗。