黑暗的宇宙空间中，一架紫色机甲静静地悬浮着。机甲的背后有展开的光翼，光翼呈十字型，就像十字架一样。而机甲就像是受难的耶稣，双手平展，被钉在光翼十字架上。
机甲的胸前飘浮着一把名为朗基努斯的红色长枪，此时这一把正在缓缓地刺进紫色机甲的胸口。随着长枪的刺入，紫色的机甲一阵扭曲，变成了一个血红色的十字架。随后十字架的上下端都长出了红色的触须，祂演化成了生命之树。
生命之树的前面飘着一名巨大的，纯白的，赤裸的少女，少女双手虚托着生命之树，说：“现在的丽就是你自己的心，就是你自己的愿望，想祈求些什么呢？”
而机甲中的驾驶员则沉浸在自己的灵魂深处，丝毫没有意识到自己的变化。名为碇真嗣的驾驶员变成了类似观察者的存在，看着自己过去的记忆，看着这个世界过去发生的事情。
碇真嗣看到了过去独自玩沙子，孤单的自己，看到了照顾他的葛城美里疯狂的一周，看到了红发少女明日香对自己的斥责……在他的视角里，过去的各种画面和声音不断出现又不断消失。
在他的脑海中，葛城美里，明日香，绫波丽这三名女性不断在他的视角中出现，不断地与他对话。在讲话中她们不断地对他进行否定，这对在一直逃避的他无疑是一种折磨。然后他崩溃了，他在明日香否定他的时候一把掐住了她的脖子。
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然后少年与少女开始了对话。
“谁都不愿意了解我。”
“你什么都不明白吧。”
“我本以为这是一个没有讨厌的事，没有背叛的世界。”
“你是自以为别人和自己一样吧。”
“背叛了我！背叛了我的感情！”少年歇斯底里的吼着。
“从开始就是你自己的错觉，只是自以为是。”
“大家都不需要我，那么都去死吧。”
“那么你的手是为了什么存在的？”
“有没有我的存在，大家还不是一样，不会有任何不同，所以大家都去死吧。”
“那这颗心是为了什么而存在？”
“或许我不存在更好，所以我也去死吧。”
“那你为什么会在这儿？”
“我可以留在这儿吗？”
少女沉默了。
然后在少女的沉默和少年的嘶吼中，人类开始进行补完。
NERV本部，伊吹摩耶看到了她憧憬的律子辈向她走来，与她相拥。青叶茂看到葛城美里走过来向他献吻。碇源堂见到了他心心念念的唯……然后所有人都在自己的所期望的景象中变成了橙汁。
从太空望向地球，只见地球在不断变得血红的同时，也在不断地升起十字架。所以的人类的变成了生命之水，回归到莉莉丝身边。
少年与少女又开始了对话，这一次的对话主题是梦境与现实。
“那我的现实在哪里？”少年发问。
“那是梦的终结。”少女回答。
然后少年在lcl之海中缓缓醒来。