佩恩战三代，双双重伤。
三代濒死，后面佐助知道真相后会过去杀他，引起冲突。
佩恩被黑绝连同带土夺取轮回眼。
磁场转动的出现，使得初代二代复生，
新版秽土转生可以通过克隆人加拉灵魂的技术实现复活。
大蛇丸因为将灵魂分割，磁场力量进展缓慢，且流量低微。因此，找寻机会派出分身和黑绝合作，目的是将分出的灵魂收集完全，作为酬劳，使用新版秽土转生将斑及一些认同月之眼的过去强者复活。
当磁场版本更新到五十版本后，辉夜将会破封而出，拥有五十万匹数，强大流量和几乎为零的完全境界。
大蛇丸用白绝和柱间细胞造魔神，蝎造亚飞。
雷影出手直接抓走纲手，将事情甩到晓身上。
小南和弥彦潜入到木叶 ，击杀了团藏，引得三代暴怒（三代真正想要守护的不是木叶，而是他重视的人和物，只是他们恰巧都在木叶罢了），磁场转动出现了。
战后三代重伤濒死，自来也继任火影，鸣人被小南带领四道抓走，重伤的长门在读取鸣人力量及记忆时被其感动，后失神被带土偷袭，夺去轮回眼，小南为掩护他撤离死亡。自此，看到长门记忆及想法的鸣人被胁迫着跟随他一同走遍忍界。
云忍村，雾忍村，岩忍村趁机向木叶开战，木叶三面受敌，佐助在与雾忍的交战中展现出了独当一面的实力。而在此期间，他发现木叶雷忍方面有一神秘强者，给他熟悉感觉。后在带土的谋划下在杀死鼬的同时知道灭族真相，愤怒的击杀重伤不起的三代火影后逃亡，被得知佐助叛逃的四代雷影带回了村子（艾和带土打了个不分高低）。
小樱因为实力出众受到了木叶的培养，实力突飞猛进。
四代雷影艾在和佐助战斗时感悟到了他身上带着的天武杀道，创造出了属于自己的霸道。胸怀天下万民，处事冷酷无情的同时怀有对万民的大爱，实现绝对的公平公正，这就是他的霸道。
加上从邪恶纲手那里获取的爆破拳，阴封印，四代雷影实力天花板。
长门带着鸣人在忍界四处流浪，观察世间百态，改进自己的轮回道。眼盲心不盲，见到有困难的人就会上前帮助，从未放弃自己的和平设想。
自来也在和云隐村的战斗中，忍痛杀死了屠杀木叶忍者的邪恶纲手，纲手在死前苏醒，将自己的感悟和情报传给了自来也，让他得以领悟了修罗轮回奥义。
而后迎来了短暂的和平。
这时忍界分为三方势力，雷之国四代雷影，火之国沙之国自来也柱间扉间，水之国土之国斑，带土，大蛇丸，蝎，以及没有势力的流浪忍者长门。
至于黑绝，他麻了，被轮回眼斑追杀。
而后斑打死柱间，然后被长门打死，后将轮回眼和月之眼的梦想托付给带土。
卡卡西被佐助击杀，令佐助的杀道更进。
扉间被大蛇丸开魔神打死，蝎制造出亚飞，夺取了卡卡西的大脑，制造出蝎亚飞，卡卡西亚飞。
后面忍界大战再起，四代雷被带土，自来也围殴致死。佐助在见识了木叶的明争暗斗和云隐村的和谐之后，决心继承雷影的意志，粉碎了自己的杀道，开始追求消除一切不公的道路。
带土和卡卡西亚飞，蝎亚飞大战，月之眼的执念战胜了旧友之情，击杀了卡卡西和蝎。
后带土，自来也联手杀死长门，鸣人在自来也和长门之间选择了长门的道路，继承了轮回道和理解之路。
佐助偷袭了重伤的自来也，为四代雷报仇。和小樱彻底分道扬镳。
总之就是一顿乱战，小樱继承了木叶的火之意志及三忍的遗产，以自来也的修罗轮回，结合大蛇丸灵魂分割的地狱战神，以及纲手的百豪细胞修复术，爆破拳合为一体的无敌的实力成为了木叶的新火影。
后小樱为履行身为火影的职责，决定消灭对木叶一直抱有恨意且击杀了两代火影的佐助。二人大战，最后佐助在将小樱杀败，距离真正的无情之路只差一步。
继承了四代雷忍体术及霸道意志的佐助，继承了长门轮回道及理解之路的鸣人为了阻止带土开展月之眼计划，与其进行了大战。
在战斗中，就和原著一样，众人团结一致的信念令带土动摇，最终被佐助及鸣人击杀。在解决了带土之后，鸣人决定为了忍界的和平击杀佐助。
但还未开战之时，带土的尸体被黑绝用自己的生命唤醒操纵轮回眼启动了月之眼，释放了辉夜。
于是在五十重天的版本，出生自带七十五重天的辉夜吞噬了神树出场了。然后因为完全境界不够被暴打一顿，不过其惊人流量还是给佐助留下了深刻的印象。
鸣人获得九只尾兽承认后流量暴增，暴打辉夜，但因为辉夜没来得及干什么坏事，且他也不知道辉夜的历史，于是便在最后放过了辉夜。
然后刚松了一口气的辉夜就被佐助用封印术吸入体内，成为电池。
至此，两个匹数相等，流量相等，完全境界都相等的宿命对手为了实现彼此的和平理念开始了最终一战。
在辉夜开启新版本之后，二人战斗力就一路飙升。因为彼此都怀揣着对众生的大爱，也不存在谁打不出一百万的问题。
在经历了龙脉，及能穿越时间的宝具犁之后，二人开始接触时间力量，走到近乎终极的程度，他们开始明白，二人中的胜利者将会拥有真正决定整个宇宙的无敌力量。但二人的意志和力量，都已经去到最强，战到最后也不能分出胜负。
但在长久的战斗之中，佐助也逐渐意识到了一个问题，那就是无情无义，统御天下的他，即使能主宰宇宙，他所能做到的绝对公平，不正是他们所经历过的一切吗？如果他成为胜利者，不过是开启了又一次循环罢了。