罗德岛陆行舰回来后，卡兹戴尔联盟不仅迎来了博士，还迎来了卡兹戴尔联盟的真正的议长阿米娅（凯尔希只是代理议长）。
阿米娅和博士回归后，他们听说了将军打算大规模入侵联盟、传福会不得不强迫其他方舟同意共同对抗海嗣、新罗德岛号也因此开始了独裁统治、但有些方舟不愿意接受独裁统治、它们暗中对抗新罗德岛号的命令等一系列事情。
对此，博士建议阿米娅召开议长的就职典礼，邀请所有卡兹戴尔联盟的方舟的舰长一起参加。
在海水还没淹没大陆的时候，阿米娅在博士的帮助下打败了特雷西斯等人，重新建立了卡兹戴尔这个国家。因此，阿米娅在萨卡兹人里拥有很高的威望，她顺理成章地成为了复国后的卡兹戴尔的领袖。
后来在潮水来临之际，为了在海上抱团取暖，阿米娅建议所有在卡兹戴尔里建造的方舟联合起来组成一个联盟，即卡兹戴尔联盟。而阿米娅也理所当然成为了这个联盟的议长。
只是，阿米娅并没有实际当过一天的议长，因为她随后便随着博士一起乘上罗德岛离去了。博士需要进入石棺修复身体，期间要是被什么敌人入侵，那么博士就会有危险。因为如此，阿米娅便担当起罗德岛的守卫，保护博士休眠期间的安危。
基于以上的原因，博士认为召开就职典礼，正式在所有方舟的代表面前当上议长一职还是很有意义的。一来阿米娅可以通过仪式来获得名正言顺的身份，率领联盟对抗海嗣的进攻；二来阿米娅也可以通过仪式来检验其他方舟对自己的忠诚：凡事愿意前来参加典礼、愿意在典礼上向阿米娅宣誓效忠的舰长，至少在表面上认可了阿米娅的身份，今后也会尽量执行阿米娅的指令，而那些根本不愿意前来参加典礼、或者虽然参加了典礼但不愿意向阿米娅跪下的舰长，绝对就是反叛分子，是应该讨伐的叛徒。
于是，阿米娅通过无线电向所有卡兹戴尔联盟的方舟发去了邀请函。阿米娅有担心不愿意向自己臣服的方舟太多，这些方舟说不定会以就职典礼为契机公开宣布退出联盟，又或者联合起来公然反叛。所以，她详细思考了各种坏事发生的可能性，并且为此准备了多套应对方案。
不过，博士对此则很乐观，他认为就职典礼会很顺利。想要在海嗣大军中存活下来，联合起来就是唯一的做法，联盟本来有联合起来对抗海嗣的需求。博士认为其他方舟的代表内心应该是一致同意联合起来的，它们只是对该接受谁的领导这个问题有异议而已（凯尔西并不能完全服众，其他人也一样）。而现在这个问题也随着阿米娅的回归而消失了，因为阿米娅是很多萨卡兹人眼中的王，要让萨卡兹人接受某人的统治，那这个人非阿米娅莫属。
果然，在接下来的几天，新罗德岛号陆陆续续地收到了其他方舟的回复，最后真的所有方舟都答应了参加阿米娅的就职典礼。
而就职典礼也举办得非常顺利，当阿米娅演讲时提出接下来的目标是领导联盟共同对抗海嗣的时候，所有代表一起鼓起了经久不绝的掌声；而当阿米娅接过象征着议长权力的权杖时，所有代表包围了阿米娅，纷纷向她痛陈议长长久空缺之苦。
就这样，卡兹戴尔联盟真正地被统一起来，开始对抗海嗣。
又过了一段时间，与将军的大战开始了。
在博物学家的通风报信下，将军的部队规模、以及各种海嗣的缺点都被博士悉数掌握，他提前制定好了应对的战术，以至于联盟在战斗一开始便占了上风。
看着自己准备了漫漫数月的进攻竟然落得如此下风，将军很快就意识到内鬼的存在。但是此时他已经无力回天，将军在气急败坏之中绝对孤注一掷，它觉得与其夹着尾巴回去接受“枢机”的惩罚，不如向联盟的指挥核心、也就是新罗德岛号猛烈进攻，它期望击沉新罗德岛号后联盟里的其他方舟会树倒猢狲散。
事实上，将军确实有击沉新罗德岛号的实力。
将军跳上了新罗德岛号的甲板，你们意外地发现它竟然进化出了新的能力。
你在过去与将军交手的时候，它只能从口中吐出的丝线来放电，而如今它的八只脚全都能释放电流。它的脑袋的背后居然也长出了新的眼睛，它现在能够真正做到“眼观四方”了。除此之外，它也长出了坚韧的硬皮，普通的刀剑对它没有什么效果。而由于它自身有着强大的愈合能力，哪怕你们向它发射大量的子弹，它也能一瞬间将子弹孔给堵上。
如今缠绕在它的脚边电流蓄势待发，在钢铁的甲板上没有人敢轻易靠近。
而将军这样的新能力，连博物学家这个线人也是完全不知道的。博物学家惊讶地说：
“这、这怎么回事？正常来说已经诞生的海嗣，想要进一步进化就只能回到母巢去改变自己的基因，可是我们离母巢那么远，你是不可能忽然回去的……你是怎么怎么做到的？”
听罢，将军恍然大悟地说，“原来你就是、内鬼。幸好、我没有让你看见、我的王牌。我根本没有进化、我偷偷筑起了茧、我是变态发育了。”
原来将军偷偷藏了一手，战前它在博物学家不知道的地方偷偷地发育至第二阶段，如今的它才是真正的完全体。
由于博物学家的身份被暴露了，它连忙临时跑到你们那边，躲在人类的身后。
究竟要怎么才能打倒将军？没有人知道。
幽灵鲨被海嗣一脚提到了海里，要爬回来恐怕还需要一些时间；阿米娅的机甲里的电器元件被电得失灵，只好暂时退出了战斗；而赤冬等人也因为海嗣综合征爆发而失去了战斗能力；因此现在只剩下你和斯卡蒂仍在苦苦抵抗。
你冲上去了。
你利用链刃的高机动性左蹦右跳，与将军苦战了好多个回合，然而最后还是在一次失误下被将军重创了。
血液自你的伤口中流出，斯卡蒂在正面帮你争取到时间，医疗人员趁机会把你从战斗前沿拖回了后方给你做治疗，你总算没有立刻死去。
可是这又有什么用呢？将军在向你们步步逼近，新罗德岛号被击沉恐怕只是时间问题。
就在这时，博物学家来到了你的身边，它向你的脑袋伸出了好几条细小的丝线。你认得那些丝线，那是博物学家在读取罗兰号死者尸体的大脑时使用过的东西。
“你、你在干什么！？快离开万先生！”
见状，澄闪冲了出来，马上将枪口对准了博物学家。面对澄闪的严厉警告，博物学家“双手”举了起来，它认真地对她说：
“不、不要担心，我只是想要帮万找回他的记忆。我想他的大脑里的记忆是仍然存在的，只是某些区域除了些问题所以没有办法回忆起来而已……只要调整一下他的大脑，说不定他就能想起过去的事情。我原本担心万拿回记忆后会把我给杀掉，但是现在已经不能再去担心这些了，在这么下去，我们都会死。”
“……难道我想起过去后……就能打败将军了？”
你一边大口呼吸空气，一边艰难地张嘴问道。
“没错，你有那样的能力。你要我尝试帮你恢复记忆吗？”
突然周围的人安静了下来，除了正在抵抗海嗣的斯卡蒂外，所有人似乎都看向了你，他们在等待着你的回答。
你思考了一会后说：
“……要。”
“万先生，你真的要这样做吗……”
“我想要打败将军……而且最重要的是，我想取回自己的记忆……我想知道自己是谁……”
听罢，澄闪沉重地点了点头，然后收回了手中的枪，离开了博物学家。
得到允许后，博物学家开始将它的小丝线伸进了你的眼窝里，丝线在里面蠕动了一下后，突然穿破了你眼窝的肉壁，径直往里钻。
“……呜！”
伤口带来的疼痛感让你忍不住叫了一声。博物学家连忙解释道：
“不好意思，从眼窝里进入大脑已经是损伤最小的方法了，正常来说我是要破开脑壳的……所以麻烦你忍耐一下……我会很快的……”
当丝线进入你的大脑后，你想象有什么东西在你的大脑皮层上爬，然而实际上你几乎什么都感觉不到，你只是感到有些恐惧而已。
它真的能修复好你的大脑吗？还是它其实是打算做其他的事情？比如说想要偷取你的记忆之类的……
你忍不住地开始胡思乱想，不安感在你的全身蔓延。
不知道过去多长时间，可能只有十秒，也可能长达十分钟，博物学家突然说道：
“好了，我想我已经做了我能做的所有事情了。你现在感觉怎样？”
博物学家收回了丝线，你茫然地看着蓝白的天空，然而你却感觉自己此刻掉入海洋之中。
你掉入了记忆的海洋。
无数的信息缠绕住你的身体，不断地将你往海底拉去，你感觉快要淹死了。
但是仅仅是那么一瞬间的事情，这一切幻觉般的东西全都消失了。
你缓缓地站了起来，眼窝的伤口中流出了血液，你试图用一只手捂住一边的眼睛来止血，但是血液依然在重力的作用下顺着眼角和鼻子往下流。
你缓缓地向将军走去，一步、两步……看着那发着电光的庞然大物，你丝毫没有感到害怕。
注意到你的动态后，将军嘲笑道：
“哦、你还想继续、与我战斗？也对、我应该、杀了你的，我早就、对‘枢机’的计划、不满了。”
你淡淡地说，“你怎么敢这样跟我说话的？你不知道我是谁吗？”
“你是谁、我知道、但又如何？你……”
说着说着，将军陷入了沉默。它思考了一下后，突然恐惧地说道：
“你、你、你不会是已经……可是、你怎么突然、取回记忆……”
“是我帮他取回记忆的！”
博物学家在你背后叫嚣道，它得意地说：
“谁让你弄沉了我的罗兰号！”
“……你这混账！”
就在将军恼羞成怒地想要向博物学家喷出白色的丝线，打算用电击将其一击毙命的时候，你突然喊道：
“……Order！将军、给我停下来！”
你的话音刚落，将军便立刻像木头人一般定在了原地，嘴中喷出的丝线也断了，最终黏在了基板上。
在不能动弹的情况下，将军生气地说道：
“你……！你果然取回了记忆！”
“你、你……可恶、可恶……！”
“Order！将军、请你自杀吧。”
“不要、我不会、我才不会——”
将军咬牙切齿地说道，它疯狂地抵抗你的绝对命令，然而下一秒它却冷静地说道：
“——Yes，my highness（遵命，殿下）。”
接着，巨大的海嗣突然将一只脚插进了自己的身体，它半卷着腿的末端将心脏从身体里扯了出来，然后在你的面前将其捏爆。巨大的身体随即倒下，蓝色的血液犹如河流一般自伤口中涌出。
将军死了。