在精灵2035年，令人震惊的消息就是一名叫小豪的训练师竟然收服了大量的神兽。接着次年便打败了关都与成都双冠军的渡，之后更是车轮战大败这两个地区的四天王。可后来心术不正的他加入了火箭队，与坂木一起仅仅只用了两年的时间便摧毁了所有的联盟与道馆。就这样火箭队便统治了世界，开始压迫精灵与人们。
但哪里有压迫哪里就有反抗，虹之勇者小智在凤王的帮助下，成立了一个反抗组织。但敌人的力量太强大了，最后在牺牲了大量的战士后，小智站在了小豪的面前。
“该停手了吧！小豪！”小智对他说。
“停手？不可能的。我现在已经没有做不到的事情了，我是无敌的！就凭你是不可能战胜我的。”说完小豪便摆了摆手，一瞬间大群的精灵包围了小智，小豪嚣张地说道:“哈哈哈哈哈哈，来见识一下我的宝可梦军团吧！”小智摸了摸皮卡丘，坚定的望着小豪，说道:“既然这样，那么我就要打败你，要你为所有死去的人偿命！去吧皮卡丘，使用十万伏特！”“皮卡～丘!”一瞬间大片的精灵都倒下了，接着小智派出了喷火龙，让它对地面使出炼狱，轰的一声，地面燃起熊熊烈火，又一大片的精灵倒下了。
小豪眼看所有精灵都要倒下时，脑中便有了主意。他走到小智面前对他说:“你太强了，我打不过你，所以我要放弃了，最后我希望能被你亲手抓捕。”“好的。”小智点了点头，之后拿出了手铐，突然小豪不讲武德，掏出一枚精灵球，并放出了一只劈斩司令，让它使出金属抓攻击小智。“哈哈哈哈哈，是我赢了，最后的赢家是我小豪哒！”小智瞪大了双眼:已经无法自救了，我要死si在这了吗？我该怎么向伙伴们交代呢？这样xianxue滴在了小智的脸上，可为什么感觉不到疼痛呢？小智向下看去，是皮卡丘！小智哭了出来，喊到:“皮卡丘，为什么？你要救我？”小豪见了这一幕大笑道:“哈哈哈，这只碍事的老鼠终于没了。小智你不用伤心，你马上就能与它见面了，哈哈。劈斩司令使用最后的金属抓。”当劈斩司令的手要挥下时，时间突然停止了。阿尔宙斯出现在了小智面前，对他说:“看见了吧，这就是未来的画面，只有你才能拯救世界。吾将力量凝聚成了十八个石板，当你集齐时吾就会出现与你一同战斗！”
小智被惊醒了:“刚才的是梦吗？”看了看钟，只有1点半。“算了，不想了，明天还要去参加大木博士的夏令营呢。再睡一会儿吧！”
他不知道的是他将会有一场怎样的冒险，不知道到底会有怎样的邂逅与相遇呢？