不愿意进化的人、不愿意离开的人、犯过罪人的都被留了下来。只有仍旧在进化、前行的部分离开自己的母星，踏入了漆黑寒冷的宇宙。
然而，那颗母星没有黑暗。被她孕育出来的种族没有经受过黑暗的考验，变成了害虫的姿态侵害宇宙万物。
宇宙中的其他种族联合起来，消灭了害虫。同时为了永绝后患，在它们的母星上投放了黑暗。
为了不让剩下的人重蹈覆辙，被不愿意进化的人设置的“人类延续与教育程序”定下了“把人类教育成拥有勇气与智慧，对生命充满敬畏的种族。”的目标。
然而，在教育开始的前夕，黑暗侵占了在五台“人类延续与教育设施”中掌管太阳的、地处南方的金字塔四号，让太阳无法发光。
得知黑暗入侵之后，西方奥林匹斯二号和东方华夏五号为了避免被黑暗侵占而进入了休眠。只留下中部伊甸一号和北方世界树三号与黑暗作战。
就在战况僵持不下之时，莱茵生命从“未来”来到了这里。他们接受奥丁的请求，与“人类延续与教育设施”一共对抗黑暗。
后来，莱茵生命与奥丁他们在黑暗中无往不利，最终攻入金字塔四号内部。
就在启动太阳的前一刻，之前被赛雷娅封在钙单质甲壳里的克丽斯滕挣脱束缚，对世界树三号本体展开袭击。
最后，太阳的启动权虽然被成功夺回，但除了赫默之外的莱茵生命成员全部死亡。
世界树三号在完全损毁之前，用自己最后的机能把赫默“送回”了“未来”。
太阳的启动权被夺回之后，黑暗为了不被太阳的辐射能消灭，大量涌入克丽斯滕体内。克丽斯滕无法承受这庞大的黑暗而炸裂，她的器官承接了黑暗的一部分意识变成了巨兽，她的血肉则因为无法承载黑暗的意识而四散飞去，变成了“源石”。而更多的黑暗选择在这片大地上潜伏，等待下一次机会到来。
后来，由于伊甸一号是唯一还保持着机能的设施，所以它担起了教育人类的全部责任。
伊甸一号放出先前一直被封存的罪人们，清洗了他们的记忆，让他们在黑暗中行走了一段时间之后才点亮太阳并派出十个“人类延续与教育辅助工具”——炽天使——去指引他们。
十个炽天使形成了坚固的闭环，保护着今人不受黑暗的任何危害。自此，拉特兰平原上的人们经历了成百上千年的平稳发展。
但这闭环却被从内部击破——一名人类在盗窃之后不满炽天使给出的惩罚，当沙利叶问他应该如何处理的时候，他说：“我不知道应该怎么做，我只知道你们做的不对！你们不能这么对我！”
当沙利叶还在为自己听到的话而困惑的时候，黑暗趁虚而入，控制了沙利叶。
黑暗化的沙利叶被后世称为“堕天使”。她那会带来智慧与理性的力量也变成了会带来愚蠢与野性的力量。
除此之外，她的力量打乱了周边的人类的基因组，让他们拥有了动物的特征。
为了不让堕天使沙利叶的危害继续扩大，炽天使的长兄——路西法——杀死了她。但只是杀死了她的肉体，却把她的灵魂放回了伊甸一号。
能杀死炽天使的只有炽天使。而要真的杀死炽天使，必须把它的灵魂和肉体一起杀死。
因为路西法拯救了沙利叶的灵魂，所以即使她的肉体已经变成了一摊烂泥也会继续再黑暗的操纵下行动。
才刚刚得知这些的路西法把沙利叶的肉体扔进海洋里。随后他召集了一批人，教给他们超前的知识与技艺，又把那些害虫的一些“遗产”交给了他们，希望他们能阻挡黑暗从海洋发起的进攻。
那些被路西法选中的人也不负众望，在很长的一段时间里都没有让黑暗踏足大地。后来那些人在海底建立了国家，名叫“阿戈尔”。
回到人类和其他炽天使身边之后，为了避免愚蠢与野性的特性顺着血脉往下流，路西法放逐了所有出现了动物特征的人类，并将他们称作“亚人族”。
但这毕竟是杯水车薪。由于十位炽天使的闭环出现了缺口，黑暗已经可以直接侵害炽天使和人类了。
由于必须时刻警惕黑暗，被炽天使们教育着的人类的发展速度还没有那些亚人族快。而且那些亚人族也时刻觊觎着炽天使的力量与知识。
为了让人类拥有继续发展下去的机会，炽天使们只能做出一个屈辱的决定，那就是成为距离自己最近的种族——黎博利族——的附庸。
黎博利族或许并不残暴，但华丽的羽毛让他们十分傲慢。他们把炽天使说成“神的使者”，擅自创立了“神”这一形象，建造了“神”的雕像，同时利用人类对未知的恐惧行使霸权。
当黎博利族在做这些事的时候，路西法在和阿戈尔、伊甸一号一起抵御黑暗。而其他炽天使自己也要与不断在自己身上蔓延的黑暗对抗，所以没有人能阻止它们发生。
路西法从阿戈尔回来之后，一切都已经晚了——黎博利从他们擅自创造的“神”中又创造了“祈祷”这一畸形又无用的事物，还把它在这块大地上传播了个遍，导致许多人不再工作而只是“祈祷”。
只有知识而没有经验的路西法在试图修正这一切时被黎博利族斥为异端，被迫跪在“神像”之前。
在处刑的前几天，黎博利族宣称再给路西法一次机会，让他承认黎博利族从“神”那里得来的一切。
然而路西法却只是在“祈祷”。像一个被所谓“神”毒害的人一样，向“神”寻求着接下来应该怎么做的答案。
然而黎博利族却对路西法的这种行为勃然大怒，想要当场处死路西法。
也就在这时，一直处于黎博利的霸权统治下的人类的愤怒被引爆了。
他们血洗了黎博利的宫殿，提着里面居民的人头、浑身浸着鲜血来到路西法面前。
路西法一睁眼看到的只有怒、火、铁、血，于是他知道了自己应该怎么做。
路西法率领拉特兰平原三分之一的人口发起了反叛。追随着他的不只有人类，还有相当一部分黎博利。
路西法和他的叛军摧毁教堂、撕毁教典、推到神像，又把“神就是人类自己！”这一支撑着无数人的话语传播到了大地的每一处角落。
然而，在路西法掀起战争的同时，以恐惧、愚蠢，与生命为食的黑暗高速发展，把路西法以外的炽天使都变成了一半漆黑一半灰白的、可怖的存在。
直到这时路西法才从愤怒中回过神来。“祈祷”和“神”已经遍布大地，即使消灭黎博利族，它也不会停止毒害人类和亚人族。更何况其他的炽天使都因为自己的行为失去了继续对抗黑暗的能力，这场战争简直是得不偿失。
所以路西法在战争结束之后、在引导人类选择与黎博利族平等相处之后，对自己处以挖去眼睛、割掉耳朵、切断舌头、缝起双唇、划烂脸颊、植入尾巴与犄角的极刑之后离开了拉特兰平原。
在路西法离开之后，伊甸一号为了让人类不再陷入相互厮杀的灾难中，于是给予了他们光环和翅膀，让他们可以相互理解对方的感情。不知如此，那些光环和翅膀也给予了他们“萨科塔”的名字，还指引他们把自己的国家命名为“拉特兰”。
同时，那些光环和翅膀也是伊甸一号用于监视人类的工具。假如他们做出了有害于种族的存亡的行为，就会给他们装上犄角和尾巴以示让其他人远离。
路西法并非独自独自一人，而是和自己的徒弟——泰兰德——在一起。
他们师徒二人离开拉特兰平原，第一个抵达的国家是卡西米尔。路西法在这里杀死了克丽斯滕的大脑变成的意志之巨兽席兹。而且得到了第二个徒弟——卡西米尔国王的二儿子——忒比亚。
离开卡西米尔之后，师徒三人来到了叙拉古，遇到了运动之巨兽刻耳柏洛斯。
叙拉古的国王听说卡西米尔国王的二儿子来了这里，立即发布悬赏令要抓他。
在和叙拉古交战的过程中，刻耳柏洛斯死去。随后它在忒比亚的影响下分裂成了三名少女——刻俄柏·奇、刻俄柏·贺、刻俄柏·桑。
得知自己受到追杀是因为国王之后，路西法带着两个徒弟袭击王宫，杀死了国王。
就在路西法师徒将要离开叙拉古继续旅行的时候，有许多叙拉古人选择了与他们同行。
之后，路西法来到维多利亚，杀死了能量之巨兽利维坦。也就在这里，路西法得到了自己的第三个徒弟——烸蜜娅。
接下来的旅途中，路西法帮助追随着自己的叙拉古人找到了一块丰饶的土地。
大部分人都选择了在那里定居。当然也有选择继续与路西法同行的人。
然后路西法又去了一次卡西米尔。当时老国王已死，担任国王的是忒比亚的哥哥别希瑞。
就在这里，意志之巨兽的残影被烸蜜娅收服。因为不能让它保有的黑暗回到黑暗意志那里，所以烸蜜娅决定把它封印在自己的灵魂里，让自己的血脉世代约束它。
离开卡西米尔之后，路西法一行又来到了萨卡兹盆地。
当时的萨卡兹一族已经经历了一次团结，但随即又陷入了分裂。虽然“卡兹戴尔”这个名字仍然存在，但没有人愿意为它服务。
路西法到了这里之后，遇见了自己的第四个徒弟，又协助撒旦再次统一了卡兹戴尔。