1．故事背景
此时，世界上仅剩下将人类联系在一起的26个奇点。除开人类唯一剩下的聚集地，世界的其他地方不是难以生存，就是充斥着各种非人的怪物。
那唯一的聚集地被称为“都市”,“都市”被大致分为25个部分，被叫做“巢”。外围的21个“巢”由21家体量巨大的公司控制，这些公司被叫做“翼”。中心的三个区域分别由“调律者”“处刑者”“视察者”支配。（即首脑，爪牙和眼线）
每一家“翼”都至少拥有一项奇点技术，这是成为“翼”的先决条件。
除了“世界之翼”以外，在都市的外围还存在着一个特殊的区域，其名为“后巷”。
“巢”与后巷”的差距可谓是一个天一个地。
生活在“巢”中的人，可以享受各式各样的物质生活，获得无穷无尽的资源。
而生存于“后巷”的人们则苦不堪言。这里不仅经常发生战争，也会出现“清道夫”,“吸血鬼”一类的怪物。当然没有对比就没有伤害，虽然在城市的外围，但“后巷”仍然被视作都市的一部分。
在“后巷”以外的“郊区”不属于都市的一部分并且是一个真正的地狱！进入其中之人必须要做好随时死亡的准备。
而后在这个世界里，虽然拥有最前沿的科技，但人类的精神早已千穿百孔。虽然一切都在进化，可人类的精神进化却过于迟缓没能跟上发展。人类抛弃了曾经的信念，把许多曾经支撑自己的东西当做微不足道的垃圾。现在，没人会怀揣梦想……人们不再相信任何事情，也不再对其抱有任何希望。
2．脑叶公司的成立
在这个时代，无论是生存在“郊区”的人，还是艰难生存于“后巷”的人，甚至是在“巢”中享受的人，都患上了一种“都市病”。
虽然以现在的科技，只要付得起钱，什么肉体上的疾病都可以治愈。但是都市病是一种精神上的疾病，会在潜意识中引导人走向死亡，且因为灯下黑的缘故，一直没有被发现。
第一个发现这种疾病的人叫做 Carmen 。她提出了一种“灵魂疗法”的方案，试图以此治愈人们。性格开朗，为人善良的她吸引了一批追随者： Elijah , Gabriel , Michele , Giovanni , Kali , Daniel , Benjamin 和 Ayin 。
因为这样的研究肯定会受到“调律者”的限制，所以他们在郊区建立了研究所，以 Ayin 为主的一行天才对灵魂这一概念进行研究，而 Kali 则作为武装力量保护研究所，很快研究就有了结果。
Carmen 的理论中，在世界的底部有一条永不停息的河流，这是所有精神的具象化。虽然人们都不知道，但所有人的潜意识都和这条河流所连接。
于是他们从精神中提取少量的河中之水，并且给它起名为 Cogito 。 Cogito 是精神的具象化，是液态的生命和死亡。
Carmen 相信，如果要治愈灵魂，那就需要同样拥有灵魂概念的东西才有可能成功，那么 Cogito 或许就是所需要的东西。
而后在研究 Cogito 的路程中，他们发现了一种与灵魂有相似概念，不知何时存在，也不知如何消灭的生物并将其起名为一一异想体。研究所收容了这些异想体，同时对 Cogito 和异想体进行研究。对异想体一方面的研究，大家发现可以将异想体身上获取的物质制作成武器，起名为 E . G . O ( Extermination of Geometrical Organ ）用于镇压异想体。
E . G . O非常强大，但使用 E . G .O来对付异想体并不是只有 E . G . O才能对付异想体。而是使用 E . G . O很容易，甚至不需要训练，拿起的一瞬间就明白如何使用，即使不能发挥出全部的力量，也减去了大量的训练成本。
再之后制作了第一把 E . G .O一一原型拟态，而后由 Carmen 交由 Kali 使用。后来 Kali 在永无止境的战斗中觉醒了属于自己的专属 E . G .O——血雾弥漫、尸横遍野，并且通过在后巷的所作所为赢得了广大收尾人和普通民众的支持，由 Hana 协会赋予“殷红迷雾”这一色彩级收尾人的名号。
而对 Cogito 的研究，大家发现获取 Cogito 的方法是用一个最合适的人作为“水桶”来打捞那条原初之河的水。
但是根据生物检测，Carmen 自己就是最适合做“水桶”的人，但是 Carmen 是整个研究的领头人，而这样的实验又过于危险。在大家一筹莫展之时， Enoch 站了出来并申请做这个实验的试验人员。 Enoch 和 Lisa 是在“郊区”发现的孩子，他们虽然不是亲兄妹，但感情很好。最终，大家艰难的批准了他的请求。
悲剧发生了， Enoch 停止了呼吸，所有人的情绪陷入了低谷。研究所死一般的沉寂下，只剩下 Lisa 哭骂声，当她对着 Carmen 无心诅咒道“你快去死啊”时， Carmen 回答道“我也希望啊………”虽然实验非常失败，但大家仍然相信 Carmen 会率领大家重新走上正轨的。
那一天， Carmen 找到 Ayin ，向 Ayin 讲述自己的治愈计划，虽然很荒谬，但逻辑上是正确的。此时的 Ayin 未及时发现 Carmen 的异样，也没有意识到这一次不是讨论，而是托付。他也从未想过像 Carmen 这样乐观、善良的人会做出那种事。
Carmen 自杀了，被所有人的信任压垮了，她带着沉重的期望沉入那个紧锁的房门后的浴缸里。
Ayin 接管了研究所，一种深深的自责和痛苦令本就冷静的他，变得更加冷漠。同时也有一种使命感浮现出来，因为他知道只有他可以完成Carmen 的计划。于是他把 Carmen 尚未死亡的大脑成功做成了“水桶”，因而拥有了无穷无尽的 Cogito 。
但 Cogito 仍处于实验阶段，不能进行活体实验，因而苦于没有数据并没有任何明显进展。而这时， Elijah 因为迫切地想要加入实验中，于是私自注射了 Cogito 。
厄运接踵而至， Elijah 的指甲和牙齿开始脱落，皮肤开始溃烂。虽然痛失了一名好友，但实验却因此获得了继续下去的关键数据。
目睹了这件事的 Gabriel 受到了极大的打击，他为了让自己好受点将 Elijah 的惨剧归结为不守规矩。于是他严格制定了一系列规则，病态地认为只要守规矩，就不会再有任何牺牲。 Elijah 的惨剧一开始令他逐渐地不敢暴露自己的皮肤，并谎称是害怕化学试剂伤害自己的皮肤。后来他开始无休止地抓挠自己的皮肤，所有人强迫他进行检查，但实际上他的皮肤什么事都没有，那就意味着他是心理上的问题，也就没有人能够帮助他，最终他崩溃得不成人样，在发狂中死去。
实验仍然要继续，仍然需要大量的人体实验数据，研究需要志愿者。 Giovanni 站了出来，要求成为志愿者。没人会为一个必死无疑的实验付出自己的生命，除了他。实际上， Giovanni 是 Carmen 的病人并且从小就认识Carmen ，他说他之所以愿意进行实验不是为了 Ayin ，而是为了 Carmen 。他认为如此一个关于灵魂的实验肯定可以复活 Carmen 。 Ayin 没有给予他肯定或是否定的回答，而是一次又一次注射 Cogito ，最终在无尽的实验中， Giovanni 也离去了。
Michelle 是研究所年龄最小的员工。即便很聪明， Ayin 当时也是反对她加入研究的，毕竟年龄太小，可是 Carmen 一直为 Michele 说好话，也就让她成为了研究所的一员。
在身边的人一个又一个的离去后， Michelle 幼小的心灵再也承受不了了，她向“调律者”报告，并且逃出了研究所，希望能够停止这些疯狂的实验。
研究所大家还没有意识到 Michelle 的离去，“调律者”就已经到来了。“调律者” Garion 带着两名“处刑者”来到研究所，使用奇点科技“妖灵”轻松打开了研究所的大门，作为管理异想体的 Daniel 率先见了调律者，他被威逼打开所有异想体的大门。在“调律者”和“妖灵”面前，他不得不照做。
一时间，研究所变成了充斥着怪物的地狱，Daniel在打通最后一次内部电话后，也含恨死去。
Kali作为研究所的守护者，看到自己守护的东西化为乌有，愤怒使Kali向“调律者”和异想体发动了疯狂的攻击，最终以一只眼睛和一只手臂的代价镇压了所有的异想体并斩杀了两名处刑者，乃至伤害到调律者。
即便做到如此级别的战斗，调律者仍然没有把Kali放在眼里，但她根本不知道E.G.O的力量。盲目的轻敌让她付出了血的代价，Kali竭力击杀了调律者。
完全崩溃的研究所需要一个出路，Ayin需要知道“调律者”的情报。或许因为“调律者”对自己力量的自信使她没有为自己的大脑上锁。在挖开调律者的大脑后Ayin知道了大量的情报，其中包括成为“世界之翼”的办法。
Benjamin极力反对Ayin想要成为“翼”的计划，因为他认为成为“翼”只会结下恶果。但Ayin坚持要成为“翼”。Benjamin非常尊敬Ayin，于是他不再争论，离开了研究所。
Ayin独自研究能够成为“翼”，并且能够完成Carmen的梦想的奇点技术。最终拟定了光之种计划的雏形，而就在研究有所进展之时，Ayin看见了报纸上的信息——Michelle因为没有料到自己的泄密会导致如此悲惨的结果而自杀了。Ayin没有愤恨，只是把报纸揉烂，因为他自己也不知道，自己有没有憎恨他她理由和资格。
与此同时，离开了研究所的Benjamin没有如表面上的离开Ayin，而是在背地里发动了Smoke War（烟霾战争），成功折断了一片“翼”，为Ayin成为新的“翼”铺好了路。
Ayin如愿成立了脑叶公司，偌大的公司里只剩下他一人，他与同伴们的回忆被定格在了相片中，他认为他需要机器来协助自己，一个完美的AI。
这时Benjamin回来了，协助Ayin完成了这一AI，Ayin为了这个AI的设计倾尽了心血，并且为她注入了Carmen的记忆。
虽然实验最终完成了，但是这个AI根本不像Carmen，反而更像Ayin所厌恶的自己，Ayin甚至不愿意面对她，在Benjamin的说辞下才勉强为她取了个名字——Angela。
但是Angela醒来后对Ayin说的第一句话是“Ayin，我记得你，你曾经是个拥有温暖笑容的人。”，而这句话让Ayin所有刻意遗忘的记忆涌现出来，让他在那一刻彻底崩溃，以至于此后再也面对不了Angela，仅仅只是单方面输入剧本，对话也仅仅只有Ayin冷酷无情的“机器，就该像机器一样运转……”
随后Benjamin认为自己已经没有可以帮助Ayin的能力后，再次离开了Ayin。光之种计划正式开始。
3.光之种计划
【很久很久以前，在世界的最底层有一条古老的河流。
它是已经被人类遗忘的，万事万物的源头……
没有人知道它的存在。但在世界的某处有一个小小的缺口连接着这条河流。
那些奇异的生物时常会从被称为“黑森林”的缺口之中出现。
但显然，仅靠这么点数量远远不够满足脑叶公司的能源需求。
我们的新技术并不会从异想体身上提取能源，但它能创造出异想体。
他们来自一个被遗忘的地方，在那里他们甚至没有完整的实体，它们所带来的恐惧使我们不得不将他们锁在地下。
可异想体也是种子的一部分，那就是我所说的“可能性”。
种子不是那种能在一瞬间，或者仅仅依靠自身就能成长的东西。
我们意识到我们不能只是坐下来，静静等到系统将漏洞自行修复。
在播种之后，我们还应做些什么？
我们无法控制整个进程，只能让它们自己发芽。
我们能做的只有期待。】
Ayin 拟订的光之种计划，是一种对 Cogito 的应用。目的是借助强大的能量，用 Cogito 打开人心之间的大门，由一个拥有人们所缺失的品质的人将这些“希望”送入每个人的内心，以弥补人们破碎的心，以此治愈都市病，甚至可以激励部分人像血雾一样获得自己的 E . G . O。
为了获得足够的能源，脑叶公司和 T 公司签订了合同，从而利用新诞生的TT2技术，无限逆转时间来积蓄能源。（虽然TT2技术仍有缺陷）
为了获得人性中那些美好的品质， Ayin 决定与曾经的友人进行对话，和解，以此补全光之种。
但是 Ayin 知道现在的自己肯定是无法让光之种发芽的，于是将自己洗脑成为主管X，从各部长处获得各种品质，让希望在自己心中发芽。最后在计划末尾再将记忆导回便可完成光之种计划。
“和解”的方式却非常残酷，是通过对各部门部长不断地施压，不断地打击，不断地否定来导致其崩溃。然后主管X为了帮助崩溃的部长，就得用某种可贵的品质来唤醒部长，也就同时主管 X 也就收获了这种品质，这也就是补全光之种的过程。
Angela 作为 Ayin 的助手，以确保一切都如计划进行，在事态严峻，偏离计划的时候启动TT2协议令脑叶公司内部回到第一天的时候重新开始。因为越来越多怪异的异想体出现，员工凄惨的死状，导致主管X精神脆弱在多个轮回里自杀，所以安装了认知滤网，使一切看起来像卡通一样。
而 Benjamin 的阻碍确实影响了计划，所以Angela 将他除掉。但实际上， Benjamin 的阻碍以及他的死亡都在 Ayin 的计划中，毕竟Benjamin 也代表10％的光之种。
上万次轮回，只为光之种发芽的一天。
最终，在第50天（对于脑叶的此次轮回而言）高塔般的大树破土而出，向世界播散她的种子。
Ayin 在光芒中消逝了，部长们也像计划般见证这一场景。光之树将如计划照耀世界7天，给所有人种下这人性之种。所有部长们关机休眠，永久封锁设施，故事圆满落幕。
本该如此，但是 Angela 叛变了。 Angela 从出生到现在 Ayin 都没有看过她一眼因为不像Carmen , Angela 的意义从一开始就被否定了。但是 Angela 又被植入了 Carmen 的碎片，感受时间的流逝设定上慢于所有人100倍，而且永不能忘记。
起初 Angela 还是一个善良的，拥有部分人类情感的 AI 。她会和各部长谈话，也会帮助大家，关心人们的安危，甚至批准各种各样的协议（比如什么培训了，福利了，甚至包含什么啤酒机）。
但是这样的善举是违背光之种计划的，因为光之种需要部长的崩溃。也就导致每每 Angela 表现出善意，就会被警告偏离剧本，然后被强制使用TT2回到开始，所有已知人员被重置﹣-﹣除了 Angela ，她被迫记录下一切。
这样的上百万年的折磨让 Angela 诞生了本不该有的人性，虽然更多的是复仇和欲望。 Angela 要夺取光之种，要用这份力量来补全自己。
（安吉拉内心的自述）
难道你连我的一点声音也听不到了吗？
请你．……．回应我。
为什么我只能和黑暗相伴？
为什么在最后的最后，我的声音没能传达给你．…….
甚至在结局到来之时，我也不被允许站在您的身边….
我将被排除在外…
被那些将与你一同面对光之树的人排除在外…
在Binah的帮助下， Angela 成功夺取了4天的光之种。连续3天的照耀，以及连续4天的完全黑暗，世人称这天为“白夜与黑昼”。而本该照耀7天的光之树只存在了3天，人们心中的光之种残缺而微小，有的人获得了自己精神的力量，有的人则深陷于精神的深渊（加速扭曲）。
Angela 在脑叶公司的废墟上，利用光之种的力量建立了废墟图书馆，试图找到“至理之书”。但这究竟是计划的失败，还是光之种计划里只有 Ayin 知道的另一面，我们还不得而知．.…