Alex被带回至Gentek内，而Alex也在即将被解剖时突然“诈尸”苏醒，吓的在场的两位Gentek干员急忙逃离了现场并叫来了黑色守望部队。

　　对此毫不知情的Alex离开了Gentek公司内部， 但正当他要逃出去时却目睹了黑色守望枪杀Gentek干员的现场，而他们枪口对准的下一个目标则正是Alex，面对枪林弹雨的扫射并没有让他死亡，反倒是在逃跑的过程中发现了自己身体发生的巨大变化，比如吸收他人获得他们的外貌、记忆与能力了解了自己妹妹Dana的下落后Alex立即找到了自己的妹妹并向她寻求帮助。

　　Dana告诉了他自己曾经的公寓后Alex希望能找这找到自己一些线索，但刚来到自己公寓沉浸在记忆恢复的过程中时却遭受到了黑色守望的爆破突袭，Alex愤怒的杀死了在场的50来名士兵，击穿了两英尺的钢门并同化了爆破的“指导者”。

　　在返回自己妹妹的安全屋内后Dana告诉他Gentek组织内部正关押着一名叫做伊丽莎·格林的少女，Alex认为自己有必要去找到她并独自潜入进了Gentek内部，但当他要将伊丽莎白解救走时却遭到了这一少女的袭击并目睹了格林逃离Gentek的过程，而此时黑光病毒恰好创造了一批名为“猎手”的怪物并开始追杀起Alex，一路逃窜的他最终在一军事基地内部杀死了所有追杀自己的“猎手”

　　很快，自己妹妹找到了前女友凯伦·帕克的下落，在Alex来到自己女友后便驾驶着一辆步战车将女友送到了一所避难屋内，凯伦表面上虽然同意帮助Mercer阻止病毒，但在背地里她早以与黑色守望勾结未一伙并将Alex骗入进病毒母巢内部，在经历一番交战后Cross通过Alex恢复记忆时的空缺时间将一种寄生体注入进了Alex体内，竭尽全力逃离了母巢的他发现寄生体剥夺了他原有的部分能力并在慢慢的吞噬着他。

　　甩开了黑色守望Alex来到了安全屋后，Dana告诉他一位叫布拉德·拉格兰的医生可以帮助他自愈寄生体，虽然刚开始拉格兰并不愿意帮助Alex，但在Alex讲述了自己的能力并告诉它来历后拉格兰最终加入到Alex的队伍当中并让Alex去寻找第一个被病毒感染的“零号病人”的下落，Alex一路“侦查”把指定的装甲车司机全部同化了最终在一所废弃的基地内找到了这位“零号病人”的尸体，拉格兰根据样本制造出了一枚寄生体并要求Alex去寻找指定的“猎手”，在“猎手”被注入寄生体并产生出抗体后再将“猎手”同化便可压制住Alex体内的寄生体，Alex按照拉格兰的话照做了一番。

　　果真是如此，在它同化掉这名猎手后Alex体内的寄生体便因为抗体的关系失去了吞噬Alex的主导性并被Alex压制在了体内恢复了能力后Alex找到了自己的妹妹，它本打算告诉Dana自己所要做的一切，但它不知道自己该怎么开口，也就在此时一种特殊的猎人首领闯入安全屋内并绑架了Dana，Alex顾不了自己的身份，追着这名猎人不放跑遍了整个曼哈顿，但在后来因为军队的骚扰袭击Alex最终没能救回自己的妹妹。

　　回到“医院”内将实情全部告诉拉格兰后他表示自己只希望能找到自己的妹妹，而拉格兰也根据这一“猎手”的特征分析出了它的种类与地位并告诉了Alex在同化了一位首领后兴许可以与某种意识产生链接最终找到那只绑架自己妹妹的“猎手”。

　　Alex也不顾那么多，在同化了一只首领后Alex通过不断吸收携带病毒的陆战队士兵让这中链接达到彻底的同步并成功找到了这只猎手，从这只猎手的记忆中Alex了解到自己的妹妹目前正被囚禁在一特殊的巢穴内部，而要进入到内部就必须借助黑色守望的温压坦克将这一母巢炸开一个出口。

　　在Alex的帮助下黑色守望一步步的将各大有所强化的蜂巢给炸毁，但在即将来到关押Dana的巢穴前温压坦克的驾驶员却遭受到了“九头蛇”的袭击，Alex不管这三七二十一便进入到了坦克内部并利用一发温压炮成功炸出了一个通道，来到母巢内部的Alex再次与伊丽莎白相见并发生了正面冲突冲突，在这场短暂的战斗中似乎是伊丽莎白压制了整个局面，但早有预备的Alex趁其不备将自己体内先前被压制的寄生体注射进了伊丽莎白体内，Alex相信这一寄生体会对格林造成影响，但就在寄生体开始产生作用时格林将其吐了出来，而它体内的黑光病毒也在无意间将这一寄生体进行了番改造并创造出了一位特殊的猎手，劣质的原形体“至尊猎人”。

　　在一番交战中至尊猎人不断的召集人手帮忙，但最终Alex以一敌众的实力击败了至尊猎人在找到自己的妹妹并将其送入到拉格兰的所在地治疗，而拉格兰将一份神秘人所给予的曼哈顿电话亭指定位置的地图递给了Alex并告诉他每个电话亭下面都有一部手机可以与这位神秘人联络，在拉格兰答应会照顾好Dana后Alex便来到了指定的地点与这一神秘人展开了联络，这位神秘人在每一个手机内告诉了Alex他所想要的部分真相并给予了他部分任务，在一次任务内Alex发现黑色守望创造了种针对黑光病毒的“血毒”与超级士兵，而格林则为了躲避血毒逃进了地底内部打算将整个曼哈顿吞噬掉。

　　而Mercer则带领着黑色守望部队将血毒打入进地底内部后在纽约时代广场内将格林逼了出来并展开了决战，格林因为血毒的问题实力遭到大幅度的削弱并在最后败下阵来并被Alex所同化，Alex获得了格林的一切记忆，历史与能力，这时的他才发现格林是将自己作为它的下一任继承人，先前的一切也都是它所布局的戏剧场罢了。

　　而在另一边因为泰戈特命令黑色守望疏散导致曼哈顿的黑色守望所剩无几，被疏散的黑色守望又不能短时间内返回到曼哈顿内，兰德尔见此情景后给予了Cross新的任务，抓捕泰戈特。