一个月的时间匆匆而过，万众瞩目的中忍考试终于在木叶村举行。
对与中忍考试‘大蛇丸袭村’发生的可能性，卡卡西决定顺其自然。
中忍考试第一场，测试的是下忍们的理论知识，以及决断能力。
此次中忍考试，第一场的考官是以森乃伊比喜为首的暗部拷问小队，成功刷掉了三分一的下忍。
第二场的主考官是御手洗红豆，一个神经大条的女子。这场在死亡森林举行的实战考试刷掉了剩余下忍的五分之四。
第三场进行个人赛。
第一轮，佐助、鸣人、小樱全部晋级！
第二轮，佐助对战小樱，小樱晋级。鸣人对战志乃，被志乃打败。
卡卡西小队唯有小樱一个人晋级一个月之后的决赛。
之后的一个月众人进入了如火如荼的修行之中。
自来也从外边归来，带回了晓组织的消息。
醉酒的自来也对着以及成功拜师的鸣人说道：“晓组织已经从一个雇佣兵组织成功洗白成晓天团，成为了一个明星团队，我还见到了眯眼他们，小南成长为一个大姑娘了……”
鸣人跟随自来月修行仙术，半个月成功掌握了仙术，并且能够运用自如。
佐助跟随着体内的孔雀大明王修行仙族之才的力量，成功的凝聚出如来宝相。
小樱则是艰苦修行，将水遁领悟到了更高的层次，如臂挥使。
一个月后，中忍考试的最后阶段。
大蛇丸对木叶发动了恐怖袭击，在众下忍的围攻下慌忙逃窜。
事后袁飞日斩宣布退位，由纲手出任第五代火影。并对自来也下达‘找回纲手’的任务。
鸣人和自来也踏上找回纲手的旅程。
佐助和卡卡西前往火之寺，想要查清楚体内孔雀大明王的来龙去脉，孔雀大明王的来历居然连孔雀大明王自己都不知道。
小樱独自一人进行着更深一层的修炼，利用水系查克拉作为介质，小樱成功的研发出属于自己的仙人模式。
纲手最后回村接受火影一职，自来也则带着鸣人前往晓组织基地，观看晓天团的演出，师兄弟们当场相认。应鸣人的要求，弥彦三人和鸣人一同前往月亮，利用轮回眼的力量，解开了月亮上的封印，并在月亮上和大筒木辉夜大战了一场，最终向大筒木辉夜展现出强大的力量，并答应大筒木辉夜，会帮助其一同抵抗来自天外的敌人。
佐助和卡卡西在火之寺的历代长老手札中找到了孔雀大明王以及灭世之灾的由来，孔雀大明王诞生于火之寺的第一代主持，由其恶念和善念交织而成的一枚卵中诞生，之后被第二代主持封锁在自己体内，并伴随着第二代主持的死亡，随着其灵魂一同转世。每一次死亡，孔雀明王的力量就会增强一分。并且，孔雀大明王会在第十世时突破封印而出，毁灭世界。组织孔雀大明王的唯一办法，是找到第一代主持的转世之身，由其感化孔雀大明王，灭世之祸方解。而佐助正好是第一代主持的转世之身，孔雀大明王第一次见到佐助的时候，就有一个亲切的感觉，但是孔雀大明王出现记忆的时候，第一代主持早已经魂归冥土，故孔雀大明王并不知道自己的来历，只在第二代主持的最终听说过自己的宿命是毁灭世界！
黑绝在大筒木辉夜进入忍界的第一时间就找了上去，在和自己的妈妈互通有无之后，黑绝放弃了月之眼计划，毕竟月之眼计划本来就是为了拯救母亲而存在的。在一旁了解了事情经过的带土无法接受，他想要创造一个琳活着的世界。了解了带土目的的小南，向带土提出可以让琳复活的办法，就是让琳成为小南的式神，条件是不准再打长门的主意。带土很快答应了小南，在带土的见证下，琳复活了过来，带土带着琳和小南赠与的琳可以修行的功法去了一个遥远的地方，过上了快乐幸福的生活。
再不斩和白来到了鬼之国，帮助鬼之国的巫女紫苑击杀了再度突破封印的魍魉，魍魉成为了再不斩鬼气的食粮。之后，再不斩和白隐居在了鬼之国，两个人一人负责赚钱养家，一人负责貌美如花，过上了平淡、快乐的生活。
志乃修炼虫秘术时，意外踏进了虫王空间，和虫女王签订了平等契约。志乃并不知道，和虫女王签订契约，会让自己逐渐的爱上虫女王…
牙和赤丸的兽人忍术修行到了极高的层次，牙和赤丸可以在人、兽两人状态中自由转换，并使用野兽仙术。
雏田的守护八卦在短短时间内就修行到了随心意而运转、自动护体的地步，其白眼隐隐有着更上一层的征兆。
鹿丸在中忍考试中还是和手鞠看对了眼，鹿丸影子实质化，交给了手鞠一块，两个人可以每天可以通过影子门跨越万里见面。
丁次进行巨大化的训练，同时锻炼自己的防御能力，配合自己的巨力，在短短的三年时间，成为了一个兼具输出和坦度的忍者。
井野每天和山中风进行着约会，山中风则是每天痛苦并快乐的陪着井野约会。
天天对武器的修行逐渐走到了手中无剑、心中有剑的地步，仅凭一双肉掌便可斩尽天地万物！
小李整天进行着青春热血的锻炼，其一拳一脚的威力均可破山碎石！
宁次的八卦空掌每一张打出均有一条白色的巨龙在飞舞，被人成为飞龙宁次。
每一个人的故事各不相同，但相同的是他们都拥有了一个美好的结局。三代火影颐养天年，团藏不用再背更多的锅，宇智波鼬不用死亡，大蛇丸和兜过上了被监视的研究员生活，卡卡西最终和那个带颗美人痣的姑娘结了婚，凯没有断腿，斑没有复活，第四次忍界大战不在发生…
忍界大势，趋于和平，在各个国家的共同努力下，忍界呈现一片祥和之色。