异世界的2030年，受到连年自然环境和战争的影响，在几百年前就已经消失的百鬼夜行重现在日本的七海市（原型为东京和京都），被封印的妖怪纷纷解除了封印。重现于人间的妖怪拥有着比先前更强的战斗力，尤其是在关西和关东地区，某些城市已经成了妖怪的天堂乐园，曾经一度热闹繁华的城市地区也沦为了死寂的无人之地。时不时出现的异变都在危害着人类，日本进入了战后最为混沌和黑暗的时期。
为保卫人类免受妖怪的侵袭，原本在战时由退役的自卫队军人建立的世界第一大军事承包商“七五三”兵团被收编为全日本第二大武装力量。“七五三”兵团的士兵除了退役的自卫队队员以外，还有很多擅长使用异能的学生、各神社的巫女等。
这些学生并非普通人，他们和“753”兵团的其他战士一样，属于超越一般法律法规的国家公务员，基本都是来自于七海市国立高校和其他六所异能高校的学生。虽然这些人表面上过着普通的校园生活，但在完成各种任务时，就会使用激发异能，使用手中的武器或能力发挥出超常的力量，为守护人类而战。
随着百鬼夜行的全面爆发，一场人类与人类、以及人类与妖怪的世界大战正式拉开序幕。但是在人类与妖怪的明争暗斗的格局下，曾经的老对手“蓝色联合”东山再起，并企图重新侵略并瓜分这个世界。而在对抗妖怪的战场上作为先锋的WSD，在背地里也在进行着不可告人的秘密计划。
而在其中，也拥有着一些其他的组织，同样也奉行着斩妖除魔的职责，帮助人们抵御妖怪。这年的夏天，来自七所异能高中的学生们聚集在七海市国立高中前任学生会会长，同时也是“753”兵团的一名普通指挥官---赤羽天全的地下基地里，共同为结束百鬼夜行，结束这场战争，为斩妖除魔的战斗出谋划策。但是殊不知，接二连三的危机正在等待着他们……
——————————————————————————————
七海市：位于东京南部，是日本最大的城市。拥有作为日本第八所“旧帝国大学”的七海大学，这里不仅拥有着很多传统日式建筑，也拥有诸如七海电视塔这样的现代化建筑。是一座历史悠久的现代化大都市，也是日本国内最大的妖怪聚集地之一。
七所高校：指的是在全国设立的七所国立异能高校，除了平常高中的教学任务外，还开设有异能课程，只有异能者才可以提交入学申请。被民间视为“日本异能战士与人才的摇篮”。这七所学校分别为：七海市国立高中、位于大阪的南尾高校、京都的羽见高校、和歌山县的近卫国立高校，石川县的白山学院，北海道的七尾高校和东京的国学院大学附属高校。
这七所学校在防卫省和警视厅管理之下，不仅为“七五三”兵团和自卫队培养异能人才，同时也培养精通神道法术、对参与除妖战争的将士进行支援和辅助的人员。
对妖怪部队：由陆上自卫队组建的特殊部队、性质和约战中的AST一样，以武力歼灭和彻底退治妖怪为主所设立的单位。该部队直属于自卫队超自然特种作战司令部，拥有精良的咒术武器和各种高科技装备、精通各种罕见的退魔法术，使一个普通人也可以拥有高阶阴阳师般的实力来与妖怪战斗，是当前自卫队唯一一支可以和妖魔鬼怪而战的武装力量。
“七五三”兵团：直属防务省，最初由战前的自卫队退役军人组建，最初是一支维和、治安和反恐的大型军事雇佣兵团。随着战时的快速发展，短短几年发展规模就达到了50万左右的人数，并协助自卫队多次完成了各项艰难的作战任务。因为战后的特殊环境，他们被日本政府收编，现在是自卫队的后备武装力量。不同于一般的后备武装力量的是，他们除拥有各种退魔武器外，还可以将神道术式和灵力附加在武器或者弹药上，作为主要攻击手段。只有通过募兵考核的人，才能进入753修炼灵力，原则上异能者优先（否则你进去就是个普通士兵）。
753队旗
十二月战争：由“蓝色联合”军队（以下简称蓝军）在异世界的2020年12月7日发动的一场武装内乱，受到当时日本境内环境的影响，进而演变成内战。蓝军的士兵信仰之狂热、手段之残忍和战斗力之凶猛远超过二战时期的日军，尽管他们在当时使用着很多自卫队早已退役的老式武器和自行制造的各种奇形怪状的武器。有人认为他们只是一群军国主义恶魔的狂热追随者，但根据战斗中他们的表现已经证明了不只是这样。这场战争历时四个月，最后，在警视厅机动队、自卫队的全面协同作战下，由这支装备精良的兵团的少数精锐机动队对蓝军主力部队进行最后的进攻。回归的六名兵团机动队队员被视为英雄，亦因此“七五三”正式升格为自卫队后备武装力量、并享有和自卫队一样的待遇，并可以自由采购新式武器。经此一战，蓝军被成功击退。战斗结束后，蓝军一直处于消息不明的状态，只知道他们其中有一部分人占领了北海道。
但是根据他们于2030年，蓝军以东山再起之后的新面貌向全世界全面入侵的情况来看，他们的军事实力和科技水平已经超乎常人的想象，亮出黑科技獠牙也只是时间问题....
蓝色联合旗帜
WSD组织：英文全名：World Society Darknes，译为：世界对黑暗协会，一个由多个国家和地区参与组建，集齐自愿抵抗妖怪的人们作战的公益组织。由于该组织在除妖战争之前就已经存在，所以没有人知道WSD究竟运作了多长时间。建立者名叫维瑟.安布罗修斯，是世界上某个最大的药物公司的董事长。WSD的成员不仅拥有很好的待遇，而且训练有素，冷酷高效，纪律严明，法术高强。曾有谣传称，WSD组织是日本政府控制的特殊部队，但最新情报显示他们背后也存在着难以解释的神秘背景。但是无论如何，WSD掌握着比其他势力更加前沿的异能和科技，他们的多用途作战坦克甚至比驻日美军装备的M1A2SEPv3主战坦克更加出色。