欧洲某地。
原本圣洁而高雅，富有艺术气息的宫殿，此时却正被熊熊烈火燃烧吞噬。
宫殿前的广场上，一个穿着红色制服、手臂上戴着决斗盘的少年，脸上也沾染了少许的灰烬。在他的眼前，有一个带着面具的男人，那个那人的身前还有三只飞舞着的龙族怪兽。
【电子终结龙】、【彩虹龙】……还有一只十代叫不出名字的龙。
但十代认识那只怪兽。自己和达尔克在异界相遇的时候，达尔克正在决斗，而达尔克的两名对手里，就有一个人使用的那只龙。
“这头白色的龙……”
十代震惊之余，也在思考。【电子终结龙】是电子流的强力怪兽，除了凯撒，其他电子流的决斗者应该也拥有这只怪兽。但【彩虹龙】是世界上独一无二的，只属于约翰的怪兽，出现在这个面具男的手里太不正常了！难道约翰遭遇了什么不测？！
最奇怪的还是那只白色的龙，那是不属于这个世界的怪兽！
这个面具男到底什么来头？！
“游城十代。”面具男居高临下冷眼看着，“你就在这里消失吧。音速冲击波！”
那只白色的龙在短暂蓄力后，朝十代吐出一道强力的光束。
NEOS挡在十代身前，但强大的星尘之力依旧把十代击飞了，甚至还打出了十代少见的颜艺。
“轰！”
十代
被这股强大的力量砸进了墙壁里。
眼看第二波攻击就要到来，十代却只能干瞪眼。现在的他全身都痛，想挪动身体都很难！
“呼！”
音速冲击波划过地面，所到之处摧枯拉朽，在地上划出一条深刻的裂痕。
眼看就要打在十代身上了。伴随着一声清脆的胧影，一条红色的巨龙突然出现，拦在了十代身前，将【星尘龙】的攻击全部拦下。
“纳尼？！”
红色巨龙的投影散去，两个骑着D轮的人出现在了决斗场内，是滨二和游星。
游星一眼就看到了自己熟悉的怪兽投影：“【星尘龙】！”
决斗被乱入，面具男也只是稍微惊讶就恢复了正常：“呵，追着我穿越时空了吗？十代，和你的决斗就到此为止吧。反正这个十代也会因为我伟大的实验而毁灭吧！哈哈哈哈……”
面具男坐上自己的D轮，一阵加速，就凭空消失了。
见敌人已经离开，十代才松了一口气。松懈下来的身体立即就发出了疼痛的警告。
“痛痛……”十代龇着牙，捂住自己的伤口，但他也没忘记救下自己的人，“多谢了……啊嘞，”十代发现这两个人似乎有点眼熟，“啊！你们是那个时候和达尔克决斗的家伙！”
游星一听，也觉得眼前这个穿着红色制服的男人似曾相识。
滨二向十代做了简短的说明：“我是龙崎滨二，这是不动游星。他是刚才那只白色的龙的原主人，被那个面具男抢走之后，我们追着他的踪迹，借用精灵的力量从未来穿越时空来到这里。”
“啊……？”
十代过了好一会才逐渐理解滨二说的话。
最近一段时间，附近频频出现决斗怪兽卡消失的事件，十代一路追查下来，就遇到了那个面具男，只是没想到那个面具男这么有来头。
十代才向滨二和游星说明玩自己这边的情况，空气之中就传来了达尔克的声音：
“十代？！”
然后一个噗哒着小翅膀的黑色眼球怪就出现在了空中。
“小黑！”十代一眼就认出了达克的使魔，“还有达尔克？！你也来了？”
来不及叙旧，达尔克就把达克的发现告诉他们：“我这边的情况很糟糕，因为那个面具男改变历史的原因，所有卡片精灵都遭受到了来自因果律的攻击。暗灵使大人对此也毫无办法，你们说的那个面具男，他大概想要将决斗怪兽从历史上抹除，从根源上消灭决斗。”
“什么？！从根源上消灭决斗怪兽？！”
十代立刻掏出了NEOS的卡片。果不其然，卡面上的NEOS已经消失了！变成了一片漆黑。
十代似乎又想起了什么：“等下，达尔克你和暗灵使是连接在一起的，如果达克被抹除了，你也……”
“我也会消失。”
滨二一愣：“你也会消失？！”
“那就没得选了。”十代拍掉身上的灰尘，“我必须要阻止那个面具男。”
“抱歉，我现在的状态，没办法和你们一起战斗。”
十代却毫不在意：“客气什么呀。你有麻烦，我来帮忙不是理所应当的吗。”
“我也要阻止他。”游星说，“我一定要夺回【星尘龙】，不能让那个家伙毁灭我的城市！”
“那么，我们的目标都一样了。”滨二把【奥特玛雅·卓尔金】放上自己的决斗盘，“十代，上来吧，我们要去追那个面具男了。”
“滨二，你知道那家伙去了哪？”
滨二想了想，然后点点头：“嗯，要从根源上消灭决斗怪兽，最有可能的是那个时间那个地点了。”
——————————黑魔术师——————————
童实野市，童实野町，天空一片晴朗。
今天这里热闹非凡，很多游客都在和决斗怪兽的coser拍照留影，这里即将举办一场特别的决斗大会。说它是特别的，因为国际幻想社的现任社长，也有决斗怪兽之父称谓的帕伽索斯将会亲临现场！
武藤游戏自然也在人群之中。
但是，原本如同节日一般欢快的地方，却因为三条龙的出现而变成了地狱。刚开始，人们还在赞叹那三只龙投影技术的逼真，直到它们开始对人群发动攻击。
巨大的破坏力，将周围的建筑拦腰截断，砖块瓦砾从高空中坠落砸向人群。
或许有什么东西在庇护他，武藤游戏从废墟中苏醒时，周围已经完全变了模样。残破的危楼，散落一地的钢筋混凝土，还有被这些压在下面的人群。
除了他自己，周围没有活人了。他的爷爷，还有帕伽索斯，都成了这片废墟之下的亡魂。
“怎么会……”
游戏呆呆的看着周围，强烈的悲伤掩盖了心里的疑惑。
隐约之中，他看见有一个人带着面具的男人在高楼之上，在那放声大笑。
“哈哈哈哈……这样，世界的历史已经改变，我的伟大实验就成功了！哈哈哈哈……”
是那个家伙干的吗？！
游戏还来不及愤怒，他的身边就凭空出现了一条裂缝，里面钻出来一直红色的巨龙，一口将他吞下！
“哇啊啊……”
游戏感觉自己被什么东西拉扯着，然后又被甩了出去。
“咚！”
“痛痛痛……”
游戏撞在了护栏上。
咦？护栏？我这是在什么地方？好像是一栋楼的天台？
耳边传来尖锐的刹车声。游戏揉着脑袋睁开眼，看到了两个带着头盔骑着奇怪的摩托车的男人，其中有一辆摩托车上载着一个穿着红色制服的男人。
很快，游戏就注意到了，楼下传来了熟悉的喧闹声。
“童实野町？”
可是，童实野町明明就在自己眼前被毁灭的啊？现在怎么完好如初？这真是……太好了……
奇怪的摩托车上的几个人，似乎是他们救了我，他们应该没有恶意。
于是游戏问：
“发生了什么？”
十代：“不会有事的，游戏桑。”
滨二解释到：“我们回到了刚才事件发生的三十分钟前。”
“三十分钟前？”
游戏瞧了一眼童实野町的大钟，确认滨二说的没错，确实是三十分钟前。
十代也掏出了自己的卡片，NEOS恢复了原状：“哟西！卡片都无事！”
简短的交流之后，游戏也大致明白了状况。
十代和游星来自未来。那个面具男可能来自更遥远的未来，他想要谋杀帕伽索斯，以此来改变决斗怪兽的历史，改变世界的历史。而面具男的所作所为，已经对未来的世界造成了影响，十代和游星所处的时代正在消失。
“咳咳……”滨二此时却突然剧烈的咳嗽，并半蹲在了地上。
小黑的身体里传出达尔克的声音：“你怎么了？”
“一点副作用，休息一会就好。”滨二显得很疲惫，“不好意思，我必须要使用精灵的力量维持我们在这个世界里，但以我现在的状况，可能无法和你们一起战斗了。”
“你能带我们过来就已经是最大的功劳了。”游星扶着滨二坐到D轮旁边，“剩下的就交给我们吧。”