在璃月修整了一段时日后，船队重返稻妻。
花费了数月，陆非凭借硬实力和威逼利诱，暗中掌握了整个八酝岛上所有的港口，初步统一了八酝岛的海盗势力。
在与其他联合起来的海盗一战后，陆非实际上统领了整个稻妻海域的海盗团。
并在这场战争中，获得了舰队的第三艘战舰。
其他的海盗也开始听从陆非的指挥。
在雇佣了北斗的南十字星舰队后，上百艘舰艇开始运送陷于战火和疾病中的八酝岛群众，在清籁岛的神社重新定居。
庞大的运送行动自然免不了被幕府军发现。
数日后，九条裟罗率领幕府海军倾巢而出，决定覆灭实力膨胀的空想舰队。
借助珊瑚宫的力量，还有幕府方的内应，幕府海军被合围在了清籁岛。
正面战场十分惨烈，即使达成了人数和地利的优势，战争仍然处于胶着状态。
关键时刻，五郎带领一支奇兵突袭了稻妻城，引起了幕府的极大震动，下令九条裟罗返回。
无奈之下，九条裟罗率领幕府海军暂时离开，以作休整。
此役让陆非获得了极大的声望，原八酝岛和神无冢的许多居民继续前往清籁岛。
同时，枫原万叶入队。
兑换所有神之眼的陆非，为了拓展生存空间，组建了一支由众多熟人组成的小队，前往清籁岛解决封印。
斩杀了雷鸟残留的怨念之后，清籁岛的雷暴彻底消失，陆非手下的人口继续增加。
但是雷鸟的怨念也引动了陆非身上奥罗巴斯的邪气，让他夜不能寐，情绪时常失控。
用雷鸟的羽毛作为信物，兑换了传奇战舰图纸，并募集船工建造自己的船厂。
舰队扩张到六艘，并完工了传奇战舰，作为自己的旗舰。
为了解决身上祟神的影响，陆非一个人潜入了鸣神岛，进入鸣神大社，寻找八重神子。
得知解决身上祟神影响的关键在于御影炉心的祟神核心，陆非率领舰队突袭。
不料自己舰队里出了叛徒，行动被幕府军提前得知，设下埋伏。
艰苦战斗一番后，陆非还是接触到了祟神核心。
触碰祟神核心后，发现自己和奥罗巴斯的渊源。
魔神奥罗巴斯被斩杀后，残魂一分为二，邪念居多的一部分化为祟神。
另一部分则穿过无边之海，不知去向。
实则是来到了彼方的世界。
陆非的灵魂，就是这一部分残魂和其他一些东西补完的，但已经不再是魔神奥罗巴斯，而是他自己。
魔神仅剩的力量，化为所谓的系统，凭借众生愿力解锁。
拿到一部分魔神之力，击溃了九条裟罗后，陆非正欲带着舰队离开。
处于稻妻城中的雷电将军，却突然拔刀隔着不知多远的空间斩了一刀。
尽管获得了魔神之力，陆非仍然险些身死，在付出渊虹剑碎的代价之后，险之又险的逃离。
所幸的是，雷电将军此后没有再做理会。
逃得一命的陆非，把众多船员留下的武器和渊虹的碎片重铸，铸成一把新刀。
此后，稻妻的战局就变得更加扑朔迷离。
鉴于陆非的存在，幕府军不敢肆无忌惮的推进，和反抗军僵持在了神无冢。
一年多过去过去，养好伤的陆非，得到了旅行者来到稻妻的消息。
原本陷入诡异宁静的战局再次被搅乱。
借助奥罗巴斯的神力，陆非成功将珊瑚宫的力量收于手中。
但并没有架空珊瑚宫心海，而是更多的作为一个明面上的君主。
在和九条裟罗联手，强势驱逐了试图介入稻妻局势的愚人众势力后，双方进行决战。
陆非凭借珊瑚宫，幽灵船，雷鸟，三艘传奇战舰击溃了幕府海军。
得到海上优势后，陆非又率领部队反攻鸣神岛，攻入稻妻城。
很久没有露面的雷电将军再次出现。
面对这位雷神，陆非提出了决斗，但是决斗的对象却是雷神本身。
陆非逐条讽刺雷神的不作为，还有幼稚，激起了雷电影的怒火。
在一心净土中，陆非竭尽全力，斩去雷神一缕发丝，却也无力再战。
关键时刻，旅行者出现，接住雷神一剑。
旅行者被众多神之眼拥有者的愿望加持，和雷神血战。
被激怒的雷电影没有留手，再次击败旅行者。
失去转机的局面下，被击碎又再次修复的渊虹突然带来了新的力量。
万千庶民的愿望，比神之眼拥有者的愿望更加炽热。
重新站起来的陆非，出刀，收到，再出刀。
连斩九次，一次比一次更快，更强，最终击飞了雷电影手中的梦想一心。
八重神子即使出现，化解了局面。
反思了这一切的雷电影，把稻妻的管理权暂时交予了陆非，让稻妻达成了实质上的统一以及和平。
海祇岛的武装和幕府军重新编制起来，进行了裁员和精简，在各地清剿盗匪。
稻妻各岛恢复了贸易往来，逐渐繁荣起来。
在把三支舰队整合起来之后，陆非实现了系统的目标，把被系统带来这个世界的妹妹的灵魂复活。