（提示：《某最强的克隆计划》主线第6话是直接承接主线第5话之后，与其他支线相互独立。这也是最后一个有分支的主干章节）
《某最强的克隆计划》剧情线章节目录：
主线第1话
主线第2话
主线第3话
主线第4话
主线第5话
主线第6话（当前话）
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第14学区，石园食品工业研究所内。
这里是日谷昌英一直以来秘密进行的[超能力原理解析计划]的12个研究所中的总部。
现在，已经扫除了幻想杀手和第一位这两个障碍的计划幕后总黑手日谷昌英，已经回到了研究所的地下。现在，已经过去了两天了。
[金刚石四号]超级计算机，正在飞速运行着。
而日谷昌英头上戴着的注入原理解析式的装置还在运作，在昏暗的房间之中，进度显示灯正在显示着日谷昌英核心力量的强化进度。
现在是99.3%。
马上，他实现自己野心所需的力量，就能够完全获得了。
尽管先前在76%进度的时候，就冒险去和那两个少年决战，不过现在看来，倒是一点都不冒险。他自己都没有想到，能够这么顺利的获胜。
在房间外面，地下走廊，白发克隆人少年们还在轮班巡逻着。
在这里，唯一隐藏于地下的[金刚石四号]超级计算机的安全，可以说是重如泰山。
通行0005号正在和十几个亲兄弟把金刚石四号所在的房间守得水泄不通，作为总部所属的个体，每一个都是注入了相当多的信息的，当然，出于机密性，他们知道的也只有[金刚石四号极为重要]这一句。
“依据守卫条例，30分钟交接已过，半数个体执行换班。”
7名通行克隆体走到了走廊外围，接着7名换班个体走了进来。
通行0005号小心翼翼的看着，数了数换班的人数，确实刚好一半，也就是说，换班的个体应该不包括自己。
于是，他继续和其它个体一起进行着巡逻，等待着下一次换班。
当然，其实换班次序是早早就定好了的，去处理某具个体尸体的通行0005号，虽然是刚回来，但是，至少记得精确到每一小时的巡逻值班表。
说到底，因为他根本不是通行0005号。
在距离先前木原千剩下令焚毁本应已死的通行2271号尸体的那个地方的附近一间小屋，真正的通行0005号，已经昏过去，到现在，尚未醒来。
冒用0005号身份混进来的通行2271号现在精神极度紧张。
一场行动正在酝酿，通行2271号独自撑起了策划者的重任。这一步无疑是险棋，但是仍然不得不走的险棋。
在学园都市的街道上，江口原叶正在赶往总部。
“好的，我明白了，日谷先生。这就是说，实际上克隆人已经替代第一位把所有的数据都提供了对吧？那就是说，不需要留着这个潜在的威胁了？”
“没错，你现在就着手考虑，杀掉幻想杀手和一方通行之后，抹消所有证据的善后工作，乔休尔不是手下有一些魔法师吗？找他们，伪造成是魔法势力袭击的现场。虽然瞒不了统括理事会其他人，但是能瞒一般人就可以。现在计划即将完成，不怕跟那些家伙撕破脸了。”
同时，一方通行和上条当麻，也在这辆车里。
上条当麻被灌下了安眠药绑住，而一方通行的电极已经被拆下了电池。
将这两个人处死，永绝后患，自然是日谷昌英要亲自过目的，因此，虽然考虑到计划完全完成之前，可能这两个人还会有用，没有立即处死。不过现在，一天过去了，日谷昌英的计划，即将完成，他自然要亲眼看着曾经阻碍过无数人的幻想杀手，死在自己面前。
这也就是，两人正在被押往总部的原因。
只不过，日谷昌英现在并没有想到，因为百密一疏的一个小疏忽，这个为了保险起见要亲眼看到阻碍者死亡的举动，将会给自己带来的麻烦。
还有半个小时，就是自己这批人换班的时间，而江口原叶的车队，大概离这里还有35分钟的路程。
通行2271号捏着自己放在口袋里的东西，心脏跳动速度越来越快。
在学园都市内，参与计划的12个研究所，上百研究员，5000具克隆个体，十几个外来协助的魔法师，木原千剩、江口原叶、乔休尔·马文三大亲信，都处在或者等待、或者忙碌着促成计划最终完成的时刻。
日谷昌英现在正在盯着最终完成的倒计时。
到计划的核心完成的时候，自己将无人可敌。
学园都市未来的命运，就将在那一刻到来的时候决定。
江口原叶的车队，终于靠近了这个总部研究所。
石园食品工业研究所的大门，打开了。
左右两排负责护卫的白发克隆人少年，已经就位。
在研究所院落之中，有一排金属桩。将幻想杀手和一方通行处刑的地点，自然选在这里是最合适的。
“日谷先生，可以开始准备了吗？”
“好，绑在金属桩上，然后，交给那些魔法师来解决。”
克隆人少年们拖着电极被取下电池的一方通行，和昏昏沉沉，押着五花大绑的上条当麻，走向那片金属桩的空地。
计划完成的时间，正在一秒一秒接近。进度指示灯的精确度，有1%到0.1%，再到0.01%，最后的时刻越来越近。
一方通行和上条当麻，已经被绑在了金属桩上。
日谷昌英等这一刻，已经很久了。
但是目前混在自己兄弟之中的通行2271号，也已经不安的等待了很久。
“孩子们，好好把这两个人检查一下，可不能有任何纰漏，绳子一定要绑紧。”
“是！”
白发克隆人少年们，绕着这两个人前后看了三圈，确认万无一失之后，纷纷退回。
只有一个少年，还在原地。
“0005号酱，太慢了吧，虽然要你们仔细检查，也没必要这么···”
“检查完毕！”
这一句话喊出的同时，通行2271号下定了决心，拿着自己手中的备用电池，一下子就装进了一方通行的电极里。
一方通行自己都没反应过来，这个“通行0005号”怎么会有这种东西，他为什么把这个给自己。
可江口原叶发现了不对劲，来不及细想，这个残酷果断的少女立刻向原本隶属英国清教的魔法师们下令：
“现在动手，0005号有问题，一起干掉！”
魔法师们虽然不知道怎么回事，但是还是已经开始准备攻击。
一道火光闪过，研究所的院落被一团火烧遍地面。
可是，唯独三人所在的金属桩附近，火焰没有蔓延过来。
一方通行已经开启了能力，将火焰全部排斥在十米之外。
他的绳子，没有动手，就已经自动断掉。接着，一方通行一把将绑住上条当麻的绳子扯断。
“你···”
江口原叶怎么都没想到，会出现这样的变故。
日谷昌英正在通过监控影像，看着院子里急转直下的剧变，但是依旧相当淡定。
“不错嘛，还真是有够厉害，这样还能反攻。”
指示灯在这一秒，改变了颜色，上面的数字，已经停止了变化。
100%。
日谷昌英想要获得的基于魔法替代个人现实的超宏观超能力，已经全部强化完成了。
“看样子，还非得我亲手送你们去另一个世界才安心对吧？”
一方通行一把将通行2271号拽着拉回自己的身后，并和勉强清醒过来的上条当麻，并排站在前方还没有消散的火光中。
江口原叶准备不管如何，先和这两个家伙拼到底。
可是，她立刻就看到了，用空间移动系能力，出现在前面的日谷昌英。
“是他！”
上条当麻和一方通行同时陷入了极度的紧张，他们都已经领教过，这个家伙的可怕了。不过事到如今，没有任何退缩的理由。
已经不仅仅是为了那5000个，本来就不该出生，被他们当做工具犯下最恶的孩子，还关乎着学园都市的命运。
日谷昌英掌握了学园都市的话，那么无疑，不会再有他们的容身之地，因为，所有的超能力者，都已然失去了价值，不择手段的日谷昌英，不会大发慈悲继续让他们容身的，他根本不要无用之人。
“正好，刚刚我的计划核心恰好完成，要是没个能试试的工具，还真是不太好。”
和上次交战时已经大不相同的日谷昌英，伸出了左手食指。
这个动作，无疑仅仅只是演示一下小火苗电火花那种效果的动作。
但是，不能真的当只是演示，现在的日谷昌英，可是随便演示一个能力，都有把学园都市整个夷为平地的危险。
果然，左手食指正对的上方，一个大到遮蔽天空的黑球，瞬间就蓄积完成。
黑球直接朝着三人压了下来。
“540种超能力的矢量混合体，我想看看你们能够挡零点几秒。”
上条正要伸出右手之际，预感到巨大危机的一方通行，先一步开着反射屏障，腾空去挡那个黑色矢量球。
“可····这是什么····”
黑球的能量四溢，其矢量散乱的程度，超出一方通行的想象。
何况，还不是一两种能量的冲击。
最强的超能力者，第一次明白，自己引以为傲的能力，强到无人可比的计算力，会有这么以卵击石的一天。
接着，一方通行被黑球推远了足足几公里，砸进了地里。
靠着反射屏障勉强避免尸骨无存下场的一方通行，在黑球能量散射停止后，昏厥在了地底深处。
仅仅0.13秒，这是最强LEVEL5拖延黑球砸下的时间。
周边1200米的地面完全塌陷，三公里范围内地面下沉，研究所这边也能感觉到地底的剧烈震动。
“可恶！”
上条面对着压倒性强大的对手，强行止住自己身体的颤抖，握紧右拳。
而已经解决一个对手的日谷昌英，转头就看向了上条。
“好了，开胃点心也吃完了，主菜，我就多分几口吃完好了。”
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剧情分支选择点：面对已经获得空前强大力量的日谷昌英，主角们还能用什么办法来拯救学园都市？
根据选择，剧情将继续推进主线或进入不同支线，支线各自都是独立if线，都有独立的出场人物和走向结局。这是最后一次分支，也就是说每个选项都只会有一种结局，没有本质上的区别了。
【选项】让通行2271号提供关键的情报，帮助哥哥瓦解超能力原理解析计划（继续进入主线第7话）
【选项】上条当麻右手意外切断，爆出隐藏的力量（开启并进入支线——介入线）
【选项】用类似丧尸御坂兽的临时外挂，让一方通行升级（开启并进入支线——进化线）