宝可梦联盟，这是伫立在丰缘地区的联盟，称其为彩幽联盟或彩幽大会，可惜在以前的对战中，小智却只进入了八强；自那以后，小智也不见了踪影。然而，看是和平的联盟，以为只需要等待新的挑战者，却没想到，一场灾难正降临在这个联盟的头上。
此外，刚击退火箭队不久的小智，慢慢的睁开他的眼睛，在他面前出现的，则是他的宝可梦。当然，他第一眼看到的，是他那美丽的仙子精灵，仙子精灵可能是累了，只见她正趴在小智的身上沉睡着，小智为了不打扰她，轻轻的抚摸着她小声念道:“仙子精灵，你已经做的非常好了。”
除了仙子精灵，蒂安希、藤藤蛇、沙奈朵等，也同时陪着小智；也许是因为小智的抚摸，仙子精灵慢慢的睁开了她那粉色的眼睛，看着正被刚醒来没多久的小智抚摸着，她很高兴的叫了起来，可能是因为声音有点大，所有人包括宝可梦们也都醒了过来。
看着醒来的小智，比起小智的宝可梦，最高兴的，还是莎莉娜。
“小智，你终于醒了！”莎莉娜十分激动道。
“是的，让各位担心了，还有我昏迷了多久？火箭队又怎么样了？”小智说道。
“唔，小智啊，你可是昏迷了两天，你昏迷的这两天，我想火箭队们可能快到他们所说的联盟了吧！”希特隆说道。
“是吗？那我们得赶紧去追他们！”刚醒来没多久的小智一听到这个消息，心里能想到的则是赶紧阻止火箭队他们。
“先别急小智，我们肯定能追上的，现在最主要的，就是去见一个人，那个人和我们说了，说你从宝可梦中心醒来后，就去绿萝镇不远处的一个花园。”小光打住莽撞的小智说道。
“见我？会是谁呢？你们知道吗？”听到小光那么说小智疑问道。
“不知道，他对我们说了，只要你一个人去。”
“好吧，虽然不知道是谁，那我还是去见一下比较好。”说完，小智立刻朝大门走去，本想把皮卡丘带去，可是，此刻的皮卡丘早已经被小光的卷卷耳给扑倒了，哪也去不了，没办法，小智也只能带着他的宝可梦去了。
花园里，那位训练家眺望蓝色的天空，静静的站在那里，当小智来到花园，望着那位训练家的背影，瞬间明白这位训练家是谁，虽说之前只和他见过一面，但小智却将这位训练家牢牢的记在自己的心里了。
来到训练家的跟前，小智简简单单的说道：“小赤吗？”
小赤：“…………”
“好吧，果然是小赤，我想问，你是不是不会说话啊！”
小赤:“……………………………”
“我说，你不会说话我哪知道你找我有啥事啊喂，算了，那我就走了哦！”
小赤：“………………站住。”
“我天，你会说话的啊？那么，你找我有啥事？只叫我一个人来，难道是要和我约战吗？”
“………你看天上。”小赤指了指蓝色的天空。
“天上？天上有啥好看的？不就是一朵朵蓝色的云吗？”小智虽然不情愿，但还是看了看那一片蓝色的天空。
然而，他刚看没多久，原本蓝色的天空中突然出现了强烈的光芒，小赤和小智下意识的用手遮住了自己的眼睛，不久，强烈的光芒慢慢散去，原本强烈的光芒立刻变成了一只宝可梦。
“吾名阿尔宙斯，乃世界之神，此次降临在你们面前。”
“阿尔宙斯！”
小赤：“……………”
“那么小智及小赤，此次吾的降临将告诉你们，吾在宇宙中发现，世界正遭受前所未有的大灾难，大灾难的导火索，则是一些邪恶的人类所创造的那只白色的宝可梦，现我将这拯救世界的命运，交于你们两个，希望你们能将世界从黑暗中解救出来！”阿尔宙斯说完，随着再次耀眼的光芒，立刻不见了踪影。
“是吗？世界正在进入黑暗中吗？那么，小赤，虽然我现在的实力还不及你，但我相信我们一定能成为最优秀的劲敌，所以，在拯救世界中，我们一起加油吧！”小智不管小赤愿不愿意，立刻主动的和小赤握了握手后，慢慢的离开了这个地方。
见小智走远后，小赤独自一人看了看小智刚刚和他握的手后，微微的笑了笑：“…………成为最优秀的劲敌吗？”
……
彩幽联盟，原本祥和的地方，立刻被从远处而来的攻击给打破了这份宁静，这攻击，瞬间引来了驻守在自己岗位的四天王及联盟冠军。
“什么？这是怎么回事？彩幽联盟正在被攻击中！”四天王包括联盟冠军同时说道。
“可恶，到底是谁！”联盟冠军米可利大叫道。
“联盟冠军米可利，据说你很强，那么就让我看看，你的实力到底如何？超梦，速度将他解决掉！”
“哼，不要命令我！”
超梦来到米可利面前，米可利却不认识这只宝可梦，更别说他知道自己的实力，只知道有敌来犯，必接受战斗。
超梦来到米可利面前，二话没说就对米可利的宝可梦进行了攻击，在米可利还没反应过来，他的宝可梦就已经倒下了。
“什么，这真是宝可梦吗？何等有这么恐怖的实力！”为了防止自己再被突如其来的攻击给偷袭，米可利立刻警惕起来，并唤出了自己的宝可梦，为了有效压制这强大的超梦，米可利再次唤出另一只宝可梦。
虽说用两只宝可梦来对战，但超梦太过于强大，不一会儿就解决了米可利的两只宝可梦；看着此时的状态，四天王也参与了进来。虽然阵容是强大了一点，但超梦也不傻，还请求坂木一同对战。
仅仅十多分钟，四天王以及冠军瞬间被团灭，只留下坂木和超梦依然站在所有人的面前。
“大家，都没事吧，敌人实在是太强大，难道，这个联盟要守不住了吗？现在还有谁能帮帮我们啊！”看着此时的状况，所有人都陷入了绝望，他们从没想过，这简直就像是世界末日。
……
“………喷火龙，大字爆炎。”
“沙奈朵，精神强念！”
正绝望之时，从远处而来的攻击瞬间拯救了米可利他们，被救后的米可利他们，朝远处望去，此时，他们知道，希望已经到来，因为，在他们面前出现的，正是小赤及小智。
“小智！还有那个传说中的训练家，小赤！太好了，我们的希望来了，我相信，小赤和小智的联合，一定能把世界从黑暗中拯救出来！”所有人，包括四天王和米可利他们，都感到了无比的兴奋。
“看来臭小鬼以及那位训练家已经来了呢，那么，超梦，速度将他们给解决掉！”坂木刚说完，却被超梦给攻击了。
“超梦，你！”
“我说了，不要命令我，经过那么久，我总算想通，我和这些宝可梦一样，我也是一只宝可梦，我的理念并不是为了战斗，侵略世界，而是能找到一个我很尊重的训练家！”超梦说道。
“咳咳咳，超梦，你别忘了，你是我创造出来的，我早就知道，你迟早会背叛我，所以，在创造你时，我们早有准备，看来是时候了，哈哈哈！”
坂木不知道从哪里拿出了一个机器，只见他安了一下后，超梦开始不受控制了。”
“什么？这是……呜哇哇哇！”瞬间，从超梦体内散发出了强大的力量，超梦的眼睛，也由最初的蓝色，变成了通红，之后，从他体内爆发出的力量立刻将所有人弹了出去。
“哈哈哈，现在，我的计划彻底实现了，狂暴的超梦啊，听我命令，用波导弹摧毁联盟吧！”
“呜哇哇哇！”
“不好了，超梦已经陷入了狂暴，大家快阻止他！”米可利大叫道。
“可恶，大家都出来吧！藤藤蛇、仙子精灵、蒂安希……一起去阻止超梦吧！”
“……喷火龙、妙蛙花……你们也去。
“我们这里也来！”人多力量大的缘故，就连莎莉娜他们也开始参与对战中来。
可是，狂暴后的超梦就像是无敌的存在，任由宝可梦们攻击，他都没有受到一点伤害，不仅如此，他还控制了一切的宝可梦，除小赤小智莎莉娜他们外，其他宝可梦，都没逃离超梦的控制，更重要的是，每击败一只宝可梦，天空就会越来越黑，超梦也一样。
“哈哈哈，超梦已经控制住了些宝可梦，那么，我也该启动这个神秘的机器了。”坂木看着场上的情况，慢慢的朝那个神秘的机器走去。
坂木刚离机器不远，小智第一个察觉到了不对劲，紧接着，他收回一部分宝可梦说道：“各位，坂木正朝着一个神秘的机器走去，我想，如果破坏那个机器后，超梦也许就能恢复原来的样子，所以，拜托了各位，这里就交给你们了，我直接去坂木那。
所有人：“好的，拜托你了小智，这里由我们顶着，你快点去！”
“各位…谢谢大家！”小智说完，立刻朝坂木追去。
……
火箭队的基地里，坂木早已料到会有人跟过来，所以基地里已经布满了精英守卫，每个守卫的实力都不斐
“看来坂木早已经布满了陷阱，那么，各位，接下来我们的对战开始变得艰难了哦，那么，大家都出来吧，美洛耶塔、月桂叶、谢米。”
……
“这里是宝可梦TV，如大家所见，现在世界各地都进入了黑暗，宝可梦们也狂暴了起来，这一切的杰作，正是火箭队的头领及超梦的所作所为，我们将进行全程报告！”
“可恶，我们的宝可梦都快耗尽体力了，可超梦以及这些狂暴的宝可梦就像没受伤一样！”莎莉娜说道。
“唔，小赤那里也很吃力啊，即便再强大的训练家，同时对付这么多，也吃不消啊。”希特隆说道。
“不知道小智那里怎么样了，果然，如果不打倒坂木，黑暗永远不会结束。”小光那早已经气喘吁吁，毕竟，对于一个梦想是成为华丽大赛表演家的训练师来说，对战方面真的不算太强。
“什么？在所有训练家正在对战狂暴的宝可梦之时，一位训练家正朝着火箭队的本部进攻！”
“那是，小智！”所有人，包括大木、空木、小田卷博士等，看着电视里的小智一同叫道。
“哼哼，没想到我这次的计划竟然是你这小鬼头来阻止我，那么，你真能阻止我吗？”坂木说完，立刻把他所有的宝可梦给换了出来，对于现在的小智来说，自己的宝可梦真不是坂木所有宝可梦的对手，可小智并没有放弃，而是硬着头皮上，毕竟，他真的很莽。
……
就在小智以为已经解决掉坂木的宝可梦时，坂木却笑了笑后，立刻将部分暴走的宝可梦包括暴走的超梦给唤到了小智的面前，此时的小智以及他的宝可梦们已经算是筋疲力尽了。
“美，美洛耶塔，精，精神强念，月桂叶……”
“小鬼头，看来你已经不行了，不怕告诉你，只要我用这个设备启动顶上的爆炸火箭，所有人，以及宝可梦们，都将化为乌有，到那时，世界上再无宝可梦了，哈哈哈！”
坂木说完，只见小智立刻站起来，一步一步的朝火箭走去。
“哦？你还不死心，我告诉你，你想阻止我已经没有时间了，火箭十分钟后将会发射，我是不会让你去破坏的！超梦以及宝可梦们，集体向小鬼头攻击！”“呜哇哇哇！”
受到坂木的影响，所有宝可梦都朝小智攻击。
“小智！”小赤、莎莉娜他们为了掩护小智，立刻坐着小赤的喷火龙飞到了坂木面前。
“………为了保护世界，那么……，就由我们来掩护那个小智！”
“忘记了这位训练家呢，全体进行反击！”
“………小智，………加油，……由我们来……掩护你。”
虽说所有人都掩护着小智，但他们却忘了，超梦早已经来到火箭顶端，当小智来到火箭顶端时，超梦拦住了他的去路。
看着超梦，小智并没有发动攻击，因为，他的所有宝可梦也基本上都失去战斗能力了。
“超梦，快住手，你快醒醒，我知道，你也不想这样，你是被控制了，我也知道你很难受，要稳住，我来帮你解除控制！”
“呜哇哇哇！”
一步，两步，小智慢慢的接近红眼的超梦，超梦也在挣扎，挣扎的他一直在攻击，小智则是用自己的身体一只接受着超梦的攻击，即便他很痛苦。
“超……梦，放……放心，我说帮你，就一定帮你！”“呜哇！”
“可恶，超梦，给我狠狠的攻击！”
“差一点，就差一点。”终于，顶着超梦攻击的小智来到了超梦面前，只见他用所有力量，将超梦扑倒在火箭的顶上，用最快的速度，立刻破坏了控制超梦的东西，超梦也从痛苦中得到了解放。
“你叫小智对吧，你为什么要帮我？我是由别人创造出来的宝可梦，并不是真的宝可梦，可你为什么还要帮我！”
小智用最纯真的笑容说道：“不，你不是创造出来的，对我来说，不论是什么宝可梦，他们都是一样的！”
……
坂木看到超梦不受控制后，立刻叫道：“可恶，所有宝可梦，听我命令直接攻击火箭！”
霎时，所有宝可梦，立刻朝火箭攻击而去，在火箭顶上的小智和超梦自然也受到了影响。
“可恶，这个火箭受到攻击后，就快要爆炸了，超梦，拜托你能帮帮我吗？”小智说道。
超梦笑了笑，这是他第一次出现的笑容。
“小智，看来我们已经无路可走了，那么让我们最后再帮所有人，所有宝可梦一次吧。”超梦说道。
小智用手整理了一下自己的帽子后，同样笑道：“好的，那我们开始吧！”
一瞬间，超梦用波导弹，小智用最后的力量，一同朝火箭攻击而去，随后，受到强烈的攻击火箭立刻在顶上发生了剧烈的爆炸，黑烟散去，原本完美的楼顶立刻变成了废墟，不一会儿，废墟中缓缓升起两束明亮的光直通云霄，受光芒的影响，本来黑色的天空再次迎来了光明，被控制的宝可梦们也恢复了正常。
“小智！小智！”没有回应。不论是谁在呼唤小智，都没有回应，因为，小智他和超梦，已经化成光恢复了所有世界，废墟上，只留下小智那红色的帽子。
所有人，都在为小智的牺牲而哭泣，所有宝可梦，也为小智的牺牲而感到惋惜，只留下莎莉娜、莎莉娜的所有宝可梦以及小智的所有宝可梦，默默的守在废墟边。
……