碇源渡驾驶着五号机，相田剑介驾驶着八号机，雷电芽衣驾驶着天父号，以及一群EVA量产机来到了东方的岛国日本。
第三东京市，决战一触即发。
……
战争并没有想象中焦灼，很快就结束了。
零号机化身六翼天使，手持朗基努斯之枪，一个人就将敌军团灭。
雷电芽衣被送进了实验室，关了起来。
而碇源渡被关进了监狱了，等待发落。
战争结束后，林天带着两位亲亲女友，看望碇源渡。
林天左拥右抱，左边是绫波丽，右边是碇唯，一起来看望遍体鳞伤，被关押在监狱里的碇源渡。
“丽、唯……你们终于愿意来见我了！林天，你快拿开你的脏手。”
林天左边波了一下丽的脸儿，右边波了一下唯的脸儿。碇唯和绫波丽一脸的幸福，依偎在林天的身旁。
绫波丽：“碇司令，林天都已经放过了你，你为什么还要来送死！”
碇唯：“源渡，落得这个下场，真是罪有应得！”
林天哈哈一笑：“碇源渡，你就安心在监狱里待一辈子把。不过你放心，不管是丽，还是唯，我都会照顾的她们妥妥贴贴。”
碇源渡愤怒的嘶吼道：“唯，我所做的一切，完全都是为了你，你怎么可以，怎么可以……”
“为了我，计划引发第三次冲击，拉上全人类去死，我可不敢承你的情。”碇唯摸了摸她微微隆起的小肚子，“源渡，看到了没，我肚子里的小宝宝，是林天的。我现在很幸福呢！如果你真的为了我着想，那你就乖乖一个人去死吧。”
丽抬头看向林天，说道：“林天，我也要给你生小宝宝！”
林天淡淡的一笑：“碇源渡，今天我特意带你前妻，还有丽，来看你一眼，这是最后的告别。放心，我不会杀你，总觉得轻轻松松让你死去，太便宜你了。今后，你就一个人在监狱里待一辈子，忏悔一下自己的反人类罪行。”
碇源渡双手抓着监狱铁杆，疯狂的嘶吼道：“林天，我要杀了你，我要杀了你……”
……
SEELE已经没有能力再与NERV总部对抗，那群狡猾的老东西。交出了死海文书用来买命，并把加持良治引渡回日本。
就在相田剑介被处以公开绞刑后的第二天，明日香找到了林天。
“林天，能不能看在我的份上，绕过加持先生。”
“明日香，看来，你对加持先生，还有感情。”
“毕竟，是加持先生陪伴我长大，我一直很尊崇他，所以，求求你，放过加持先生。”
“那更不行了，明日香，你知道我为什么特意要对付加持先生呢？”
林天用戏谑的眼神，看向明日香。此刻的明日香，为了给加持求情，连平时傲娇的态度都没有了，温顺的连林天都有一点不认识他。
明日香瞪着圆溜溜的晶蓝美眸，气鼓鼓的问道：“为什么？”
“就是因为你啊，因为明日香对加持先生依旧保留感情，所以我饶不了他。不然的话，我才没这个闲工夫搭理他。”
明日香生气了，懒得再装了，一拳朝着林天面庞打来：“你这无赖！”
林天抬手，一把抓住明日香的小粉拳：“想要我饶了加持良治，除非明日香你主动成为我的女人！”
明日香“啊”了一声，脸红似滴血，果然这家伙，一直在打他的注意。明日香红着脸，一脸傲娇道：“你休想，你这个大渣男，我才不要！”
林天说道：“好吧，明日香你不愿意我也不强求，改日我把加持先生的骨灰送你，这样加持先生就能陪你一辈子了。”
明日香就像被掐住了死穴一样，说不出话来，犹豫了良久，才缓缓的说道：“我明白了，我会听你的话的，成为你的女人。”