2000年“紫雨事件”发生两周后，开始在坠落点周边传播的疫情。在疫情扩散初期，还没有哪个国家注意到陨石流感的存在。一支支国际调查队在坠落点来来回回，以此将疫情扩散到了全球各地。2000年12月30日，第一例死亡病例出现。2001年1月5日，坠落地周边城镇开始流传“致死率为100%的瘟疫正在周边扩散”的传言。2001年1月7日，世界卫生组织介入调查。2001年1月10日，死亡病例开始大量出现。因为疫情原爆点位于陨石落点周边，而且初期症状与流感相近，故人们将瘟疫称之为“陨石流感”——这也很快成为了官方使用的名称。在接下来的几年间，陨石流感在全球迅速扩散。即使在城市，因疫情而空城的情况都时有发生。更别提无数因疫情而绝户的村落。在疫情肆虐最严重的时期，本来人口稠密的北诺弗兰的伊卡诺依州甚至出现了无人区的情况。等到2004年3月，全球有统计的病亡人数已经破亿，感染死亡率为82%。因疫情引发的经济危机无情的洗刷着人类文明的印记，一些小国政府甚至因疫情肆虐而崩溃，整个世界陷入一片恐慌与混乱之中。四大国相继发布全国戒严令，将患者与未感染者分隔开的工作也得以用前所未有的高速推进。整个人类社会的力量几乎都被动员来对抗瘟疫，在此期间，世界卫生组织的地位也得到了前所未有的提升。2004年10月，第一支疫苗株终于被培养出来。在随后的几个月间，未感染人员均被强制接种了由世卫医药联合体生产的疫苗，疫苗保护率达到了86%。经过几轮集体种植，未感者的群体免疫快速形成。与此同时，陨石流感患者数量也在因疾病的高死亡率而迅速减少。缺少传播途径的“林田氏菌”最终在2005年底被确认于隔离区中消亡殆尽，但出于安全考量，疫区的生产恢复工作直到2009年才在世卫专家委员会的建议下开始进行。