如果要问木叶能在忍界站稳第一大忍村的位置是靠什么，那在最初建村的十年里，这个答案只能是一代目火影柱间。之后，这个答案可能是二代目火影扉间，而现在这个答案就是靠木叶所有人。
云隐村的突然袭击可以说是在木叶的预料之中。自从二代火影千手扉间牺牲之后，四大国对占据了富饶之地的火之国一直是虎视眈眈，可以说战争难以避免。木叶，早晚要和其他四大忍村一决高下。因此，木叶在对砂隐的战略上从一开始就是以拖为主。只要重创砂隐傀儡部队，那主修风遁的砂隐忍者就难以凭借忍术优势组织进攻。砂隐在物资和医疗两方面都十分短缺，一旦进入持久战，木叶就能以彼之长攻其之短，能将更多的忍者投入到对其他战场之上。
云隐村的奔袭很快就遭到了木叶忍者的拦截，并且木叶的火影，九尾人柱力以及木叶的豪族宇智波一族依然没有出动。
负责带队前往田之国战场的正是木叶手中暗藏的一张王牌——自扉间之后，唯一一个能完美使用飞雷神之术的新生代忍者——他就是三忍之一，自来也的弟子，波风水门。在木叶的情报里，云隐村只有三代雷影值得注意。但三代雷影的无敌防御雷遁铠甲和无敌攻击一本贯手正好做波风水门成名的踏板！木叶必将在对云隐的战场上也势如破竹。
但是令木叶没有想到的是，经过了金角银角政变，本应实力大损的云隐村，在对新生代的培养上完全不落下风。新一代的AB组合以及二代人柱力令木叶在田之国上也陷入了苦战。为了避免云隐村继续增加兵力，木叶只能将大蛇丸调往了田之国战场。
木叶村剩下的力量，还要应付可能出手的岩隐村和雾隐村。岩隐村在第三代土影的带领下，上下一心。而且岩隐村和云隐村之间纷争不断，而岩隐村却能不落下风。这说明岩隐村至少拥有和云隐村一样的军事力量，这让第三代火影感到非常棘手。宇智波一族的实力毋庸置疑，但是要对付擅长土遁的岩隐忍者还是略显吃力。相比之下，能够看穿敌人攻击意图的写轮眼在面对雾忍的“忍刀七人众”以及暗杀部队应该更具优势。而九尾人柱力目前根本无法使用九尾的力量，还不具备上战场的能力。难道在雾隐村形势不明的情况下我就要迎击岩隐村了吗？
三代目火影正为了岩隐村焦头烂额之际，他多年的好友，志村团藏给他带来了一个足以扭转战局的好消息。他创建的“根”部打探到岩隐村和三代雷影一直都没有出手的真正原因，那就是两村之间存在着难以化解的矛盾。云隐村每一代的AB组合其中A一般都是云隐村的影，而B则是八尾人柱力。云隐村之所以组成了新生代的AB组合正是因为对应和三代雷影组成AB组合的上一代八尾人柱力死在了岩隐村的手里，而大野木的儿子也死在三代雷影手下。
云隐村和岩隐村本就有血海深仇，再加上两位当权者的私怨。志村团藏毛遂自荐，仅需要三代赋予他与岩隐村交涉的权力，凭借政治手段，他就能一举化解岩隐村的危机。
木叶47年，岩隐村终于按捺不住，派出探查部队进入了到了火之国境内，在探查到木叶的边防空虚之后，押送物资的部队也随之启动。但这一切，都在“根”的监视之下。
团藏向三代提出了自己的作战计划。一是需要快速消灭岩隐村的探查部队给予震慑，二是切断岩忍进攻木叶的重要枢纽神无毗桥拖延岩忍进攻的时间，三是截获岩忍的物资以此作为谈判条件，最后，也是最重要的一条，将“根”获取的三代雷影的行踪透漏给岩忍，撩拨其复仇之心。如此四种手段齐下，岩隐村一旦倒戈，木叶就能在这次的战争中大获全胜。
看着眼中很久不再闪烁光芒的团藏这意气风发的样子，三代好像看到了那个年轻时候的他。身为志村团藏从小到大的朋友，或者说是兄弟，他明白团藏如此兴奋的原因是什么。但是，团藏毕竟和他是同一个年纪的人，身为三代目火影，他需要为木叶选出一个既有实力，又有名望，而且有着远大前程的四代目火影。他最看重的大蛇丸可以，但是他目前的行为却有些奇怪，这让他一时难以决断。他的另一位弟子自来也也不错，可他现在全部精力都在什么大蛤蟆仙人的“预言之子”身上。如果是老师的孙女纲手的话，那真是再好不过了，可惜身为医疗忍者竟然患上了那种病症。
“那就让波风水门来完成神无毗桥的战役吧，以他的飞雷神之术，很快就可以赶赴战场。”
三代火影思索再三，终于放下了嘴里的烟斗，正视着团藏，以不容置疑的语气下达了这个将会深深刺痛这位老朋友内心的命令。
“那……”
三代强硬地打断了他：“不用了，未来的第四代火影需要有他自己的班底，随队的忍者就让他的学生去吧。旗木卡卡西是白牙的儿子，少年成名，未来一定会是木叶的中流砥柱；宇智波带土，有这个孩子在，宇智波一族和村子的关系也会越来越好；野原琳这个小女孩在医疗忍术上也有些天赋，如果能跟上脚步的话，也能成为一名不错的医疗忍者。火之意志，生生不息。你我已经老了，是时候把兴盛木叶的重担交给下一代了。我们需要做的就是成为下一代的“根”，你明白了吗？”
神无毗桥之战，传说中仅凭四代目火影波风水门一人之力就扭转了战局的一战，在两个的绝望之下完美落幕了。
一个是彻底无望火影之位的志村团藏。
一个是失去了自己挚友的旗木卡卡西。
战争会让人死亡，但更可怕的是会让人麻木。麻木到无论是粉碎了梦想，还是失去了挚友。他们都必须让自己冷静下来，出色地完成他们的任务。
见惯了死亡的波风水门，顾不上为自己的弟子悲伤，就返回了田之国的战场。他出色的完成了三代交给他的任务，成为了战场上瞩目的新星“黄色闪光”，成为了木叶的大英雄。
在暗部执行过任务的卡卡西和坚强的琳，也快速抚平了自己的伤口，投入到了战场之中。
而团藏，好像也认定了自己一辈子都只能是“根”的命运，以归还岩隐村物资，不要求赔偿和帮助围杀三代雷影的条件换取了岩隐村的倒戈。
砂隐村在长达一年的战争中，因为缺乏医疗忍者和物资，伤亡和损失越来越大，终于决定向木叶投降，派出了使者签定“结盟”条约。
木叶在第三次忍界大战中终于化被动为主动。但是，没有乘火打劫的雾隐村
竟然在木叶形式转好之际向木叶发起突袭。一面是以三代目水影带领的主力部队，从海上直接进攻；一面是雾隐村的精锐忍刀七人众，从侧面突袭。
宇智波一族擅长的火遁忍术虽然在面对水遁时占据不到优势，但木叶毕竟以防守为主，没必要在海面上同雾忍纠缠。而雾忍擅长的暗杀之术在拥有写轮眼并且擅长使用忍具和体术的宇智波一族面前简直就是班门弄斧。
三代水影对正面战场的不敌也早有预料，所以对于五人来说，拥有强大力量的忍刀七人众才是决胜的关键。然而，雾隐村可能永远不会料到，仅凭一个穿着绿皮衣的“珍兽”和一些负责边防的“杂鱼”中忍就让忍刀七人众六人埋骨他乡，仅有西瓜山河豚鬼，凭借大刀鲛肌的能力逃了回来。
木叶48年初，随着签订了“城下之盟”的砂隐村再次倒戈和雾隐村宣布停战。长达两年半乃至三年的第三次世界大战以木叶以一敌四获得了胜利，木叶村第一次在失去了千手一族拥有顶尖实力的忍者的带领下，凭借木叶村各族和平民忍者的力量，获得了忍界大战的胜利。
战争刚一结束，三代目火影就以在与岩隐村的战争中，大获全胜但却没有争取到岩隐村赔偿的理由退位。同时，波风水门被举荐为第四代火影，三代火影将会在接下来的时间里，协助水门管理村内事务，平稳完成权力的交接。
火之意志下的木叶，一片欣欣向荣……