这个故事发生在遥远的未来，即使是造就那个时代的那些历史事件，也距今十分遥远。
17号港区位于大陆北部，下辖300多位战舰少女，拥有自己的演戏场地，是名副其实的大型港区。港区是一种在新时代才出现的区域，不同于单独的海港，只负责船只的停泊，维修与建造。港区可以说是一个战斗城市要塞，从住宅区到商业街到造船厂到军港应有尽有。这样特殊区域的出现是与时代背景密不可分的。
百余年前，全球变暖速度不知为何急剧增加，两极冰盖全部融化。暴涨的海水淹没了绝大部分城市，形成了大量的水淹都市。地球仅有少数陆地仍高于海面，被称为新盘古大陆。由于土地紧缺，无数人不得不暂住在这样的水淹都市中，这样的局面虽然艰难，却也平和。但接下来发生的一件事彻底打破了这一局面，无数怪物从深海中冒出，不断地袭击城市。关于怪物的由来，后世众说纷纭：主流的学说认为其是南极冰层中封冻的怪物，或者干脆认为其是外星生物。这样的观点虽然说得过去，却没有任何实质性的证据，对此的研究几乎沦为了都市传说。怪物有许多种样式，其中最多的，也是最基础的，是一种有着舰船外壳，内部却是人类躯体的生物（后来被称为深海驱逐舰）。论战斗力，这些怪物并不算十分强大，但却极其灵活。深海的怪物们依托房屋，与水淹都市内的剩余居民展开战斗。怪物们身上有着奇特的装备（后来被称为舰装），能保护它们不被小型热兵器击杀。这让各国政府下发的小型武器失去了作用。在第一轮深海袭击后，政府曾尝试过在高于水面的房屋中部署榴弹炮等武器以进行有效的杀伤。但碍于城市建筑群的干扰，大型武器很难发挥作用，反而被灵活的怪物们不断偷袭，损失惨重。那些怪物们的优势在城市这样的环境中发挥得淋漓尽致。中等的防御力让其保证机动性的同时不会被有同样机动能力的人所击杀，与人类相仿的体型让它们能出现在城市中任何角落，让重型武器难以捕捉其踪迹。城市中的房屋为怪物们提供了环境上的庇护，而依托庞大的数量，怪物们与人类展开了持久的巷战，并不断消磨着剩余的人类。现役的主力舰艇都处于原来的海岸线上，水淹城市群隔绝了它们与新盘古大陆上的人类的联系，最终在来自大洋的怪物的不断进攻下全体沉没。而空军部队则也难以对城市造成有效地打击。直到90年以前，深海的怪物已经完全占据了水淹都市群，将人类围困于新盘古大陆。
来自世界各地的难民聚集于新盘古大陆，来自不同国家，使用不同语言，信仰不同宗教的人挤在这样一片小小的土地上。生活方式的差异在社会的各处显现，人们难以短时间内相互理解，却又被外部怪物的压力逼得喘不过气。
差异暗示了暴乱的来临。
在外部的水淹都市不断陷落的那时，每天都有逃来的难民讲述着那些城市的覆灭，新鲜的恐惧冲击着已经脆弱不堪的社会，带来敏感与疯狂。社会生产效率不断降低。人们时刻害怕这怪物，恐惧充斥在每个人的内心。
恐惧成为了暴乱的温床。
深海的冲击严重的损害了人类的行政系统，各国政府的残党割地为政。混乱的行政促使官僚的产生，高高在上的领导们不会再去关注普通人的生活。四散的谣言填充着平民的生活，低下的行政管理逐渐瓦解了社会的构架。
放任成为了暴乱的催化剂。
70年前，大陆北部城邦布利阿诺伊率先爆发暴动，短短数月之内，新盘古大陆各地均爆发暴动，原有社会体系被整个颠覆。在恐惧感下，人人自危，暴动演变为了席卷大陆的一场浩劫。城邦间的联系完全断绝，而内部的居民分成若干派系。恐惧让人们变得无比保守，每个派系的成员坚决的相信着自己派系的要领，并坚决的反对其他派系。在这样狂热的信念下，派系间的矛盾以暴力的方式展现了出来。战斗发生在城邦的每个角落，避难所变为了地狱，死神的爪牙化为枪炮与子弹，肆意收割着生命。
这就是史称“大动荡”的事件。
“大动荡”持续了30年，战争冲淡了人们对死亡的恐惧，狂热的内心开始冷静。在不断的战争中，一些派系累积了绝对的力量，逐渐统一了城邦。城邦逐渐出现了新的领导组织，城邦间的交流也逐渐恢复。幸存者们充分吸取之前的教训，由各地的领导组织组成了新的中央政府，社会秩序开始逐步恢复。新的中央政府将扫清深海作为主要目标，全力寻找反攻的方法。社会逐渐稳定后，中央政府组建了军事学院与科学院。军事学院主要负责研究对深海的战法，培养将领人才，而科学院则为反攻城市提供技术支持。汇总当年留下的文献，科学家惊讶的发现：深海怪物的制造方式完全是颠覆之前一切假设的。那根本不是什么“建造”，而是一种无法理解的过程，硬要说的话可能“召唤”才是更加贴切的词。它们在水中用钢架和铝材搭建出奇特的结构，那是一种不好形容的样式，但可以确定的是，那个外形和怪物们是完全不同的。它们在其中填入弹药，浇上燃油后点燃，燃烧的骨架中出现了怪物的形貌。火焰的熄灭迎来了怪物的诞生。这是完全无法理解的过程，完全称得上是“怪物的科学”，但这怪物的科学，给剩余的人类指出了一条反击之路……