地球被巨大的黑暗所吞噬，闻所未闻的最黑暗最邪恶的组织逐渐抬头，其名字是邪魔团，这是由被precure消灭的邪恶组织的残余力量组成的。
在铃之丘周边，以私立铃之丘学园为中心半径500千米范围的地区里都发生了爆炸事件，这起案件已经持续了半个月。各路警察侦探都不能破案，就算是Criminal Precure、Detective Precure、Police precure也不能破。现在这案件终于蔓延到丘田镇和横滨了。
一天晚上，一个黑色服饰带着面具的少女要按下爆炸开关时，一个声音传来：“没用的，炸弹已经被我们拆除了！”随后出现了四个人：“浴火的红莲，Cure Lotus！”
“包容的河川，Cure Stream！”
“闪耀的光辉，Cure Light！”
“轻柔的微风，Cure Breeze！”
“藏于黑暗之中，掷出正义的飞刃！不为人知的忍者，Shinobi Precure！参上！”
“你到底是什么人！？你这么做有何目的！？”Lotus问道。但是少女没有回答，而是直接冲了上来。
“看来不将你打倒是没办法让你开口的了！”Lotus说着四人就发动了攻击。
“火遁·天火弹！”“水遁·螺旋波！”“雷遁·千鸟！”“风遁·飓风刹！”
而少女躲开后就用弹指弹出许多爆弹：“邪忍法！弹指爆弹！”四人被击倒了。Stream大惊道：“什么！？居然是邪忍法！？”
“可是邪忍军团不是早就被前辈……”Breeze的话还没说完。突然：“水遁?铁炮弹！”“土遁?土流枪！”“超忍法！雷电弧刃！”“火遁?豪火球之术！”少女在避开之后。出现了四个人：“喷涌而出的智慧之泉，Cure lymph！”
“翱翔在翠绿的草原上，Cure Grass！ ”
“惊天动地的霹雳闪电，Cure Thunder！”
“猛烈燃烧的正义之魂，Cure Heat！”
“前辈！”Lotus说着就和三人跑过去。
“你到底是谁！？和邪忍军团是什么关系！？”Heat问道。但是少女没有回答而是其周围刮起了飓风：“必杀奥义！”而后飓风变成了一颗风球，此时少女跳了起来：“precureHurricane Smash（飓风扣杀）！”将风球对众人打了过去，众人在躲开后。Thunder惊讶道：“这招是……”
“不会错的，是Sakura的初始必杀技！”Grass接着说。此时少女脱下面具露出了真面目。lymph看着说道：“果然是你，千纯！”
“为什么你会……”Heat的话没说完，千纯就已经知道她要说什么了：“那是因为那场战斗其实是错误的，真正的敌人应该是疾风流。所以我要摧毁疾风流，好统治忍界乃至全部异次元世界！”说完就利用烟雾弹逃走了。
就在千纯离开到很远以后，突然被两位少女挡住去路。
“坚固的友情印记，cure Grape！”
“在阳光下绽放的一朵圆满之花，cure peony！”
“原来是你们两个！”千纯说道。
“你不是真正的大河千纯！”Grape说道。
“快说，你到底是谁！？”peony问道。
“哼，没想到被你们识破了！”随着声音一位女子走了出来。
“果然是你，红牙！”Grape指着说道。
“这次邪魔团的目的到底什么！？”peony问道。
“告诉你们也无妨，这次的目的就是将Cure Sakura从世界上抹除掉！”红牙说道。
“你们不会得逞的！”Grape说道。
“哼，能阻止我们就试试看吧！”红牙说着就与假的千纯消失了。
“可恶！跳走了吗！？”peony说道。
“不过真正的Cure Sakura在我们手上，并与今夜处以死刑！”红牙的声音有再次想了起来。
“什么！？”两人大惊道。
“我们必须快点去救她才行啊！”Grape说道。
“可是她被关在哪里我不得而知！”peony说道。
“不用担心，我会带你们找到红牙的基地，但是你们要把这个卷轴交到我徒弟的手中。”随着声音一只鹦鹉出现了。而这只鹦鹉正式千纯的师傅佐助。
另一方面，美纱四人向怜四人说着半个月前所发生的事情，蝶雅说：“半个月之前，突然出现神秘的忍者红牙，她自称是邪忍军团首领卡轮特的关门弟子，此次回来就是要向我们复仇的，而其实力不容小觑！”
“那么千纯又是怎么回事！？”萤问道。
“这个我们也不知道是怎么回事，自从红牙出现在我们面前时，千纯就已经失踪了！”蝶希说道。
“我们一直在怀疑，千纯的失踪和红牙有关系，所以我们一直在追着红牙！”嘉翎说道。
“虽然与红牙多次交手，但是千纯始终没有出现！”美纱说道。
“可是没想到的是，千纯居然加入邪忍军团！”彩乃说道。
“总之我先要把这件事调查清楚！”小光说道。
“那么我们出发吧！”怜说道。
没多久，众人站一处悬崖上看着前面崖下的森林，森林中央有一片废墟，美纱说道：“那里就是以前我们和卡轮特决战的地方。”
“我们就从这里开始找吧！”蝶雅说道。
“嗯，上吧！”怜说道。
“precure Henshin！哈！”
“喷涌而出的智慧之泉，Curelymph！”
“翱翔在翠绿的草原上，CureGrass！ ”
“惊天动地的霹雳闪电，CureThunder！”
“猛烈燃烧的正义之魂，CureHeat！”
“Precure Shinobi Force！”
“浴火的红莲，Cure Lotus！”
“包容的河川，Cure Stream！”
“闪耀的光辉，Cure Light！”
“轻柔的微风，Cure Breeze！”
“藏于黑暗之中，掷出正义的飞刃！不为人知的忍者，Shinobi Precure！参上！”
“终于还是被发现了么。”卡轮特说着就对属下说到：“你们去迎接客人吧。”随后上千条的蛊虫的下忍出现在众人的面前，Lotus说道：“别挡道！火遁·太阳火海！”
“超忍法·水鞭弧！”
“雷遁·千鸟！”
“风遁·风切！”
“超忍法！音速波动！”
“超忍法！狮子战吼！”
“超忍法！轰天雷！”
“超忍法！炎之刀！”
虽然一下就将杂兵解决掉了，但是此时千纯，不，应该是假Sakura出现面前，lymph说道：“Sakura！”此时假sakura说着就：“precure Super Change！”“Super Cure sakura！在此参上”
“住手！Sakura！是我们啊，你真的不记得了吗！？”Grass看着说道。而假sakura的手中早已经出现了一把扇子：“风遁?大镰鼬！”挥动扇子扇子产生极大量且威力极大风压攻击发动攻击，将众人打倒在地上。
“还没完呢！超忍法！大气重压！”发出巨大沉重压力的气息使众人动弹不了。
此时在废墟的深处，被绑在架子上的千纯大喊道：“快给我住手！”
“这怎么能住手的了呢，我就是要让你看着你们伙伴、前辈、后辈们被你亲手打倒的滋味。”红牙抓住千纯的脸颊说。
“卑鄙！”千纯骂道。
“哼，战斗还有卑鄙不卑鄙可言吗！？”红牙说道。
“当然有！”此时一个声音传来，随后杂兵被打倒在地上进来。
“是谁！”红牙说道。
“坚固的友情印记，cure Grape！”
“在阳光下绽放的一朵圆满之花，cure peony！”
“居然是你们两个，真有你们的居然能到这里来。”红牙说道。
“这还要多谢Lotus她们吸引你的注意力，才使得我们能来到这里！”peony说道。
“就算能来到这里，你们也不是我的对手的！”红牙说着双手就出现了双剑跳起来使出：“邪忍法！极速乱斩！”两人倒地之后再次爬起来。
“Grape Gun（葡萄枪）”“Precure Grape Garnon（葡萄加农）”
“Precure Super Peony Storm（超级牡丹风暴）”
“邪忍法！迷踪幻影！”红牙消失了。
“什么！？躲到哪里去了！？”Grape说道。
“先别说这些了，先救千纯吧！”peony说道。
“你们休想！”红牙说着就快速发动攻击。
“可恶！”peony说道。
“没办法了！”Grape说着直接拿出挂锁：“觉醒吧！king Armor（王者铠甲）！”“cure Grape king Armor！”而peony喊道：“cure peony Queen Change！”“cure peony Queen Form！”
“Grape、peony！你们……”千纯大惊道。
“我去救千纯，掩护就交给你了！”Grape说道。
“我知道了！”peony说着手中出现一根金色的权杖：“Queen Wand（女王权杖）”而后peony用权杖伸向前就形成了一个屏障：“Queen A barrier（女王屏障）”此时的Grape将千纯身上的锁链弄断。
“千纯，没事吧！”Grape问道。
“没事！这样的话我也能战斗了！”千纯说着就：“precure Henshin！”“哈！”
“微风中绽放的一朵花cure sakura！”
“哼，你的对手在这里！”红牙说着早就回来了的假sakura就出现在面前：“这是根据你的资料制造出来的复制品，称之为sakura杀手！”
“什么sakura杀手！”sakura说着就使出：“风遁?真空玉！”但是根本没用，与其说没用倒不如说是sakura自身的力量减弱了。
“什么！？为什么我的力量使不出来呢！？”sakura看着双手说道。
“那是因为我在制造的同时将你的力量吸取并且转移到sakura杀手的身上了。”红牙说道。
“就算没有力量有如何！？我是绝对不会退缩的，我一定要将你打倒！”sakura说道。
“没错，就是这样，因为我们是precure！”Grape说道。
“sakura，接住这个！”peony说着就向sakura扔出卷轴。sakura接住看着：“这卷轴是……”
“这是你师傅佐助教给我们的，他说只有使用风遁忍术的忍者才能使用。”peony说道。
此时sakura心里就浮现出一句话：“风之卷，解封！”随后巨大的风暴包围着sakura，随后sakura的身体变出了白的忍者装，背后背着一把忍者刀：“cure sakura Cyclone Ninja Costume！”
“纳尼！？”红牙大惊道。
“看你的了，sakura！”与红牙战斗的Grape和peony说道。
“好！”sakura回应道。
这时候的Sakura杀手手中开始聚集大量的风，随后风形成手里剑的形状：“究极奥义！precure Tornado sword in hand！（龙卷手里剑）”将手中的风形手里剑飞了出去并在刮起的龙卷风里快速的切割着sakura。但是sakura毫发无损。
“现在该我了！风遁·幻影手里剑！”无数的风形成手里剑飞向sakura杀手。在击伤sakura杀手后，sakura拔出背后的忍者刀：“究极奥义！precure Cyclone slash（疾风斩击）”
“虽然你是我的复制品，但是怎么可能战胜拥有人心的我呢！”sakura说着sakura杀手就消失了。
“可恶！这次是我输了，只要邪魔团还存在我一定会回来的，到时候一定要将你们precure打倒！”红牙说着就消失了。
“邪魔团！？”sakura疑惑道。
“邪魔团是由被precure消灭的邪恶组织的残余力量组成的闻所未闻的最黑暗最邪恶的组织，基希萨尔拉三世就是因为邪魔团的帮助才会迅速成长，而我在地底世界里艰难的打败了它！”Grape说道。
“我们两个也在百花王国打倒了邪魔团的Dark stramonium！”peony说道。
“真没想到居然有这么恐怖的组织存在！”sakura说道。
“各位，邪魔团有出现了，这次邪魔团的目的是策划一起绑架案！”樱梦出现说道。
“那么我们快去吧！”Grape说道。
“也让我加入吧！”sakura说道。
“那是当然！”peony说道。
此时此刻，在一条高架桥的公路上，一辆货车正拉着一群少年少女不知道去什么地方……预知后事，Cure Red篇待续！