二代原版和新版在剧情上有巨大的差异，原因是2K在统计玩家成就的时候发现74.6%的玩家在第一次游戏的时候，都中道崩殂了，于是新版的XCOM2没有延续DOS旧版的“深海”的剧情，而是以玩家代表的XCOM失败，总部被外星人攻破，指挥官被俘虏为剧情基准来制作的二代剧情。

　　而此后的剧情应该也会跳过余烬，直接进入深海或者余晖的剧情，前者是人类企业大战，玩家扮演指挥一支潜艇部队的指挥官。后者则是人类在火星上科考，遭遇归来的外星人。

　　设定：XCOM

　　——“生存、适应、抵抗、胜利”XCOM格言

　　——“我见即我信”XCOM袖标文字

　　原本为“战略战术对策研究室”，在冷战时成立，其目的在于“假设美国全国遭遇核打击，所有政府机构崩溃、军事力量溃散”的特殊情况下，保存关键的物资、人员，并重新组织抵抗并取得本土作战胜利，这也是XCOM格言来历。

　　1981年，冰岛事件（官方小说），实际上是外星侦查舰的飞碟在冰岛坠毁，人类获得了关于外星人的一些信息，一部分人相信他们还会再次归来，其中就包括XCOM的创始人。在冰岛事件后，美国获得了不少的外星人科技，其中就包括名为“超铀”和“超合金”（Alenium）的物质。

　　此后，保存这些东西的某个不存于地图上的秘密军事基地接收到了一段迷之通信信息，CIA认为是苏联唤醒沉眠特工的手段。而当时的战术对策研究室的主任不同意，他认为是外星人的入侵信号，而此后，果然追着失踪的外星侦察兵和灵能生物“虚灵（长老）”而来的外星人袭击了当地军事基地。

　　幸存者乘坐列车带着抢救出来的资料撤离往最近的一个“蚁丘”基地，并且之后无法联络华府和美国军方的情况下，宣布全国沦陷，启动预设计划。而此时，主任宣布“XCOM”成立，沿用原本的格言。

　　此后，XCOM特工成功的释放了虚灵这种灵能生物，并借助虚灵的力量摧毁了外星母舰（和后来的不是一拨人）

　　其宗旨变为与地外生物抗衡，而这个绝望的抵抗计划就被称之为“X计划。”并在四个大洲修建了16个战略基地和4座被称之为“蚁丘”的大型地下基地。并且根据之前的外星技术制造了几种黑科技的装备，一种是名为“乌鸦”的空天拦截机，一种名为“天巡客”的隐身垂直起降大型运输机，还有就是最关键的两个东西——侦测幽浮信号的“天空眼”卫星和对应的量子卫星基台。

　　在XCOM：未知敌人的开场，议会代表就会对玩家说这样的话。“介于全球多次发生的绑架事件，确认为地外生命体，议会召集各国首脑讨论后，宣布X计划正式启动。”“你被任命为XCOM的总负责人，管理从前线战斗到最终防线的一切事务，整座基地从现在开始听从你的指挥”

　　按照教程的话，因为最开始的绑架事件是在德国，因此，玩家只能在北美和欧洲之间选择一个基地作为自己的初始基地“蚁丘”

　　之后就是陆续的扩大蚁丘规模，组建精锐的战斗小组，回收外星材料和技术，一点点升级技术和越来越恐怖的外星入侵者对抗。

　　设定：外星人

　　外星人有两拨，一波是幽浮调查局里面的萨珊人，也就是和长老或者虚灵族敌对的一波，它们将虚灵当做了一种类似能源的玩意儿在用。并且利用它们的心灵能力来控制自己的炮灰，如同蜂群一样的。

　　在最开始的冰岛事件和之后的调查局事件当中，虚灵发现人类可以作为承载灵能的载体，于是派遣了这一次的入侵者绑架人类测试，最终发现将人类的基因和虚灵的基因融合在一起可以创造出供虚灵使用的肉体。

　　在胜利结局当中，指挥官派遣一只灵能小组突袭了虚灵的神殿，将最后的虚灵摧毁掉了。

　　在失败结局当中，由于名为EXART的人类内部叛徒组织的存在，16个国家陆续退出XCOM计划，最终只剩下4个国家还在坚持，而此时，在叛徒的透露下，外星人特工对基地进行斩首袭击——于是指挥官被俘虏，XCOM被打散，政客不是选择了妥协就是投降。

　　然后在失败结局的延续里面，指挥官被军事官救出来，导致外星人的化身计划中断，接下来在XCOM的组织抵抗和战斗下，最终长老剩下的人口全部被指挥官操作一具“化身”给灭了......