保护学园都市的学生，不知从何时开始，庄吾的行为从“杀死敌人”变成了“保护他人”，这两种行为在任何战士或士兵上都能构成因果关系，但在庄吾身上却是目的性的改变。因为，他开始主动担起保护的责任。
不过要说从何时开始的话，果然还是那帮小女孩吧，受诅之子使自己重拾笑容，使自己重拾名为“假面骑士”的信念。庄吾觉得，自己总有一天会因为保护他人而死吧，不过他并不后悔，因为他死的那天，就意味着人类不需要依靠假面骑士这种英雄，只凭自己就能开创未来。
不过现在，倒是有那么个学生，需要老师去拯救一下。
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深夜的小巷中，一个长发的男人正坐在自己的车上，副驾驶座上有一个小女孩，小女孩的脑袋上贴着类似于电极片一样的东西。
长发男人名为天井亚雄，是前量产能力者计划的负责人之一，也是绝对能力者计划提供御坂妹妹的人，他曾因量产能力者计划背负了巨额债务，绝对能力者计划成了他唯一的希望，可这样的希望也被名为常盘庄吾的“无名”之人终止了，所有学园都市允许的还债方式都没了。这次，他只能使用一些非法手段了，也就是亚雷斯塔不允许的手段。
而副驾驶座上的小女孩，是御坂妹妹中名为最后之作的个体，也是御坂妹妹的司令塔，天井亚雄正是想通过她向御坂妹妹们释放病毒，使她们暴走，只不过，他的愿望，注定不会实现。
“拜托了，撑到病毒启动啊！”
在传输病毒时，最后之作本身也会受到生命威胁，天井亚雄在祈祷，祈祷最后之作在病毒启动之前活着，否则前功尽弃。
就在这时，一道声音吓得他直哆嗦，他向车窗一看，原来是一只乌鸦，他松了口气，然而，真的只是乌鸦吗？
天井亚雄将视线转了回来，下一秒，他眼中所见将他吓得魂都快没了，只见他所熟悉的白发少年，学园都市的第一位，一方通行就站在他的车前，面带邪笑，眼神中带着些许杀气，就那样盯着他。
天井亚雄此时内心充斥着恐惧，他已经放弃了冷静思考，慌忙地启动车子，向一方通行撞去，但所有见过一方通行的实力的人都知道，这样做是找死。
一方通行只是右脚一抬，就停住了车子，仅仅只是一瞬间，整个车子的前半部分都扭曲了，天井亚雄拼命地打开车门，然而此时车门已经被卡住了，他本想钻出车门，却被一方通行一脚夹住了他，天井亚雄就那样昏了过去。
“冷静下来，中年人，你这样很难看的。”
一方通行看向最后之作，打电话给芳川，绝对能力者计划的负责人之一：“喂，芳川，没错，小鬼在我这了。小鬼的头上还贴着电极贴片的东西。”
“应该是检查御坂妹妹身体状况的仪器。”
一方通行右手拿着手机，左手将最后之作腿上的笔记本电脑转过来，看到上面有BC运作率这个词：“喂，BC运作率是什么？”
“那是脑细胞运作率，脑细胞简称BC。”
“脑细胞……”一方通行看着因身体发热而喘息的最后之作：“能用这台机器驱除病毒吗？从这里回到研究所得花上一段时间……”
“不行的，改写程式的时候需要专用培养期和学习装置。”
此时，一方通行，从电话的那一头听到笛鸣声：“喂，难道你正在……”
“没错，我正在开车去你那里。比起你回到研究所，倒是能省下不少时间。”
“病毒码已经分析好了吗？”
“大概八成吧，赶得上在零点完成。”
“真是的，要给人填多少麻烦，你这臭小鬼！”
虽然一方通行这么抱怨，但在内心中，他还是想拯救这个小鬼。然而这时……
“御坂……御坂御坂……misamisamisa……”
最后之作开始不停地重复自己的名字，就像机器人出现错误一样，而那台电脑上也不断出现“warning”的对话框。
“喂，芳川，现在是什么情况？”
“你先别说话。”电话那头的芳川桔梗仔细地听一方通行那边的声音，“果然是这么回事。”
“怎么了，发生了什么？”
“是病毒，病毒准备启动了。”