2014年Gest alt项目成立，运用玛索科学家成功分离了人类的肉体和灵魂，Gest alt项目意在分离人类灵魂储存起来，在危机过后的未来再被唤醒，然而支持者了了。

　　2016，新项目Luciferase成立，Luciferase可以大幅减缓WCS恶化的速度。注射了Luciferase的精英士兵和军团僵持了数月然仍旧不敌。科学家随后发现Luciferase给年轻患者注射更有效果，与此同时“哈梅林”集团成立，意在训练和Luciferase兼容的孩子抵抗军团。日本政府不喜军队过于信任哈梅林，投资成立了国立武器研究院研究玛索以期武器化。

　　2764年，在机器人指令下不停与军团战斗以及清除玛索残余的复制人逐渐产生了自我意识。

　　3276年，一个想要拯救爱人的复制人带着爱人的尸体去了红眼被杀死的地方，耶路撒冷，希望那儿残留的白色迷雾能让他的爱人复活。从雾中出来的爱人眼睛却变成了红色，并且瞬间杀了这名青年，新一代红眼就此诞生。

　　3287年， 复活的红眼持续进攻复制人，然而有着一名机器人和4名复制人的小队经过艰苦战斗最终除掉了红眼，同时地球上最后一点玛索残余也被清除成功，净化成功结束。

　　3288年，净化后人类灵魂逐渐苏醒，然而当他们找到自己的复制体想要植入灵魂时，复制人却把这些灵魂当成怪物(他们的外表就是shade)，人类(shade)和复制人的大战就此展开。然而也有少数机器人管理者统治的地方复制人成功接受了人类的存在，并且让他们在自己体内被唤醒，而这些人也成为了机械纪元里仅存人类的祖先(推测)。

　　3300~，尽管有尼尔提供玛索，没有找到身体的人类灵魂还是不停狂化，见此情况尼尔日渐怀疑尤娜究竟能不能被治好,他决定自己采取行动

　　4198年，最后一个人类灵魂消散，存活下来的人类只有之前和复制品成功结合的一小部分。

　　5012年，地球被外星人(!!!)入侵，太空大战就此展开。埃米尔成功复制了超过8500多万个自己以抵抗外星人。机器生命逐渐占领地球，机械纪元中的机器生命正是由外星人所操控的。

　　之后的数千年机器人被制造出来抵抗外星人侵略却是节节败退。11939年第十四次机械大战爆发，残存的人类逃离到月球表面，制造出了YoRHa部队。机械纪元的故事就此展开。